Ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) for top-down proteomics: Increased dynamic range affords increased sequence coverage

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 7, 2012, Pages 3390-3397

  Zinnel, Nathanael F ^a   Pai, Pei Jing ^a   Russell, David H ^a  

^a Texas AandM University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; DATA DISPLAY; DYNAMIC RANGE; FRAGMENT IONS; FRAGMENTATION CHANNELS; GENERAL APPROACH; INHERENT LIMITATIONS; ION MOBILITY; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; IONIC SYSTEMS; IRON-SULFUR CLUSTERS; LARGE BIOMOLECULES; MASS MAPPING; MELITTIN; METHYL ESTERIFICATION; PROTEIN MODIFICATIONS; PROTEOMICS; SINGLE-POINT MUTATION; SITE-SPECIFIC; SPECTRAL CONGESTION; TOP-DOWN APPROACH; TOPDOWN; TWO-DIMENSION; UBIQUITIN;

AMINO ACIDS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES; SULFUR;

IONS;

PEPTIDE FRAGMENT; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PROTEOMICS; TIME;

AMINO ACID SEQUENCE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEINS; PROTEOMICS; TIME FACTORS;

EID: 84859413278     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac300193s     Document Type: Article

References (44)

1. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390
2. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom Rev 2005, 24, 168
3. Han, X. M.; Aslanian, A.; Yates, J. R. Curr Opin Chem Biol 2008, 12, 483
4. Kelleher, N. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 71, 4250
5. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672
6. Han, X.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109
7. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254
8. Kjeldsen, F.; Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Sorensen, E. S.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2003, 75, 2355
9. Gorshkov, M. V.; Masselon, C. D.; Nikolaev, E. N.; Udseth, H. R.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 234, 131
10. Cooper, H. J.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201
11. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563
12. Marshall, A. G.; Guan, S. H. Rapid Commun Mass Sp 1996, 10, 1819
13. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274
14. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3533
15. Sowell, R. A.; Koeniger, S. L.; Valentine, S. J.; Moon, M. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1341
16. Patrie, S. M.; Ferguson, J. T.; Robinson, D. E.; Whipple, D.; Rother, M.; Metcalf, W. W.; Kelleher, N. L. Mol. Cell Proteomics 2006, 5, 14
17. Forbes, A. J.; Patrie, S. M.; Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Jiang, L.; Kelleher, N. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 2678
18. Halgand, F.; Habchi, J.; Cravello, L.; Martinho, M.; Guigliarelli, B.; Longhi, S. Anal. Chem. 2011, 83, 7306
19. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 945
20. Tsai, C. L.; Bridwell-Rabb, J.; Barondeau, D. P. Biochemistry 2011, 50, 6478
21. Giles, K.; Williams, J. P.; Campuzano, I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 1559
22. Chanthamontri, C.; Liu, J.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 283, 9
23. Ruotolo, B. T.; Verbeck, G. F.; Thomson, L. M.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4214
24. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577
25. McLean, J. A.; Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 301
26. Terwilliger, T. C.; Eisenberg, D. J. Biol. Chem. 1982, 257, 6010
27. Bazzo, R.; Tappin, M. J.; Pastore, A.; Harvey, T. S.; Carver, J. A.; Campbell, I. D. Eur. J. Biochem. 1988, 173, 139
28. Vanberkel, G. J.; Glish, G. L.; Mcluckey, S. A.; Tuinman, A. A. Anal. Chem. 1990, 62, 786
29. Meotner, M.; Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. Rapid Commun. Mass Spetrom. 1995, 9, 829
30. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; Oconnor, P. B.; Mclafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809
31. Vaisar, T.; Urban, J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1185
32. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365
33. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1993, 65, 425
34. Huang, Y.; Tseng, G. C.; Yuan, S.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Wysocki, V. H. J. Proteome Res. 2008, 7, 70
35. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 10313
36. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563
37. Engel, B. J.; Pan, P.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 171
38. Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Stone, E. G.; Russell, D. H. J. Chromatogr. B 2002, 782, 385
39. Cobb, J. S.; Easterling, M. L.; Agar, J. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 949
40. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 9528
41. Wiesner, J.; Premsler, T.; Sickmann, A. Proteomics 2008, 8, 4466
42. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J. Z.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 377
43. Apuy, J. L.; Chen, X. H.; Russell, D. H.; Baldwin, T. O.; Giedroc, D. P. Biochemistry 2001, 40, 15164
44. Apuy, J. L.; Park, Z. Y.; Swartz, P. D.; Dangott, L. J.; Russell, D. H.; Baldwin, T. O. Biochemistry 2001, 40, 15153