Multiple heat pulses during PCR extension enabling amplification of GC-rich sequences and reducing amplification bias

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 4, 2012, Pages 2081-2087

  Orpana, Arto K ^a   Ho, Tho H ^b   Stenman, Jakob ^a,b,c  

^a UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^b MINERVA FOUNDATION INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (Finland)

^c KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL LINES; COSOLVENTS; DNA POLYMERASE; GC CONTENTS; GC-RICH SEQUENCES; HEAT PULSE; PCR AMPLIFICATION; PCR PRODUCTS; REANNEALING; SELF-ANNEALING; TARGET SEQUENCES;

CELL CULTURE; DNA SEQUENCES; EXPANSION; GENES;

POLYMERASE CHAIN REACTION;

DNA DIRECTED DNA POLYMERASE; PRIMER DNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; DNA BASE COMPOSITION; DNA REPLICATION; GC RICH SEQUENCE; GENETICS; HEAT; HUMAN; METABOLISM; NUCLEOTIDE REPEAT; POLYMERASE CHAIN REACTION;

BASE COMPOSITION; DNA PRIMERS; DNA REPLICATION; DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE; GC RICH SEQUENCE; HOT TEMPERATURE; HUMANS; POLYMERASE CHAIN REACTION; REPETITIVE SEQUENCES, NUCLEIC ACID;

EID: 84858829830     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac300040j     Document Type: Article

References (43)

1. Mukai, H.; Nakagawa, T. Nihon Rinsho 1996, 54, 917-922.
2. Hecimovic, S.; Barisic, I.; Muller, A.; Petkovic, I.; Baric, I.; Ligutic, I.; Pavelic, K. Clin. Genet. 1997, 52, 147-154.
3. Seto, D.; Seto, J.; Deshpande, P.; Hood, L. DNA Sequence 1995, 5, 131-140.
4. Henke, W.; Herdel, K.; Jung, K.; Schnorr, D.; Loening, S. A. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3957-3958.
5. Dierick, H.; Stul, M.; De Kelver, W.; Marynen, P.; Cassiman, J. J. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4427-4428.
6. Fernandez-Rachubinski, F.; Eng, B.; Murray, W. W.; Blajchman, M. A.; Rachubinski, R. A. DNA Sequence 1990, 1, 137-140.
7. Horiuchi, H.; Osawa, M.; Furutani, R.; Morita, M.; Tian, W.; Awatsu, Y.; Shimazaki, H.; Umetsu, K. Genet. Test. 2005, 9, 328-333.
8. Musso, M.; Bocciardi, R.; Parodi, S.; Ravazzolo, R.; Ceccherini, I. J. Mol. Diagn. 2006, 8, 544-550.
9. Schuchard, M.; Sarkar, G.; Ruesink, T.; Spelsberg, T. C. Biotechniques 1993, 14, 390-394.
10. Bachmann, H. S.; Siffert, W.; Frey, U. H. Pharmacogenetics 2003, 13, 759-766.
11. Frey, U. H.; Bachmann, H. S.; Peters, J.; Siffert, W. Nat. Protoc. 2008, 3, 1312-1317.
12. Hube, F.; Reverdiau, P.; Iochmann, S.; Gruel, Y. Mol. Biotechnol. 2005, 31, 81-84.
13. Wei, M.; Deng, J.; Feng, K.; Yu, B.; Chen, Y. Anal. Chem. 2010, 82, 6303-6307.
14. McDowell, D. G.; Burns, N. A.; Parkes, H. C. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3340-3347
15. Chou, Q. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4371.
16. Usdin, K.; Woodford, K. J. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 4202-4209.
17. Chen, X.; Mariappan, S. V.; Catasti, P.; Ratliff, R.; Moyzis, R. K.; Laayoun, A.; Smith, S. S.; Bradbury, E. M.; Gupta, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 5199-5203.
18. Darlow, J. M.; Leach, D. R. J. Mol. Biol. 1998, 275, 3-16.
19. Mamedov, T. G.; Pienaar, E.; Whitney, S. E.; TerMaat, J. R.; Carvill, G.; Goliath, R.; Subramanian, A.; Viljoen, H. J. Comput. Biol. Chem. 2008, 32, 452-457.
20. Verkerk, A. J.; Pieretti, M.; Sutcliffe, J. S.; Fu, Y. H.; Kuhl, D. P.; Pizzuti, A.; Reiner, O.; Richards, S.; Victoria, M. F.; Zhang, F. P.; et al. Cell 1991, 65, 905-914.
21. Oberle, I.; Rousseau, F.; Heitz, D.; Kretz, C.; Devys, D.; Hanauer, A.; Boue, J.; Bertheas, M. F.; Mandel, J. L. Science 1991, 252, 1097-1102
22. Maddalena, A.; Richards, C. S.; McGinniss, M. J.; Brothman, A.; Desnick, R. J.; Grier, R. E.; Hirsch, B.; Jacky, P.; McDowell, G. A.; Popovich, B.; Watson, M.; Wolff, D. J. Genet. Med. 2001, 3, 200-205.
23. Hagerman, R. J.; Leehey, M.; Heinrichs, W.; Tassone, F.; Wilson, R.; Hills, J.; Grigsby, J.; Gage, B.; Hagerman, P. J. Neurology 2001, 57, 127-130.
24. Allingham-Hawkins, D. J.; Babul-Hirji, R.; Chitayat, D.; Holden, J. J.; Yang, K. T.; Lee, C.; Hudson, R.; Gorwill, H.; Nolin, S. L.; Glicksman, A.; Jenkins, E. C.; Brown, W. T.; Howard-Peebles, P. N.; Becchi, C.; Cummings, E.; Fallon, L.; Seitz, S.; Black, S. H.; Vianna- Morgante, A. M.; Costa, S. S.; Otto, P. A.; Mingroni-Netto, R. C.; Murray, A.; Webb, J.; Vieri, F.; et al. Am. J. Med. Genet. 1999, 83, 322-325.
25. Nolin, S. L.; Brown, W. T.; Glicksman, A.; Houck, G. E. Jr.; Gargano, A. D.; Sullivan, A.; Biancalana, V.; Brondum-Nielsen, K.; Hjalgrim, H.; Holinski-Feder, E.; Kooy, F.; Longshore, J.; Macpherson, J.; Mandel, J. L.; Matthijs, G.; Rousseau, F.; Steinbach, P.; Vaisanen, M. L.; von Koskull, H.; Sherman, S. L. Am. J. Hum. Genet. 2003, 72, 454-464.
26. Fernandez-Carvajal, I.; Lopez Posadas, B.; Pan, R.; Raske, C.; Hagerman, P. J.; Tassone, F. J. Mol. Diagn. 2009, 11, 306-310.
27. Haddad, L. A.; MingroniNetto, R. C.; ViannaMorgante, A. M.; Pena, S. D. J. Hum. Genet. 1996, 97, 808-812.
28. Baskaran, N.; Kandpal, R. P.; Bhargava, A. K.; Glynn, M. W.; Bale, A.; Weissman, S. M. Genome Res. 1996, 6, 633-638
29. Brown, W. T.; Nolin, S.; Houck, G. Jr.; Ding, X.; Glicksman, A.; Li, S. Y.; Stark-Houck, S.; Brophy, P.; Duncan, C.; Dobkin, C.; Jenkins, E. Am. J. Med. Genet. 1996, 64, 191-195.
30. Hamdan, H.; Tynan, J. A.; Fenwick, R. A.; Leon, J. A. Mol. Diagn. 1997, 2, 259-269
31. Houdayer, C.; Lemonnier, A.; Gerard, M.; Chauve, C.; Tredano, M.; de Villemeur, T. B.; Aymard, P.; Bonnefont, J. P.; Feldmann, D. Clin. Chem. Lab. Med. 1999, 37, 397-401
32. Hecimovic, S.; Vlasic, J.; Barisic, L.; Markovic, D.; Culic, V.; Pavelic, K. Clin. Chem. Lab. Med. 2001, 39, 1259-1262.
33. O'Connell, C. D.; Atha, D. H.; Jakupciak, J. P.; Amos, J. A.; Richie, K. Clin. Genet. 2002, 61, 13-20.
34. Saluto, A.; Brussino, A.; Tassone, F.; Arduino, C.; Cagnoli, C.; Pappi, P.; Hagerman, P.; Migone, N.; Brusco, A. J. Mol. Diagn. 2005, 7, 605-612.
35. Filipovic-Sadic, S.; Sah, S.; Chen, L.; Krosting, J.; Sekinger, E.; Zhang, W.; Hagerman, P. J.; Stenzel, T. T.; Hadd, A. G.; Latham, G. J.; Tassone, F. Clin. Chem. 2010, 56, 399-408.
36. Melchior, W. B. Jr.; Von Hippel, P. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1973, 70, 298-302.
37. Rees, W. A.; Yager, T. D.; Korte, J.; von Hippel, P. H. Biochemistry 1993, 32, 137-144.
38. Nash, D.; Paleg, L. G.; Wiskich, J. T. Aust. J. Plant Physiol. 1982, 9, 47-57.
39. Warnecke, P. M.; Stirzaker, C.; Melki, J. R.; Millar, D. S.; Paul, C. L.; Clark, S. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4422-4426.
40. Polz, M. F.; Cavanaugh, C. M. Appl. Environ. Microbiol. 1998, 64, 3724-3730.
41. Kanagawa, T. J. Biosci. Bioeng. 2003, 96, 317-323.
42. Aird, D.; Ross, M. G.; Chen, W. S.; Danielsson, M.; Fennell, T.; Russ, C.; Jaffe, D. B.; Nusbaum, C.; Gnirke, A. Genome Biol. 2011, 12, R18.
43. Voss, K. O.; Roos, K. P.; Nonay, R. L.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 1998, 70, 3818-3823.