Free energy difference in indolicidin attraction to eukaryotic and prokaryotic model cell membranes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 10, 2012, Pages 3387-3396

  Yeh, In Chul ^a   Ripoll, Daniel R ^a   Wallqvist, Anders ^a  

^a U S ARMY MEDICAL RESEARCH AND MATERIEL COMMAND   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADSORPTION; CYTOLOGY; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHOLIPIDS; QUARTZ; VAN DER WAALS FORCES;

ANIONIC PHOSPHOLIPIDS; BI-LAYER; BILAYER SURFACE; COUNTERION RELEASE; FREE ENERGY OF ADSORPTION; FREE-ENERGY DIFFERENCE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PROKARYOTIC CELLS; STRUCTURAL DETERMINANTS; SURFACE ADSORPTION; VAN DER WAALS; VAN DER WAALS INTERACTIONS; WEAK ADSORPTION;

CELL MEMBRANES;

EID: 84858325640     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211883u     Document Type: Article

References (51)

1. Zasloff, M. Nature 2002, 415, 389-395
2. Yeaman, M. R.; Yount, N. Y. Pharmacol. Rev. 2003, 55, 27-55
3. Brogden, K. A. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 238-250
4. Hancock, R. E. W. Lancet 1997, 349, 418-422
5. Hancock, R. E. W.; Lehrer, R. Trends Biotechnol. 1998, 16, 82-88
6. Hancock, R. E. W.; Sahl, H. G. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1551-1557
7. Selsted, M. E.; Novotny, M. J.; Morris, W. L.; Tang, Y. Q.; Smith, W.; Cullor, J. S. J. Biol. Chem. 1992, 267, 4292-4295
8. Rozek, A.; Friedrich, C. L.; Hancock, R. E. W. Biochemistry 2000, 39, 15765-15774
9. Falla, T. J.; Karunaratne, D. N.; Hancock, R. E. W. J. Biol. Chem. 1996, 271, 19298-19303
10. Ladokhin, A. S.; Selsted, M. E.; White, S. H. Biophys. J. 1997, 72, 794-805
11. Bahng, M. K.; Cho, N. J.; Park, J. S.; Kim, K. Langmuir 1998, 14, 463-470
12. Ha, T. H.; Kim, C. H.; Park, J. S.; Kim, K. Langmuir 2000, 16, 871-875
13. Zhang, L. J.; Rozek, A.; Hancock, R. E. W. J. Biol. Chem. 2001, 276, 35714-35722
14. Shaw, J. E.; Alattia, J. R.; Verity, J. E.; Prive, G. G.; Yip, C. M. J. Struct. Biol. 2006, 154, 42-58
15. Shaw, J. E.; Epand, R. F.; Hsu, J. C. Y.; Mo, G. C. H.; Epand, R. M.; Yip, C. M. J. Struct. Biol. 2008, 162, 121-138
16. Askou, H. J.; Jakobsen, R. N.; Fojan, P. J. Nanosci. Nanotechnol. 2008, 8, 4360-4369
17. Andrushchenko, V. V.; Aarabi, M. H.; Nguyen, L. T.; Prenner, E. J.; Vogel, H. J. Biochim. Biophys. Acta-Biomembr. 2008, 1778, 1004-1014
18. Khandelia, H.; Kaznessis, Y. N. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 242-250
19. Hsu, J. C. Y.; Yip, C. M. Biophys. J. 2007, 92, L100-L102
20. Tsai, C. W.; Hsu, N. Y.; Wang, C. H.; Lu, C. Y.; Chang, Y.; Tsai, H. H. G.; Ruaan, R. C. J. Mol. Biol. 2009, 392, 837-854
21. Mechler, A.; Praporski, S.; Atmuri, K.; Boland, M.; Separovic, F.; Martin, L. L. Biophys. J. 2007, 93, 3907-3916
22. Chen, X. Y.; Chen, Z. Biochim. Biophys. Acta-Biomembr. 2006, 1758, 1257-1273
23. Avery, C. W.; Som, A.; Xu, Y. J.; Tew, G. N.; Chen, Z. Anal. Chem. 2009, 81, 8365-8372
24. Heine, D. R.; Rammohan, A. R.; Balakrishnan, J. Mol. Simul. 2007, 33, 391-397
25. Roark, M.; Feller, S. E. Langmuir 2008, 24, 12469-12473
26. Xing, C. Y.; Faller, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7086-7094
27. Hoopes, M. I.; Xing, C.; Faller, R. In Biomembrane Frontiers; Faller, R.; Longo, M. L.; Risbud, S. H.; Jue, T., Eds.; Humana Press: New York, 2009; p 101-120.
28. Yeh, I. C.; Wallqvist, A. J. Chem. Phys. 2011, 134, 055109
29. Skarnes, R. C.; Watson, D. W. Bacteriol. Rev. 1957, 21, 273-294
30. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
31. Kale, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283-312
32. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
33. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
34. Lopes, P. E. M.; Murashov, V.; Tazi, M.; Demchuk, E.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2782-2792
35. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
36. Yeh, I.-C.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3155-3162
37. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
38. Yeh, I. C.; Wallqvist, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12382-12390
39. Jo, S.; Kim, T.; Iyer, V. G.; Im, W. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1859-1865
40. Petrache, H. I.; Dodd, S. W.; Brown, M. F. Biophys. J. 2000, 79, 3172-3192
41. Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Scheraga, H. A. T.A.S.K. Quarterly 1999, 3, 313-331
42. Nemethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472-6484
43. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
44. Gallicchio, E.; Andrec, M.; Felts, A. K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6722-6731
45. Vermeer, L. S.; de Groot, B. L.; Reat, V.; Milon, A.; Czaplicki, J. Eur. Biophys. J. 2007, 36, 919-931
46. Yeh, I.-C.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7935-7942
47. Yeh, I.-C.; Hummer, G. Biophys. J. 2004, 86, 681-689
48. Vivcharuk, V.; Tomberli, B.; Tolokh, I. S.; Gray, C. G. Phys. Rev. E 2008, 77, 11
49. Tolokh, I. S.; Vivcharuk, V.; Tomberli, B.; Gray, C. G. Phys. Rev. E 2009, 80, 12
50. Vivcharuk, V.; Kaznessis, Y. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2790-2797
51. Woo, H. J.; Wallqvist, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8122-8129