MtsslWizard: In Silico Spin-Labeling and Generation of Distance Distributions in PyMOL

Applied Magnetic Resonance

Volumn 42, Issue 3, 2012, Pages 377-391

  Hagelueken, Gregor ^a   Ward, Richard ^a   Naismith, James H ^a   Schiemann, Olav ^a  

^a UNIVERSITY OF ST ANDREWS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISTANCE DISTRIBUTIONS; GRAPHICAL INTERFACE; IN-SILICO; PLUG-INS; SPIN LABEL; STATIC MODEL; TEST CASE;

MOLECULAR GRAPHICS;

SOFTWARE TESTING;

EID: 84857917265     PISSN: 09379347     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s00723-012-0314-0     Document Type: Article

References (36)

1. N. Alexander, M. Bortolus, A. Al-Mestarihi, H. Mchaourab, J. Meiler, Structure 16, 181-195 (2008).
2. C. Altenbach, T. Marti, H. G. Khorana, W. L. Hubbell, Science 248, 1088-1092 (1990).
3. C. Beier, H.-J. Steinhoff, Biophys. J. 91, 2647-2664 (2006).
4. L. J. Berliner, J. Grunwald, H. O. Hankovszky, K. Hideg, Anal. Biochem. 119, 450-455 (1982).
5. P. P. Borbat, K. Surendhran, M. Bortolus, P. Zou, J. H. Freed, H. S. Mchaourab, PloS Biol. 5, e271 (2007).
6. P. P. Borbat, H. S. Mchaourab, J. H. Freed, J. Am. Chem. Soc. 124, 5304-5314 (2002).
7. A. Bowman, R. Ward, H. El-Mkami, T. Owen-Hughes, D. G. Norman, Nucleic Acids Res. 38, 695-707 (2010).
8. D. E. Budil, K. L. Sale, K. A. Khairy, P. G. Fajer, J. Phys. Chem. A 110, 3703-3713 (2006).
9. S. C. DeSensi, D. P. Rangel, A. H. Beth, T. P. Lybrand, E. J. Hustedt, Biophys. J. 94, 3798-3809 (2008).
10. C. Dong, K. Beis, J. Nesper, A. L. Brunkan-Lamontagne, B. R. Clarke, C. Whitfield, J. H. Naismith, Nature 444, 226-229 (2006).
11. B. Endeward, J. A. Butterwick, R. MacKinnon, T. F. Prisner, J. Am. Chem. Soc. 131, 15246-15250 (2009).
12. M. R. Fleissner, D. Cascio, W. L. Hubbell, Protein Sci. 18, 893-908 (2009).
13. M. Grote, Y. Polyhach, G. Jeschke, H.-J. Steinhoff, E. Schneider, E. Bordignon, J. Biol. Chem. 284, 17521-17526 (2009).
14. Z. Guo, D. Cascio, K. Hideg, W. Hubbell, Protein Sci. 17, 228-239 (2008).
15. Z. Guo, D. Cascio, K. Hideg, T. Kálái, W. L. Hubbell, Protein Sci. 16, 1069-1086 (2007).
16. G. Hagelueken, W. J. Ingledew, H. Huang, B. Petrovic-Stojanovska, C. Whitfield, H. ElMkami, O. Schiemann, J. H. Naismith, Angew. Chem. Int. Ed. 48, 2904-2906 (2009).
17. S. J. Hirst, N. Alexander, H. S. Mchaourab, J. Meiler, J. Struct. Biol. 173, 506-514 (2011).
18. A.Marko, V. Denysenkov, D. Margraf, P. Cekan, O. Schiemann, S. T. Sigurdsson, T. F. Prisner, J. Am. Chem. Soc. 113, 13375-13379 (2011).
19. C.N.R Rao, A. Govindaraj, Nanotubes and Nanowires, (RSC series on Nanoscience, London, 2005).
20. G. Jeschke, G. Panek, A. Godt, A. Bender, H. Paulsen, Appl. Magn. Reson. 26, 223-244 (2004).
21. K. Kazmier, N. S. Alexander, J. Meiler, H. S. Mchaourab, J. Struct. Biol. 173, 549-557 (2011).
22. S. Kim, S. Brandon, Z. Zhou, C. E. Cobb, S. J. Edwards, C. W. Moth, C. S. Parry, J. A. Smith, T. P. Lybrand, E. J. Hustedt et al., J. Biol. Chem. 286, 20746-20757 (2011).
23. R. Langen, K. J. Oh, D. Cascio, W. L. Hubbell, Biochemistry 39, 8396-8405 (2000).
24. J. E. D. Lillington, J. E. Lovett, S. Johnson, P. Roversi, C. R. Timmel, S. M. Lea, J. Mol. Biol. 405, 427-435 (2011).
25. E. M. Haacke, R. W. Brown, M. R. Thompson, R. V. Venkatesan, Fast Imaging in the Steady State, in Magnetic Resonance Imaging-Physical Principles and Sequence Design. (John Wiley & Sons Inc., 1999).
26. V. S. Oganesyan, Phys. Chem. Chem. Phys. 13, 4724-4737 (2011).
27. Y. Polyhach, E. Bordignon, G. Jeschke, Phys. Chem. Chem. Phys. 13, 2356-2366 (2011).
28. G. W. Reginsson, O. Schiemann, Biochem. J. 434, 353-363 (2011).
29. G. W. Reginsson, O. Schiemann, Biochem. Soc. Trans. 39, 128-139 (2011).
30. D. Sezer, J. H. Freed, B. Roux, J. Am. Chem. Soc. 131, 2597-2605 (2009).
31. H. J. Steinhoff, W. L. Hubbell, Biophys. J. 71, 2201-2212 (1996).
32. A. van Eerde, C. Hamiaux, J. Pérez, C. Parsot, B. W. Dijkstra, EMBO Rep. 5, 477-483 (2004).
33. L. H. Weaver, B. W. Matthews, J. Mol. Biol. 193, 189-199 (1987).
34. C. M. Wood, J. M. Nicholson, S. J. Lambert, L. Chantalat, C. D. Reynolds, J. P. Baldwin, Acta. Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 61, 541-545 (2005).
35. Y. Zhou, J. H. Morais-Cabral, A. Kaufman, R. MacKinnon, Nat. News 414, 43-48 (2001).
36. Z. Zhou, S. C. DeSensi, R. A. Stein, S. Brandon, M. Dixit, E. J. McArdle, E. M. Warren, H. K. Kroh, L. Song, C. E. Cobb, E. J. Hustedt, A. H. Beth, Biochemistry 44, 15115-15128 (2005).