Infrared multiple photon dissociation spectroscopy of cationized histidine: Effects of metal cation size on gas-phase conformation

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 116, Issue 6, 2012, Pages 1532-1541

  Citir, Murat ^a   Hinton, Christopher S ^a   Oomens, Jos ^b,c   Steill, Jeffrey D ^b   Armentrout, P B ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

^b FOM INSTITUTE FOR PLASMA PHYSICS RIJNHUIZEN   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTION SPECTRA; ACTION SPECTROSCOPY; ALKALI METAL CATIONS; AMINO NITROGEN; BACKBONE CARBONYL; BASIS SETS; CATIONIZED; EFFECTIVE CORE POTENTIAL; EXPERIMENTAL STUDIES; GAS-PHASE STRUCTURES; GASPHASE; INFRARED MULTIPLE PHOTON DISSOCIATIONS; LOW ENERGY STRUCTURES; METAL CATION; NITROGEN ATOM; POLARIZATION FUNCTIONS; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; SIDE-CHAINS; SINGLE-POINT ENERGY; SPECTRAL FEATURE; THEORETICAL RESULT;

AMINO ACIDS; CESIUM; CONFORMATIONS; DISSOCIATION; FREE ELECTRON LASERS; NITROGEN; OXYGEN; PHOTONS; POSITIVE IONS; QUANTUM CHEMISTRY;

METALS;

HISTIDINE; METAL;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; PHOTON;

GASES; HISTIDINE; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PHOTONS; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 84857303612     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp209636a     Document Type: Article

References (57)

1. Roth, A.; Breaker, R. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6027-6031
2. Dodson, G.; Wlodawer, A. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 347-352
3. Sundberg, R. J.; Martin, R. B. Chem. Rev. 1974, 74, 471-517
4. Harding, M. M.; Long, H. A. J. Chem. Soc. A 1968, 2554-2559
5. Candlin, R.; Harding, M. M. J. Chem. Soc. A 1970, 384-393
6. Fraser, K. A.; Harding, M. M. J. Chem. Soc. A 1967, 415-420
7. Kretsinger, R. H.; Cotton, F. A.; Bryan, R. F. Acta Crystallogr. 1963, 16, 651-657
8. Evertsson, B. Acta Crystallogr. B 1969, 25, 30-41
9. Adams, M. J.; Hodgkin, D. C.; Raeburn, U. A. J. Chem. Soc. A 1970, 2632-2635
10. Kapota, C.; Lemaire, J.; Maitre, P.; Ohanessian, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1836-1842
11. Bush, M. F.; Oomens, J.; Saykally, R. J.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6463-6471
12. Drayss, M. K.; Blunk, D.; Oomens, J.; Schäfer, M. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 11972-11974
13. Bush, M. F.; Oomens, J.; Saykally, R. J.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 8578-8584
14. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Dunbar, R. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 2744-2751
15. Dunbar, R. C.; Polfer, N. C.; Oomens, J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14562-14563
16. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Moore, D. T.; von Helden, G.; Meijer, G.; Dunbar, R. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 517-525
17. Bush, M. F.; Forbes, M. W.; Jockusch, R. A.; Oomens, J.; Polfer, N. C.; Saykally, R. J.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7753-7760
18. Bush, M. F.; Oomens, J.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 431-438
19. Forbes, M. W.; Bush, M. F.; Polfer, N. C.; Oomens, J.; Dunbar, R. C.; Williams, E. R.; Jockusch, R. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11759-11770
20. Bush, M. F.; O'Brien, J. T.; Prell, J. S.; Saykally, R. J.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1612-1622
21. Armentrout, P. B.; Rodgers, M. T.; Oomens, J.; Steill, J. D. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2248-2257
22. Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B.; Oomens, J.; Steill, J. D. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2258-2267
23. O'Brien, J. T.; Prell, J. S.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10823-10830
24. Heaton, A. L.; Bowman, V. N.; Oomens, J.; Steill, J. D.; Armentrout, P. B. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 5519-5530
25. Carl, D. R.; Cooper, T. E.; Oomens, J.; Steill, J. D.; Armentrout, P. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3384-3398
26. Citir, M.; Stennett, E. M. S.; Oomens, J.; Steill, J. D.; Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 297, 9-17
27. Huang, Z.; Lin, Z.; Song, C. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4340-4352
28. Lavanant, H.; Hecquet, E.; Hoppilliard, Y. Int. J. Mass. Spectrom. 1999, 185-187, 11-23
29. Hu, P. F.; Loo, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11314-11319
30. Dunbar, R. C.; Hopkinson, A. C.; Oomens, J.; Siu, C.-K.; Siu, K. W. M.; Steill, J. D.; Verkerk, U. H.; Zhao, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10403-10408
31. O'Brien, J. T.; Prell, J. S.; Berden, G.; Oomens, J.; Williams, E. R. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 297, 116-123
32. Prell, J. S.; ÒBrien, J. T.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11442-11449
33. Hofstetter, T. E.; Howder, C. R.; Berden, G.; Oomens, J.; Armentrout, P. B. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12648-12661
34. Oepts, D.; van der Meer, A. F. G.; van Amersfoort, P. W. Infrared Phys. Technol. 1995, 36, 297-308
35. Valle, J. J.; Eyler, J. R.; Oomens, J.; Moore, D. T.; van der Meer, A. F. G.; von Heldon, G.; Meijer, G.; Hendrickson, C. L.; Marschall, A. G.; Blakney, G. T. Rev. Sci. Instrum. 2005, 76, 023103
36. Polfer, N. C.; Oomens, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3804-3817
37. Moision, R. M.; Armentrout, P. B. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 10350-10362
38. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. R.; Cheatham, T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41
39. Bylaska, E. J.; Jong, W. A. D.; Govind, N.; Kowalski, K.; Straatsma, T. P.; Valiev, M.; Wang, D.; Apra, E.; Windus, T. L.; Hammond, J.; Nichols, P.; Hirata, S.; Hackler, M. T.; Zhao, Y.; Fan, P. D.; Harrison, R. J.; Dupuis, M.; Smith, D. M. A.; Nieplocha, J.; Tipparaju, V.; Krishnan, M.; Wu, Q.; Voorhis, T. V.; Auer, A. A.; Nooijen, M.; Brown, E.; Cisneros, G.; Fann, G. I.; Fruchtl, H.; Garza, J.; Hirao, K.; Kendall, R.; Nichols, J. A.; Tsemekhman, K.; Wolinski, K.; Anchell, J.; Bernholdt, D.; Borowski, P.; Clark, T.; Clerc, D.; Dachsel, H.; Deegan, M.; Dyall, K.; Elwood, D.; Glendening, E.; Gutowski, M.; Hess, A.; Jaffe, J.; Johnson, B.; Ju, J.; Kobayashi, R.; Kutteh, R.; Lin, Z.; Littlefield, R.; Long, X.; Meng, B.; Nakajima, T.; Niu, S.; Pollack, L.; Rosing, M.; Sandrone, G.; Stave, M.; Taylor, H. G.; Thomas, J. V. L.; Wong, A.; Zhang, Z. NWChem, version 5.1; Pacific Northwest National Laboratory: Richland, WA, 2007.
40. Roothaan, C. C. Rev. Mod. Phys. 1951, 23, 69-89
41. Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 939-947
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, revision 7.0; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
43. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
44. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724-728
45. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639-5648
46. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650-654
47. Foresman, J. B.; Frisch, A. E. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 2 nd ed.; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1996.
48. Bauschlicher, C. W.; Partridge, H. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1788
49. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310
50. Glendening, E. D.; Feller, D.; Thompson, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 10657-10669
51. Citir, M.; Chen, Y.; Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B.; Armentrout, P. B. To be submitted for publication.
52. Bertran, J.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2310-2317
53. Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M.; Tortajada, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5340-5347
54. Moision, R. M.; Armentrout, P. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2588-2599
55. Sinclair, W. E.; Pratt, D. W. J. Chem. Phys. 1996, 105, 7942-7956
56. Oomens, J.; Moore, D. T.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 710-718
57. Sister, M. C.; Walter, J. L. Spectrochim. Acta, Part A 1968, 24, 237-52