In silico design of robust bolalipid membranes

Biomacromolecules

Volumn 13, Issue 1, 2012, Pages 196-205

  Bulacu, Monica ^a   Périole, Xavier ^a   Marrink, Siewert J ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARCHAEA; ARTIFICIAL MEMBRANES; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; CRYSTALLINE PHASE TRANSITION; CYTOPLASMIC MEMBRANE; DIPALMITOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE; EXTREME CONDITIONS; IN-SILICO; INDUSTRIAL FERMENTATION; LIPID MEMBRANES; MEMBRANE PROPERTIES; PRODUCTION PROCESS; TUNABLE PROPERTIES;

BACTERIA; CELL MEMBRANES; COMPUTER SIMULATION; CYTOLOGY; DYNAMICS; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS;

MEMBRANES;

DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE;

ANISOTROPY; ARTICLE; BILAYER MEMBRANE; BOLALIPID MEMBRANE; COMPUTER MODEL; CONFORMATION; FERMENTATION; INDUSTRIAL FERMENTATION; LIPID MEMBRANE; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; TEMPERATURE;

1,2-DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; ARCHAEA; CELL MEMBRANE; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PHASE TRANSITION;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 84855607130     PISSN: 15257797     EISSN: 15264602     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bm201454j     Document Type: Article

References (52)

1. Koga, Y.; Morii, H. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2005, 69, 2019-2034
2. Benvegnu, T.; Brard, M.; Plusquellec, D. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004, 8, 469-479
3. Benvegnu, T.; Lemiègre, L.; Cammas-Marion, S. Eur. J. Org. Chem. 2008, 28, 4725-4744
4. De Rosa, M.; Gambacorta, A.; Gliozzi, A. Microbiol Rev. 1986, 50, 70-80
5. Fuoss, R. M.; Edelson, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1951, 73, 269-273
6. Elferink, M. G. L.; de Wit, J. G.; Driessen, A. J. M.; Konings, W. N. BBA Biomembr. 1994, 1193, 247-254
7. Gliozzi, A.; Relini, A.; Chong, P. L.-G. J. Membr. Sci. 2002, 206, 131-147
8. Lemmich, J.; Hønger, T.; Mortensen, K.; Ipsen, J. H.; Bauer, R.; Mouritsen, O. G. Eur. Biophys. J. 1996, 25, 61-65
9. Duwe, H. P.; Sackmann, E. Phys. A 1990, 163, 410-428
10. Gliozzi, A.; Rolandi, R.; De Rosa, M.; Gambacorta, A. J. Membr. Biol. 1983, 75, 45-56
11. Elferink, M. G. L.; de Wit, J. G.; Demel, R.; Driessen, A. J. M.; Konings, W. N. J. Biol. Chem. 1992, 267, 1375-1381
12. Bode, M. L.; Buddoo, S. R.; Minnaar, S. H.; du Plessis, C. A. Chem. Phys. Lipids 2008, 154, 94-104
13. Runquist, E. A.; Helmkamp, G. M., Jr. BBA Biomembr. 1988, 940, 10-20
14. Wang, G.; Hollingsworth, R. I. J. Org. Chem. 1999, 64, 4140-4147
15. Kim, J.-M.; Thompson, D. H. Langmuir 1992, 8, 637-644
16. Delfino, J. M.; Schreiber, S. L.; Richards, F. M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3458-3474
17. Cuccia, L. A.; Morin, F.; Beck, A.; Hebert, N.; Just, G.; Lennox, R. B. Chem.-Eur. J. 2000, 6, 4379-4384
18. Svenson, S.; Thompson, D. H. J. Org. Chem. 1998, 63, 7180-7182
19. Moss, R. A.; Fujita, T.; Okumura, Y. Langmuir 1991, 7, 2415-2418
20. Raguse, B.; Culshaw, P. N.; Prashar, J. K.; Raval, K. Tetrahedron Lett. 2000, 41, 2971-2974
21. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Tieleman, D. P. BBA Biomembr. 2009, 1788, 149-168
22. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
23. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
24. Marrink, S. J.; Lindahl, E.; Edholm, O.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8638-8639
25. Mouritsen, O. G. Life-as a matter of fat, 1 st ed.; Springer-Verlag: Berlin, 2005.
26. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10-11
27. Kučerka, N.; Gallová, J.; Uhríková, D.; Balgavý, P.; Bulacu, M.; Marrink, S. J.; Katsaras, J. Biophys. J. 2009, 97, 1926-1932
28. Kučerka, N.; Marquardt, D.; Harroun, T. A.; Nieh, M.-P.; Wassall, S. R.; de Jong, D. H.; Schäfer, L. V.; Marrink, S. J.; Katsaras, J. Biochemistry 2010, 49, 7485-7493
29. Risselada, H. J.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17367-17372
30. Klacsová, M.; Bulacu, M.; Kučerka, N.; Uhrí ková, D.; Teixeira, J.; Marrink, S. J.; Balgavý, P. BBA Biomembr. 2011, 1808, 2136-2146
31. Bruno, S.; Gliozzi, A.; Cannistraro, S. J. Phys. (Paris) 1986, 47, 1555-1563
32. Febo-Ayala, W.; Holland, D. P.; Bradley, S. A.; Thompson, D. H. Langmuir 2007, 23, 6276-6280
33. Gabriel, J. L.; Chong, P. L. G. Chem. Phys. Lipid 2000, 105, 193-200
34. Shinoda, W.; Shinoda, K.; Baba, T.; Mikami, M. Biophys. J. 2005, 89, 3195-3202
35. Nicolas, J. P. Lipids 2005, 40, 1023-1030
36. Risselada, H. J.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7438-7447
37. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
39. Nakatani, Y.; Yamamoto, M.; Diyizou, Y.; Warnock, W.; Doll, V.; Hahn, W.; Milon, A.; Ourisson, G. Chem.-Eur. J. 1996, 2, 129-138
40. Holland, D. P.; Struts, A. V.; Brown, M. F.; Thompson, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4584-4585
41. Brownholland, D. P.; Longo, G. S.; Struts, A. V.; Justice, M. J.; Szleifer, I.; Petrache, H. I.; Brown, M. F.; Thompson, D. H. Biophys. J. 2009, 97, 2700-2709
42. Kao, Y. L.; Chang, E. L.; Chong, P. L.-G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 188, 1241-1246
43. Safran, S. A. Statistical Thermodynamics of Surfaces, Interfaces, and Membranes; Addison-Wesley: Reading, MA, 1994.
44. Cantor, R. S. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1723-1725
45. Brown, M. F. Chem. Phys. Lipids 1994, 73, 159-180
46. Lindahl, E.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2000, 113, 3882-3893
47. Mukhin, S. I.; Kheyfets, B. B. Phys. Rev. E 2010, 82, 051901
48. Baer, S. H.; Bryant, D. L.; Blaschek, H. P. Appl. Environ. Microbiol. 1989, 55, 2729-2731
49. Griepernau, B.; Leis, S.; Schneider, M. F.; Sikor, M.; Steppich, D.; Bockmann, R. A. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1768, 2899-2913
50. Dickey, A. N.; Faller, R. J. Polym. Sci., Part B 2005, 43, 1025-1032
51. Kranenburg, M.; Smit, B. FEBS Lett. 2004, 568, 15-18
52. Patra, M.; Salonen, E.; Terama, E.; Vattulainen, I.; Faller, R.; Lee, B. W.; Holopainen, J.; Karttunen, M. Biophys. J. 2006, 90, 1121-1135