Similarities and differences within members of the Ff family of filamentous bacteriophage viruses

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 51, 2011, Pages 15370-15379

  Morag, Omry ^a   Abramov, Gili ^a   Goldbourt, Amir ^a  

^a TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MICROORGANISMS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; SUGARS;

ASPARTATES; CAPSID PROTEINS; DYNAMIC PROPERTY; HYDROGEN BONDING INTERACTIONS; LYSINE RESIDUES; MAGIC-ANGLE SPINNING SOLID-STATE NMR SPECTROSCOPY; POSITIVELY CHARGED; SCALAR COUPLING; SINGLE SITES; STABLE STRUCTURES;

BACTERIOPHAGES;

EID: 84255205003     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2079742     Document Type: Article

References (88)

1. Day, L. A. In Encyclopedia of Virology, 3 rd ed.; Mahy, B. W. J., van Regenmortel, M. H. V., Eds.; Elsevier: Oxford, UK, 2008; pp 117-124.
2. Kehoe, J. W.; Kay, B. K. Chem. Rev. 2005, 105, 4056-4072
3. Smith, G. P. Science 1985, 228, 1315-1317
4. Messing, J. Methods Mol. Biol. 2001, 167, 13-31
5. Sanger, F.; Coulson, A. R.; Barrell, B. G.; Smith, A. J. H.; Roe, B. A. J. Mol. Biol. 1980, 143, 161-178
6. Merzlyak, A.; Lee, S. W. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 246-252
7. Nam, K. T.; Wartena, R.; Yoo, P. J.; Liau, F. W.; Lee, Y. J.; Chiang, Y. M.; Hammond, P. T.; Belcher, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17227-17231
8. Khalil, A. S.; Ferrer, J. M.; Brau, R. R.; Kottmann, S. T.; Noren, C. J.; Lang, M. J.; Belcher, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4892-4897
9. Nam, K. T.; Kim, D. W.; Yoo, P. J.; Chiang, C. Y.; Meethong, N.; Hammond, P. T.; Chiang, Y. M.; Belcher, A. M. Science 2006, 312, 885-888
10. Lee, Y. J.; Yi, H.; Kim, W. J.; Kang, K.; Yun, D. S.; Strano, M. S.; Ceder, G.; Belcher, A. M. Science 2009, 324, 1051-1055
11. Purdy, K. R.; Fraden, S. Phys. Rev. E 2004, 70, 061703
12. Grelet, E.; Fraden, S. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 198302
13. Tombolato, F.; Ferrarini, A.; Grelet, E. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 258302
14. Barry, E.; Beller, D.; Dogic, Z. Soft Matter 2009, 5, 2563-2570
15. Day, L. A.; Marzec, C. J.; Reisberg, S. A.; Casadevall, A. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 509-539
16. Grelet, E. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 168301
17. Glucksman, M. J.; Bhattacharjee, S.; Makowski, L. J. Mol. Biol. 1992, 226, 455-470
18. Banner, D. W.; Nave, C.; Marvin, D. A. Nature 1981, 289, 814-816
19. Marvin, D. A. Int. J. Biol. Macromol. 1990, 12, 335-335
20. Marvin, D. A.; Hale, R. D.; Nave, C.; Citterich, M. H. J. Mol. Biol. 1994, 235, 260-286
21. Williams, R. W.; Dunker, A. K.; Peticolas, W. L. Biochim. Biophys. Acta 1984, 791, 131-144
22. Thomas, G. J.; Prescott, B.; Day, L. A. J. Mol. Biol. 1983, 165, 321-356
23. Clack, B. A.; Gray, D. M. Biopolymers 1989, 28, 1861-1873
24. Zeri, A. C.; Mesleh, M. F.; Nevzorov, A. A.; Opella, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6458-6463
25. Abramov, G.; Morag, O.; Goldbourt, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9671-9680
26. Dogic, Z.; Fraden, S. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2417
27. Caspar, D. L. D.; Makowski, L. J. Mol. Biol. 1981, 145, 611-617
28. Day, L. A. J. Mol. Biol. 1969, 39, 265-277
29. Marvin, D. A.; Wachtel, E. J. Nature 1975, 253, 19-23
30. Colnago, L. A.; Valentine, K. G.; Opella, S. J. Biochemistry 1987, 26, 847-854
31. Almeida, F. C. L.; Opella, S. J. J. Mol. Biol. 1997, 270, 481-495
32. Marassi, F. M.; Opella, S. J. Protein Sci. 2003, 12, 403-411
33. Bhattacharjee, S.; Glucksman, M. J.; Makowski, L. Biophys. J. 1992, 61, 725-735
34. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95-118
35. Boeke, J. D.; Russel, M.; Model, P. J. Mol. Biol. 1980, 144, 103-116
36. Poyraz, O.; Schmidt, H.; Seidel, K.; Delissen, F.; Ader, C.; Tenenboim, H.; Goosmann, C.; Laube, B.; Thunemann, A. F.; Zychlinsky, A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 788-792
37. Han, Y.; Ahn, J.; Concel, J.; Byeon, I.-J. L.; Gronenborn, A. M.; Yang, J.; Polenova, T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1976-1987
38. Loquet, A.; Lv, G.; Giller, K.; Becker, S.; Lange, A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4722-4725
39. Siemer, A. B.; Ritter, C.; Steinmetz, M. O.; Ernst, M.; Riek, R.; Meier, B. H. J. Biomol. NMR 2006, 34, 75-87
40. Chimon, S.; Shaibat, M. A.; Jones, C. R.; Calero, D. C.; Aizezi, B.; Ishii, Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1157-1164
41. Mainz, A.; Jehle, S.; van Rossum, B. J.; Oschkinat, H.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15968-15969
42. Jehle, S.; Rajagopal, P.; Bardiaux, B.; Markovic, S.; Kuhne, R.; Stout, J. R.; Higman, V. A.; Klevit, R. E.; van Rossum, B.-J.; Oschkinat, H. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 1037-1042
43. Ahmed, M. A. M.; Bamm, V. V.; Harauz, G.; Ladizhansky, V. Biophys. J. 2010, 99, 1247-1255
44. Hu, F. H.; Luo, W. B.; Cady, S. D.; Hong, M. BBA-Biomembranes 2011, 1808, 415-423
45. Shi, L. C.; Kawamura, I.; Jung, K. H.; Brown, L. S.; Ladizhansky, V. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 1302-1305
46. Su, Y. C.; DeGrado, W. F.; Hong, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9197-9205
47. Qiang, W.; Sun, Y.; Weliky, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 15314-15319
48. Yang, J.; Aslimovska, L.; Glaubitz, C. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4874-4881
49. Heise, H.; Celej, M. S.; Becker, S.; Riede, D.; Pelah, A.; Kumar, A.; Jovin, T. M.; Baldus, M. J. Mol. Biol. 2008, 380, 444-450
50. Helmus, J. J.; Surewicz, K.; Surewicz, W. K.; Jaroniec, C. P. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2393-2403
51. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55
52. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Astrof, N. S.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16748-16753
53. Heise, H. ChemBioChem 2008, 9, 179-189
54. Goldbourt, A.; Gross, B. J.; Day, L. A.; McDermott, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2338-2344
55. Goldbourt, A.; Day, L. A.; McDermott, A. E. J. Biol. Chem. 2010, 285, 37051-37059
56. Lorieau, J. L.; Day, L. A.; McDermott, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10366-10371
57. Enshell-Seijffers, D.; Smelyanski, L.; Gershoni, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e50
58. van Wezenbeek, P. M. G. F.; Hulsebos, T. J. M.; Schoenmakers, J. G. G. Gene 1980, 11, 129-148
59. Szeverenyi, N. M.; Sullivan, M. J.; Maciel, G. E. J. Magn. Reson. 1982, 47, 462-475
60. Takegoshi, K.; Nakamura, S.; Terao, T. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 631-637
61. Morcombe, C. R.; Gaponenko, V.; Byrd, R. A.; Zilm, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7196-7197
62. Bennett, A. E.; Griffin, R. G.; Ok, J. H.; Vega, S. J. Chem. Phys. 1992, 96, 8624-8627
63. Lesage, A.; Bardet, M.; Emsley, L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10987-10993
64. Lesage, A.; Auger, C.; Caldarelli, S.; Emsley, L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7867-7868
65. Sperling, L. J.; Berthold, D. A.; Sasser, T. L.; Jeisy-Scott, V.; Rienstra, C. M. J. Mol. Biol. 2010, 399, 268-282
66. Straus, S. K.; Bremi, T.; Ernst, R. R. J. Biomol. NMR 1998, 12, 39-50
67. Zhong, L.; Bamm, V. V.; Ahmed, M. A. M.; Harauz, G.; Ladizhansky, V. BBA-Biomembranes 2007, 1768, 3193-3205
68. Schaefer, J.; McKay, R. A.; Stejskal, E. O. J. Magn. Reson. 1979, 34, 443
69. Metz, G.; Wu, X. L.; Smith, S. O. J. Magn. Reson., Ser A 1994, 110, 219-227
70. Stejskal, E. O.; Schaefer, J.; Waugh, J. S. J. Magn. Reson. 1977, 28, 105-112
71. Vinod Chandran, C.; Madhu, P. K.; Kurur, N. D.; Brauniger, T. Magn. Reson. Chem. 2008, 46, 943-7
72. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
73. Goddard, T. D.; Kneller, D. G. In SPARKY 3.110; University of California: San Francisco, CA, 2004.
74. Huang, L.; McDermott, A. E. BBA-Bioenergetics 2008, 1777, 1098-1108
75. Pauli, J.; Baldus, M.; van Rossum, B.; de Groot, H.; Oschkinat, H. Chembiochem 2001, 2, 272-281
76. Igumenova, T. I.; McDermott, A. E.; Zilm, K. W.; Martin, R. W.; Paulson, E. K.; Wand, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6720-6727
77. Bockmann, A. Compt. Rend. Chim. 2006, 9, 381-392
78. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D402-408
79. Wang, Y. J.; Jardetzky, O. Protein Sci. 2002, 11, 852-861
80. Bax, A.; Freeman, R.; Kempsell, S. P. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4849-4851
81. Cadars, S.; Sein, J.; Duma, L.; Lesage, A.; Pham, T. N.; Baltisberger, J. H.; Brown, S. P.; Emsley, L. J. Magn. Reson. 2007, 188, 24-34
82. Grasso, G.; de Swiet, T. M.; Titman, J. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8676-8680
83. Sergeyev, I.; Day, L. A.; Goldbourt, A.; McDermott, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, in press.
84. Ryutaro, O.; Takegoshi, K. J. Chem. Phys. 2006, 125, 214503
85. Marvin, D. A.; Welsh, L. C.; Symmons, M. F.; Scott, W. R. P.; Straus, S. K. J. Mol. Biol. 2006, 355, 294-309
86. Wang, Y. A.; Yu, X.; Overman, S.; Tsuboi, M.; Thomas, J. G. J.; Egelman, E. H. J. Mol. Biol. 2006, 361, 209-215
87. Zimmermann, K.; Hagedorn, H.; Heuck, C. C.; Hinrichsen, M.; Ludwig, H. J. Biol. Chem. 1986, 261, 1653-1655
88. Tang, J.; Fraden, S. Liq. Cryst. 1995, 19, 459-467