Calculation of the absolute free energy of binding and related entropies with the HSMD-TI method: The FKBP12-L8 complex

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 12, 2011, Pages 4196-4207

  General, Ignacio J ^a   Dragomirova, Ralitsa ^a   Meirovitch, Hagai ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 83455177830     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct2004897     Document Type: Article

References (70)

1. Hermans, J.; Shankar, S. Isr. J. Chem. 1986, 27, 225-227
2. Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742-3746
3. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. Proteins 1993, 16, 226-245
4. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069
5. Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535-9551
6. Zhou, H.-X.; Gilson, M. K. Chem. Rev. 2009, 109, 4092-4107
7. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118-1134
8. Fujitani, H.; Tanida, Y.; Ito, M.; Jayachandran, G.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084108-5
9. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2234-2246
10. Singh, N.; Warshel, A. Proteins 2010, 78, 1724-1735
11. Singh, N.; Warshel, A. Proteins 2010, 78, 1705-1723
12. Fujitani, H.; Tanida, Y.; Matsuura, A. Phys. Rev. E 2009, 79, 021914-12
13. Jayachandran, G.; Shirts, M. R.; Park, S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084901-12
14. Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7683-7689
15. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1231-1235
16. Pohorille, A.; Jarzynski, C.; Chipot, C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10235-10253
17. Mobley, D. L.; Dill, K. A. Structure 2009, 17, 489-498
18. Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J.-C. Biophys. J. 1996, 71, 670-681
19. Hermans, J.; Wang, L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2707-2714
20. Deng, Y.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1255-1273
21. Chen, P.; Kuyucak, S. Biophys. J. 2009, 96, 2577-2588
22. General, I. J.; Dragomirova, R.; Meirovitch, H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 168-175
23. White, R. P.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10889-10904
24. White, R. P.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214908-11
25. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054903-14
26. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 192-208
27. Cheluvaraja, S.; Mihailescu, M.; Meirovitch, H. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9512-9522
28. Mihailescu, M.; Meirovitch, H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7950-7964
29. General, I. J.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2011, 134, 025104-17
30. Meirovitch, H. J. Mol. Recognit. 2010, 23, 153-172
31. Ponder, J. W. TINKER - Software Tools for Molecular Design, version 5.0; Washington University School of Medicine: St. Louis, MO, 2009.
32. Harrison, R. K.; Stein, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3464-3471
33. Schreiber, S. L. Science 1991, 251, 283-287
34. Kissinger, C. R.; Parge, H. E.; Knighton, D. R.; Lewis, C. T.; Pelletier, L. A.; Tempczyk, A.; Kalish, V. J.; Tucker, K. D.; Showalter, R. E.; Moomaw, E. W.; Gastinel, L. N.; Habuka, N.; Chen, X. H.; Maldonado, F.; Barker, J. E.; Bacquet, R.; Villafranca, J. E. Nature 1995, 378, 641-644
35. Griffith, J. P.; Kim, J. L.; Kim, E. E.; Sintchak, M. D; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Fleming, M. A.; Caron, P. R.; Hsiao, K.; Navia, M. A. Cell 1995, 82, 507-522
36. Van Duyne, G. D.; Standaert, R. F.; Karplus, P. A.; Schreiber, S. L.; Clardy, J. Science 1991, 252, 839-842
37. Holt, D. A.; Luengo, J. I.; Yamashita, D. S.; Oh, H.; Konialian, A. L.; Yen, H.; Rozamus, L. W.; Brandt, M.; Bossard, M. J.; Levy, M. A.; Eggleston, D. S; Liang, J.; Schultz, L. W.; Stout, T. J.; Clardy, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9925-9938
38. Wilson, K. P.; Yamashita, M. M.; Sintchak, M. D.; Rotstein, S. H.; Murcko, M. A.; Boger, J.; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Black, J. R.; Navia, M. A. Acta Crystallogr., Sect. D 1995, 51, 511-521
39. Shirts, M. R.; Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Pande, V. S. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13052-13063
40. Wang, J.; Deng, Y.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 91, 2798-2814
41. Swanson, J. M. J.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2004, 86, 67-74
42. Lamb, M. L.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 851-860
43. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050-9063
44. Im, W.; Bernèche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924-2937
45. Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-92
46. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.;, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; A. Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 11; University of California: San Francisco, CA, 2010.
47. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. L.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
48. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
49. Wang, J.; Wolf, R.M.; Calldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Compu. Chem. 2004, 25, 1157-1174
50. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dumbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wio2rkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
51. Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459-466
52. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585-590
53. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092
54. Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 1988, 89, 2514-2522
55. Meirovitch, H.; Alexandrowicz, Z. J. Stat. Phys. 1976, 15, 123-127
56. Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 7215-7224
57. Hnizdo, V.; Darian, E.; Fedorowicz, A.; Demchuk, E.; Li, S.; Singh, H. J. Comput. Chem. 2007, 28, 655-668
58. Killian, B. J.; Kravitz, J. Y.; Gilson, M. K. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024107-16
59. Hnizdo, V.; Tan, J.; Killian, B. J.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1605-1614
60. Wang, J.; Dixon, R.; Kollman, P. A. Proteins 1999, 34, 69-81
61. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarenden Press: Oxford, U. K., 1987.
62. Zacharias, M.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9025-9031
63. Steinbrecher, T.; Mobley, D. L.; Case, A. C. J. Chem. Phys. 2007, 127, 21410813
64. Hamilton, G.; Steiner, J. Curr. Pharm. Des. 1997, 3, 405-428
65. Åquist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J. -E. Protein Eng. 1994, 7, 385-391
66. Warshel, A.; Sharma, P. K.; Kato, M.; Parson, W. W. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1647-1676
67. King, E.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3647-3661
68. Lee, F. S.; Chu, Z. T.; Warshel, A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 161-185
69. Vanommeslaeghe, K; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerel, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671-690
70. Deng, Y.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2008, 128, 115103-8