A nonadiabatic ab initio dynamics study on rhodopsin and its analog isorhodopsin: Chemical dynamics reasons behind selection of rhodopsin by life

Chemistry Letters

Volumn 40, Issue 12, 2011, Pages 1395-1397

  Chung, Wilfredo Credo ^a   Nanbu, Shinkoh ^b   Ishida, Toshimasa ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b SOPHIA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 82155162707     PISSN: 03667022     EISSN: 13480715     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/cl.2011.1395     Document Type: Article

References (22)

1. F. Boll, Am. J. Med. Sci. 1878, 151, 190.
2. F. D. Collins, R. A. Morton, Biochem. J. 1950, 47, 18.
3. G. Wald, P. K. Brown, R. Hubbard, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1955, 41, 438.
4. R. W. Schoenlein, L. A. Peteanu, R. A. Mathies, C. V. Shank, Science 1991, 254, 412.
5. L. A. Peteanu, R. W. Schoenlein, Q. Wang, R. A. Mathies, C. V. Shank, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 11762.
6. R. W. Schoenlein, L. A. Peteanu, Q. Wang, R. A. Mathies, C. V. Shank, J. Phys. Chem. 1993, 97, 12087.
7. J. E. Kim, M. J. Tauber, R. A. Mathies, Biochemistry 2001, 40, 13774.
8. J. B. Hurley, T. G. Ebrey, B. Honig, M. Ottolenghi, Nature 1977, 270, 540.
9. L. M. Frutos, T. Andruniów, F. Santoro, N. Ferré, M. Olivucci, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 7764.
10. A. Strambi, P. B. Coto, L. M. Frutos, N. Ferré, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3382.
11. T. Ishida, S. Nanbu, H. Nakamura, J. Phys. Chem. A 2009, 113, 4356.
12. W. C. Chung, S. Nanbu, T. Ishida, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8190.
13. H. Nakamura, Nonadiabatic Transition: Concepts, Basic Theories and Applications, World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., Singapore, 2002, p. 376.
14. H.-J. Werner, P. J. Knowles, J. Chem. Phys. 1985, 82, 5053.
15. P. J. Knowles, H.-J. Werner, Chem. Phys. Lett. 1985, 115, 259.
16. W. J. Hehre, R. Ditchfield, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257.
17. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, Jr., D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
18. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03 (Revision D.01), Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
19. R. R. Birge, C. M. Einterz, H. M. Knapp, L. P. Murray, Biophys. J. 1988, 53, 367.
20. A. Trehan, R. S. H. Liu, Y. Shichida, Y. Imamoto, K. Nakamura, T. Yoshizawa, Bioorg. Chem. 1990, 18, 30.
21. R. M. Weiss, A. Warshel, J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 6131.
22. Supporting Information is available electronically on the CSJ-Journal Web site, http://www.csj.jp/journals/chem-lett/index.html.