Specific interactions in complexes formed by DNA and conducting polymer building blocks: Guanine and 3,4-(ethylenedioxy)thiophene

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 46, 2011, Pages 13642-13648

  Preat, Julien ^a,c   Teixeira Dias, Bruno ^b   Michaux, Catherine ^a   Perpète, Eric A ^a   Alemán, Carlos ^b  

^a UNIVERSITY OF NAMUR   (Belgium)

^b UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^c FNRS   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BUILDING BLOCKES; DFT CALCULATION; DNA COMPLEX; EXPERIMENTAL EVIDENCE; INTERACTION PATTERN; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; NUCLEOTIDE SEQUENCES; OSCILLATOR STRENGTHS; POLYMER BUILDING BLOCKS; PROTONATED; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; SPECIFIC INTERACTION; TIME DEPENDENT DENSITY FUNCTIONAL THEORY; VIS SPECTROSCOPY;

CONDUCTING POLYMERS; ELECTROMAGNETIC WAVE ABSORPTION; HYDROGEN BONDS; POSITIVE IONS; QUANTUM THEORY; THIOPHENE; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY; ULTRAVIOLET VISIBLE SPECTROSCOPY;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

DNA; FUSED HETEROCYCLIC RINGS; GUANINE; POLY(3,4 ETHYLENE DIOXYTHIOPHENE); POLY(3,4-ETHYLENE DIOXYTHIOPHENE); POLYMER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; QUANTUM THEORY;

BICYCLO COMPOUNDS, HETEROCYCLIC; DNA; GUANINE; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; POLYMERS; QUANTUM THEORY;

EID: 81555214741     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2076676     Document Type: Article

References (43)

1. Lee, J. W.; Serna, F.; Nickels, J.; Schmidt, C. E. Biomacromolecules 2006, 7, 1692-1695
2. del Valle, L. J.; Estrany, F.; Armelin, E.; Oliver, R.; Alemán, C. Macromol. Biosci. 2008, 8, 1144-1151
3. Azioune, A.; Chehimi, M. M.; Miksa, B.; Basinska, T.; Slomkowski, S. Langmuir 2002, 18, 1150-1156
4. Sanghvi, A. B.; Miller, K. P. H.; Belcher, A. M.; Schmidt, C. E. Nat. Mater. 2005, 4, 496-502
5. Peng, H.; Zhang, L.; Spires, J.; Soeller, C.; Travas-Sejdic, J. Polymer 2007, 48, 3413-3419
6. Fan, Y.; Chen, X. T.; Trigg, A. D.; Tung, C. H.; Kong, J. M.; Gao, Z. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5437-5443
7. Dawn, A.; Nandi, A. K. Macromolecules 2005, 38, 10067-10073
8. Xu, Q. H.; Gaylord, B. S.; Wang, S.; Bazan, G. C.; Moses, D.; Heeger, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11634-11639
9. Xu, Q. H.; Wang, S.; Korystov, D.; Mikhailovsky, A.; Bazan, G. C.; Moses, D.; Heeger, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 530-535
10. Gaylord, B. S.; Heeger, A. J.; Bazan, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 896-900
11. Wang, S.; Liu, B.; Gaylord, B. S.; Bazan, G. C. Adv. Funct. Mater. 2003, 13, 463-467
12. Xia, F.; Xiaolei, Z.; Yang, R.; Xiao, Y.; Kang, D.; Vallée- Bélise, A.; Gong, X.; Heeger, A. J.; Plaxco, K. V. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1252-1254
13. Kim, Y.; Whitten, J. E.; Swager, T. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12122-12130
14. Pfeiffer, P.; Armelin, E.; Estrany, F.; del Valle, L. J.; Cho, L. Y.; Alemán, C. J. Polym. Res. 2008, 15, 225-234
15. Zanuy, D.; Alemán, C. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3222-3230
16. Ocampo, C.; Armelin, E.; Estrany, F.; del Valle, L. J.; Oliver, R.; Sepulcre, F.; Alemán, C. Macromol. Mater. Eng. 2007, 292, 85-94
17. Teixeira-Dias, B.; del Valle, L. J.; Estrany, F.; Armelin, E.; Oliver, R.; Alemán, C. Eur. Polym. J. 2008, 44, 3700-3707
18. Alemán, C.; Teixeira-Dias, B.; Zanuy, D.; Estrany, F.; Armelin, E.; del Valle, L. J. Polymer 2009, 50, 1965-1974
19. Teixeira-Dias, B.; Zanuy, D.; del Valle, L. J.; Estrany, F.; Armelin, E.; Alemán, C. Macromol. Chem. Phys. 2010, 211, 1117-1126
20. Preat, J.; Zanuy, D.; Perpète, E. A.; Alemán, C. Biomacromolecules 2011, 12, 1298
21. Kircheis, R.; Blessing, T.; Brunner, S.; Wightman, L.; Wagner, E. J. Controlled Release 2001, 7, 165-170
22. Wolfert, M. A.; Dash, P. R.; Navarova, O.; Oupicky, D.; Seymour, L. W.; Smart, S.; Strohalm, J.; Ulbrich, K. M. A. Bioconjugate Chem. 1999, 10, 993-1004
23. Heywang, G.; Jonas, F. Adv. Mater. 1992, 4, 116
24. Dietrich, M.; Heinze, J.; Heywang, G.; Jonas, F. J. Electroanal. Chem. 1994, 369, 87
25. Ocampo, C.; Oliver, R.; Armelin, E.; Alemán, C.; Estrany, F. J. Polym. Res. 2006, 13, 193
26. Tamburri, E.; Orlanducci, S.; Toschi, F.; Terranova, M. L.; Passeri, D. Synth. Met. 2009, 159, 406
27. del Valle, L. J.; Aradilla, D.; Oliver, R.; Sepulcre, F.; Gamez, A.; Armelin, E.; Alemán, C.; Estrany, F. Eur. Polym. J. 2007, 43, 2342
28. Teixeria-Dias, B.; Zanuy, D.; Poater, J.; Sola, M.; Estrany, F.; Del Valle, L. J.; Alemán, C. Soft Matter 2011, 7, 9922-9932
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, revision A.1; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
30. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
31. Frish, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265
32. Preat, J.; Michaux, C.; Lewalle, A.; Perpète, E. A.; Jacquemin, D. Chem. Phys. Lett. 2008, 451, 37
33. Preat, J.; Loos, P. F.; Assfeld, X.; Jacquemin, D.; Perpète, E. A. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 574
34. Preat, J.; Jacquemin, D.; Wathelet, V.; André, J. M.; Perpète, E. A. Chem. Phys. 2007, 335, 177
35. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7433
36. Scalmani, G.; Frisch, M. J.; Mennucci, B.; Tomasi, J.; Cammi, R.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2006, 124, 094107
37. Yanai, T.; Tew, D.; Handy, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51
38. Preat, J. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 16716
39. Jacquemin, D.; Preat, J.; Perpète, E. A. Chem. Phys. Lett. 2005, 410, 254
40. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999
41. Cossi, M.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4708
42. Jang, Y. H.; Goddard, W. A., III; Noyes, K. T.; Sowers, L. C.; Hwang, S.; Chung, D. S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 344
43. NAncy EX: Project Web Hosting-Open Source Software. http://nancyex. sourceforge.net.