To understand the whole, you must know the parts: Unraveling the roles of protein-DNA interactions in genome regulation

Analyst

Volumn 136, Issue 15, 2011, Pages 3060-3065

  Smith, Lloyd M ^a   Shortreed, Michael R ^a   Olivier, Michael ^b  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b MEDICAL COLLEGE OF WISCONSIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DNA BINDING PROTEIN; HISTONE;

ANIMAL; CHEMICAL ANALYSIS; CHROMATIN; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC PROCEDURES; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; REVIEW;

ANIMALS; CHEMISTRY TECHNIQUES, ANALYTICAL; CHROMATIN; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC TECHNIQUES; HISTONES; HUMANS;

EID: 80054789595     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1an15037e     Document Type: Review

References (31)

1. P. J. Farnham Nat. Rev. Genet. 2009 10 605 616
2. E. Birney J. A. Stamatoyannopoulos A. Dutta R. Guigo T. R. Gingeras E. H. Margulies Z. Weng M. Snyder E. T. Dermitzakis R. E. Thurman M. S. Kuehn C. M. Taylor S. Neph C. M. Koch S. Asthana A. Malhotra I. Adzhubei J. A. Greenbaum R. M. Andrews P. Flicek P. J. Boyle H. Cao N. P. Carter G. K. Clelland S. Davis N. Day P. Dhami S. C. Dillon M. O. Dorschner H. Fiegler P. G. Giresi J. Goldy M. Hawrylycz A. Haydock R. Humbert K. D. James B. E. Johnson E. M. Johnson T. T. Frum E. R. Rosenzweig N. Karnani K. Lee G. C. Lefebvre P. A. Navas F. Neri S. C. Parker P. J. Sabo R. Sandstrom A. Shafer D. Vetrie M. Weaver S. Wilcox M. Yu F. S. Collins J. Dekker J. D. Lieb T. D. Tullius G. E. Crawford S. Sunyaev W. S. Noble I. Dunham F. Denoeud A. Reymond P. Kapranov J. Rozowsky D. Zheng R. Castelo A. Frankish J. Harrow S. Ghosh A. Sandelin I. L. Hofacker R. Baertsch D. Keefe S. Dike J. Cheng H. A. Hirsch E. A. Sekinger J. Lagarde J. F. Abril A. Shahab C. Flamm C. Fried J. Hackermuller J. Hertel M. Lindemeyer K. Missal A. Tanzer S. Washietl J. Korbel O. Emanuelsson J. S. Pedersen N. Holroyd R. Taylor D. Swarbreck N. Matthews M. C. Dickson D. J. Thomas M. T. Weirauch J. Gilbert J. Drenkow I. Bell X. Zhao K. G. Srinivasan W. K. Sung H. S. Ooi K. P. Chiu S. Foissac T. Alioto M. Brent L. Pachter M. L. Tress A. Valencia S. W. Choo C. Y. Choo C. Ucla C. Manzano C. Wyss E. Cheung T. G. Clark J. B. Brown M. Ganesh S. Patel H. Tammana J. Chrast C. N. Henrichsen C. Kai J. Kawai U. Nagalakshmi J. Wu Z. Lian J. Lian P. Newburger X. Zhang P. Bickel J. S. Mattick P. Carninci Y. Hayashizaki S. Weissman T. Hubbard R. M. Myers J. Rogers P. F. Stadler T. M. Lowe C. L. Wei Y. Ruan K. Struhl M. Gerstein S. E. Antonarakis Y. Fu E. D. Green U. Karaoz A. Siepel J. Taylor L. A. Liefer K. A. Wetterstrand P. J. Good E. A. Feingold M. S. Guyer G. M. Cooper G. Asimenos C. N. Dewey M. Hou S. Nikolaev J. I. Montoya-Burgos A. Loytynoja S. Whelan F. Pardi T. Massingham H. Huang N. R. Zhang I. Holmes J. C. Mullikin A. Ureta-Vidal B. Paten M. Seringhaus D. Church K. Rosenbloom W. J. Kent E. A. Stone S. Batzoglou N. Goldman R. C. Hardison D. Haussler W. Miller A. Sidow N. D. Trinklein Z. D. Zhang L. Barrera R. Stuart D. C. King A. Ameur S. Enroth M. C. Bieda J. Kim A. A. Bhinge N. Jiang J. Liu F. Yao V. B. Vega C. W. Lee P. Ng A. Yang Z. Moqtaderi Z. Zhu X. Xu S. Squazzo M. J. Oberley D. Inman M. A. Singer T. A. Richmond K. J. Munn A. Rada-Iglesias O. Wallerman J. Komorowski J. C. Fowler P. Couttet A. W. Bruce O. M. Dovey P. D. Ellis C. F. Langford D. A. Nix G. Euskirchen S. Hartman A. E. Urban P. Kraus S. Van Calcar N. Heintzman T. H. Kim K. Wang C. Qu G. Hon R. Luna C. K. Glass M. G. Rosenfeld S. F. Aldred S. J. Cooper A. Halees J. M. Lin H. P. Shulha M. Xu J. N. Haidar Y. Yu V. R. Iyer R. D. Green C. Wadelius P. J. Farnham B. Ren R. A. Harte A. S. Hinrichs H. Trumbower H. Clawson J. Hillman-Jackson A. S. Zweig K. Smith A. Thakkapallayil G. Barber R. M. Kuhn D. Karolchik L. Armengol C. P. Bird P. I. de Bakker A. D. Kern N. Lopez-Bigas J. D. Martin B. E. Stranger A. Woodroffe E. Davydov A. Dimas E. Eyras I. B. Hallgrimsdottir J. Huppert M. C. Zody G. R. Abecasis X. Estivill G. G. Bouffard X. Guan N. F. Hansen J. R. Idol V. V. Maduro B. Maskeri J. C. McDowell M. Park P. J. Thomas A. C. Young R. W. Blakesley D. M. Muzny E. Sodergren D. A. Wheeler K. C. Worley H. Jiang G. M. Weinstock R. A. Gibbs T. Graves R. Fulton E. R. Mardis R. K. Wilson M. Clamp J. Cuff S. Gnerre D. B. Jaffe J. L. Chang K. Lindblad-Toh E. S. Lander M. Koriabine M. Nefedov K. Osoegawa Y. Yoshinaga B. Zhu P. J. de Jong Nature 2007 447 799 816
3. V. Boeva D. Surdez N. Guillon F. Tirode A. P. Fejes O. Delattre E. Barillot Nucleic Acids Res. 2010 38 e126
4. M. Chioda P. B. Becker Heredity 2010 105 71 79
5. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and P. Walter, Molecular Biology of the Cell, Garland Science, New York, 2002
6. V. G. Allfrey R. Faulkner A. E. Mirsky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1964 51 786 794
7. R. Desrosiers R. M. Tanguay Biochem. Biophys. Res. Commun. 1985 133 823 829
8. B. M. Turner A. J. Birley J. Lavender Cell 1992 69 375 384
9. J. E. Brownell C. D. Allis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 6364 6368
10. B. D. Strahl C. D. Allis Nature 2000 403 41 45
11. R. J. Klose A. P. Bird Trends Biochem. Sci. 2006 31 89 97
12. H. D. Morgan F. Santos K. Green W. Dean W. Reik Hum. Mol. Genet. 2005 14 Spec No 1 R47 R58
13. R. E. Amir I. B. Van den Veyver M. Wan C. Q. Tran U. Francke H. Y. Zoghbi Nat. Genet. 1999 23 185 188
14. J. Berger A. Bird Biochem. Soc. Trans. 2005 33 1537 1540
15. J. P. Lambert J. Fillingham M. Siahbazi J. Greenblatt K. Baetz D. Figeys Mol. Syst. Biol. 2010 6 448
16. D. Jiang H. W. Jarrett W. E. Haskins J. Chromatogr., A 2009 1216 6881 6889
17. G. Mittler F. Butter M. Mann Genome Res. 2009 19 284 293
18. M. Butala S. J. Busby D. J. Lee Nucleic Acids Res. 2009 37 e37
19. J. Déjardin R. E. Kingston Cell 2009 136 175 186
20. P. Perez-Romero M. J. Imperiale Methods Mol. Med. 2007 131 123 139
21. A. P. Boyle L. Song B. K. Lee D. London D. Keefe E. Birney V. R. Iyer G. E. Crawford T. S. Furey Genome Res. 2010
22. B. Shi X. Guo T. Wu S. Sheng J. Wang G. Skogerbo X. Zhu R. Chen BMC Genomics 2009 10 92
23. L. Elnitski V. X. Jin P. J. Farnham S. J. Jones Genome Res. 2006 16 1455 1464
24. A. J. Walhout Genome Res. 2006 16 1445 1454
25. G. T. Hermanson, Bioconjugate Techniques, Academic Press, San Diego, 1996
26. P. Collas Mol. Biotechnol. 2010 45 87 100
27. G. Robertson M. Hirst M. Bainbridge M. Bilenky Y. Zhao T. Zeng G. Euskirchen B. Bernier R. Varhol A. Delaney N. Thiessen O. L. Griffith A. He M. Marra M. Snyder S. Jones Nat. Methods 2007 4 651 657
28. J. A. Stead J. N. Keen K. J. McDowall Mol. Cell. Proteomics 2006 5 1697 1702
29. E. Nordhoff A. M. Krogsdam H. F. Jorgensen B. H. Kallipolitis B. F. Clark P. Roepstorff K. Kristiansen Nat. Biotechnol. 1999 17 884 888
30. T. J. Griffin R. Aebersold J. Biol. Chem. 2001 276 45497 45500
31. C. L. Himeda J. A. Ranish J. C. Angello P. Maire R. Aebersold S. D. Hauschka Mol. Cell. Biol. 2004 24 2132 2143