DNA-guided display of proteins and protein ligands for the interrogation of biology

Chemical Society Reviews

Volumn 40, Issue 12, 2011, Pages 5789-5801

  Diezmann, Franziska ^a   Seitz, Oliver ^a  

^a HUMBOLDT UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80053623414     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cs15054e     Document Type: Article

References (107)

1. T. J. Bandy, A. Brewer, J. R. Burns, G. Marth, T. Nguyen, E. Stulz, Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 138-148
2. N. C. Seeman, Nature, 2003, 421, 427-431
3. E. S. Andersen, M. Dong, M. M. Nielsen, K. Jahn, R. Subramani, W. Mamdouh, M. M. Golas, B. Sander, H. Stark, C. L. P. Oliveira, J. S. Pedersen, V. Birkedal, F. Besenbacher, K. V. Gothelf, J. Kjems, Nature, 2009, 459, 73-76
4. P. K. Lo, K. L. Metera, H. F. Sleiman, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 597-607
5. P. W. K. Rothemund, Nature, 2006, 440, 297-302
6. C. Lin, Y. Liu, S. Rinker, H. Yan, ChemPhysChem, 2006, 7, 1641-1647
7. U. Feldkamp, C. M. Niemeyer, Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 1856-1876
8. F. A. Aldaye, A. L. Palmer, H. F. Sleiman, Science, 2008, 321, 1795-1799
9. H. Hansma, K. Kim, D. E. Laneya, R. A. Garciab, M. Argamanc, M. J. Allend, S. M. Parsons, J. Struct. Biol. 1997, 119, 99-108
10. Y. Lu, B. Weers, N. C. Stellwagen, Biopolymers, 2002, 61, 261-275
11. M. A. Fuertes, V. Cepeda, C. Alonso, J. M. Pérez, Chem. Rev. 2006, 106, 2045-2064
12. V. Andrushchenko, H. Wieser, P. Bouř, J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 12623-12634
13. E. Protozanova, P. Yakovchuk, M. D. Frank-Kamenetskii, J. Mol. Biol. 2004, 342, 775-785
14. H. E. Moser, P. B. Dervan, Science, 1987, 238, 645-650
15. J.-C. Francois, T. Saison-Behmoaras, C. Hélène, Nucleic Acids Res. 1988, 16, 11431-11440
16. J. Tumpane, R. Kumar, E. Lundberg, P. Sandin, N. Gale, I. S. Nandhakumar, B. Albinsson, P. Lincoln, L. M. Wilhelmsson, T. Brown, B. Nordén, Nano Lett. 2007, 7, 3832-3839
17. M. D. Frank-Kamenetskii, S. M. Mirkin, Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 65-95
18. I. Ghosh, C. I. Stains, A. T. Ooi, D. J. Segal, Mol. BioSyst. 2006, 2, 551-560
19. A. Porcheddu, G. Giacomelli, Curr. Med. Chem. 2005, 12, 2561-2599
20. R. P. Singh, B.-K. Oh, J.-W. Choi, Bioelectrochemistry, 2010, 79, 153-161
21. S. Buchini, C. J. Leumann, Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 717-726
22. J. T. Davis, Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 668-698
23. S. Burge, G. N. Parkinson, P. Hazel, A. K. Todd, S. Neidle, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5402-5415
24. N. C. Seeman, Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 65-87
25. W. Shih, J. Quispe, Nature, 2004, 427, 260-261
26. J. Chen, N. C. Seeman, Nature, 1991, 350, 631-633
27. R. P. Goodman, R. M. Berry, A. J. Turberfield, Chem. Commun. 2004, 1372-1373
28. D. Yang, M. J. Campolongo, T. N. Nhi Tran, R. C. H. Ruiz, J. S. Kahn, D. Luo, Wiley Interdiscip. Rev.: Nanomed. Nanobiotechnol. 2010, 2, 648-669
29. A. Kuzuya, M. Komiyama, Nanoscale, 2010, 2, 310-322
30. J. Nangreave, D. Han, Y. Liu, H. Yan, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 608-615
31. D. C. Harris, X. Chu, J. Jayawickramarajah, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14950-14951
32. L. Mannocci, S. Melkko, F. Buller, I. Molnàr, J.-P. G. Bianké, C. E. Dumelin, J. Scheuermann, D. Neri, Bioconjugate Chem. 2010, 21, 1836-1841
33. D. M. Tagore, K. I. Sprinz, S. Fletcher, J. Jayawickramarajah, A. D. Hamilton, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 223-225
34. C. Portela, F. Albericio, R. Eritja, L. Castedo, J. L. Mascareñas, ChemBioChem, 2007, 8, 1110-1114
35. V. Lapiene, F. Kukolka, K. Kiko, A. Arndt, C. M. Niemeyer, Bioconjugate Chem. 2010, 21, 921-927
36. K. I. Sprinz, D. M. Tagore, A. D. Hamilton, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 3908-3911
37. I. Burbulis, K. Yamaguchi, A. Gordon, R. Carlson, R. Brent, Nat. Methods, 2005, 2, 31-37
38. R. Pei, S. K. Taylor, D. Stefanovic, S. Rudchenko, T. E. Mitchell, M. N. Stojanovic, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12693-12699
39. K. Gorska, K.-T. Huang, O. Chaloin, N. Winssinger, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 7695-7700
40. C. M. Niemeyer, T. Sano, C. L. Smith, C. R. Cantor, Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5530-5539
41. C. M. Niemeyer, J. Koehler, C. Wuerdemann, ChemBioChem, 2002, 3, 242-245
42. R. P. Goodman, C. M. Erben, J. Malo, W. M. Ho, M. L. McKee, A. N. Kapanidis, A. J. Turberfield, ChemBioChem, 2009, 10, 1551-1557
43. F. Diezmann, H. Eberhard, O. Seitz, Biopolymers, 2010, 94, 397-404
44. Y. Yamada, K. Matsuura, K. Kobayashi, Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 1913-1922
45. C. Scheibe, A. Bujotzek, J. Dernedde, M. Weber, O. Seitz, Chem. Sci. 2011, 2, 770-775
46. H. Yan, S. H. Park, G. Finkelstein, J. H. Reif, T. H. LaBean, Science, 2003, 301, 1882-1884
47. C. Niemeyer, Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 609-618
48. C. M. Niemeyer, Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 1200-1216
49. C.-H. Kuo, L. Fruk, C. M. Niemeyer, Chem.–Asian J. 2009, 4, 1064-1069
50. C. M. Niemeyer, Trends Biotechnol. 2002, 20, 395
51. J. Müller, C. M. Niemeyer, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 377, 62-67
52. O. I. Wilner, Y. Weizmann, R. Gill, O. Lioubashevski, R. Freeman, I. Willner, Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 249-254
53. O. I. Wilner, S. Shimron, Y. Weizmann, Z.-G. Wang, I. Willner, Nano Lett. 2009, 9, 2040-2043
54. B. A. Williams, K. Lund, Y. Liu, H. Yan, J. C. Chaput, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 3051-3054
55. R. Chhabra, J. Sharma, Y. Ke, Y. Liu, S. Rinker, S. Lindsay, H. Yan, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10304-10305
56. S. Rinker, Y. Ke, Y. Liu, R. Chhabra, H. Yan, Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 418-422
57. W. Shen, H. Zhong, D. Neff, M. L. Norton, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6660-6661
58. A. Kuzuya, K. Numajiri, M. Komiyama, Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 3400-3402
59. B. Saccà, R. Meyer, M. Erkelenz, K. Kiko, A. Arndt, H. Schroeder, K. S. Rabe, C. M. Niemeyer, Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 9378-9383
60. N. Stephanopoulos, M. Liu, G. J. Tong, Z. Li, Y. Liu, H. Yan, M. B. Francis, Nano Lett. 2010, 10, 2714-2720
61. T. Sano, C. L. Smith, C. R. Cantor, Science, 1992, 258, 120-122
62. C. M. Niemeyer, Nucleic Acids Res. 2003, 31, e90
63. S. Fredriksson, M. Gullberg, J. Jarvius, C. Olsson, K. Pietras, S. M. Gústafsdóttir, A. Ostman, U. Landegren, Nat. Biotechnol. 2002, 20, 473-477
64. S. M. Gustafsdottir, J. Schlingemann, A. Rada-Iglesias, E. Schallmeiner, M. Kamali-Moghaddam, C. Wadelius, U. Landegren, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 3067-3072
65. L. Zhu, H. Koistinen, U. Landegren, U.-H. Stenman, Clin. Chem. (Washington, D. C.), 2009, 55, 1665-1671
66. K. J. Cash, F. Ricci, K. W. Plaxco, Chem. Commun. 2009, 6222-6224
67. S. Thurley, L. Röglin, O. Seitz, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12693-12695
68. B. Choi, G. Zocchi, S. Canale, Y. Wu, S. Chan, L. Perry, Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 7-10
69. B. Choi, G. Zocchi, Biophys. J. 2007, 92, 1651-1658
70. B. Choi, G. Zocchi, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8541-8548
71. S. Pensato, M. Renda, F. Leccia, M. Saviano, L. D. D'Andrea, C. Pedone, P. V. Pedone, A. Romanelli, Biopolymers, 2010, 93, 434-441
72. V. V. Demidov, N. V. Dokholyan, C. Witte-Hoffmann, P. Chalasani, H.-W. Yiu, F. Ding, Y. Yu, C. R. Cantor, N. E. Broude, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 2052-2056
73. K. A. Cissell, Y. Rahimi, S. Shrestha, S. K. Deo, Bioconjugate Chem. 2009, 20, 15-19
74. N. S. Oltra, J. Bos, G. Roelfes, ChemBioChem, 2010, 11, 2255-2258
75. J. L. Furman, A. H. Badran, O. Ajulo, J. R. Porter, C. I. Stains, D. J. Segal, I. Ghosh, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11692-11701
76. L. Röglin, M. R. Ahmadian, O. Seitz, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 2704-2707
77. L. Röglin, F. Altenbrunn, O. Seitz, ChemBioChem, 2009, 10, 758-765
78. F. Buller, L. Mannocci, J. Scheuermann, D. Neri, Bioconjugate Chem. 2010, 21, 1571-1580
79. J. B. Doyon, T. M. Snyder, D. R. Liu, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12372-12373
80. Z. J. Gartner, B. N. Tse, R. Grubina, J. B. Doyon, T. M. Snyder, D. R. Liu, Science, 2004, 305, 1601-1605
81. B. N. Tse, T. M. Snyder, Y. Shen, D. R. Liu, Library, 2009, 130, 15611-15626
82. S. J. Wrenn, R. M. Weisinger, D. R. Halpin, P. B. Harbury, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13137-13143
83. S. Melkko, J. Scheuermann, C. E. Dumelin, D. Neri, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 568-574
84. N. Winssinger, J. L. Harris, B. J. Backes, P. G. Schultz, Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 3152-3155
85. N. Winssinger, S. Ficarro, P. G. Schultz, J. L. Harris, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 11139-11144
86. J. J. Díaz-Mochón, L. Bialy, L. Keinicke, M. Bradley, Chem. Commun. 2005, 1384-1386
87. J. J. Díaz-Mochón, L. Bialy, M. Bradley, Chem. Commun. 2006, 3984-3986
88. S. Melkko, C. E. Dumelin, J. Scheuermann, D. Neri, Drug Discovery Today, 2007, 12, 465-471
89. R. E. Kleiner, C. E. Dumelin, G. C. Tiu, K. Sakurai, D. R. Liu, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11779-11791
90. J. Scheuermann, D. Neri, ChemBioChem, 2010, 11, 931-937
91. J. P. Daguer, M. Ciobanu, S. Alvarez, S. Barluenga, N. Winssinger, Chem. Sci. 2011, 2, 625-632
92. M. A. Clark, R. A. Acharya, C. C. Arico-Muendel, S. L. Belyanskaya, D. R. Benjamin, N. R. Carlson, P. A. Centrella, C. H. Chiu, S. P. Creaser, J. W. Cuozzo, C. P. Davie, Y. Ding, G. J. Franklin, K. D. Franzen, M. L. Gefter, S. P. Hale, N. J. V. Hansen, D. I. Israel, J. Jiang, M. J. Kavarana, M. S. Kelley, C. S. Kollmann, F. Li, K. Lind, S. Mataruse, P. F. Medeiros, J. A. Messer, P. Myers, H. O'Keefe, M. C. Oliff, C. E. Rise, A. L. Satz, S. R. Skinner, J. L. Svendsen, L. Tang, K. van Vloten, R. W. Wagner, G. Yao, B. Zhao, B. A. Morgan, Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 647-654
93. L. M. McGregor, D. J. Gorin, C. E. Dumelin, D. R. Liu, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 15522-15524
94. M. W. Kanan, M. M. Rozenman, K. Sakurai, T. M. Snyder, D. R. Liu, Nature, 2004, 431, 545-549
95. A. Erben, T. Grossmann, O. Seitz, Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 2828-2832
96. K. Gorska, J. Beyrath, S. Fournel, G. Guichard, N. Winssinger, Chem. Commun. 2010, 46, 7742-7744
97. S. Melkko, Y. Zhang, C. E. Dumelin, J. Scheuermann, D. Neri, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 4671-4674
98. B. A. Rosenzweig, N. T. Ross, D. M. Tagore, J. Jayawickramarajah, I. Saraogi, A. D. Hamilton, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5020-5021
99. J. C. Chaput, C. Switzer, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 10614-10619
100. F. Seela, R. Kröschel, Bioconjugate Chem. 2001, 12, 1043-1050
101. K. Matsuura, M. Hibino, Y. Yamada, K. Kobayashi, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 357-358
102. K. Matsuura, M. Hibino, T. Ikeda, Y. Yamada, K. Kobayashi, Chem.–Eur. J. 2004, 10, 352-359
103. G. N. Roviello, E. Benedetti, C. Pedone, E. M. Bucci, Amino Acids, 2010, 39, 45-57
104. B. A. R. Williams, C. W. Diehnelt, P. Belcher, M. Greving, N. W. Woodbury, S. A. Johnston, J. C. Chaput, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17233-17241
105. H. Eberhard, F. Diezmann, O. Seitz, Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 4146-4150
106. K. Rinaudo, L. Bleris, R. Maddamsetti, S. Subramanian, R. Weiss, Y. Benenson, Nat. Biotechnol. 2007, 25, 795-801
107. R. Jungmann, S. Renner, F. C. Simmel, HFSP J. 2008, 2, 99-109