Conditional reversible work method for molecular coarse graining applications

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 22, 2011, Pages 10468-10474

  Brini, Emiliano ^a   Marcon, Valentina ^a   Van Der Vegt, Nico F A ^a  

^a DARMSTADT UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79959747192     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp02888f     Document Type: Article

References (30)

1. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1995 52 3730 3737
2. R. L. C. Akkermans W. J. Briels J. Chem. Phys. 2001 114 1020
3. D. Reith M. Putz F. Müller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624 1636
4. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 4464 4470
5. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
6. S. O. Nielsen C. F. Lopez G. Srinivas M. L. Klein J. Chem. Phys. 2003 119 7043 7049
7. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750 760
8. D. Fritz C. R. Herbers K. Kremer N. F. A. van der Vegt Soft Matter 2009 5 4556 4563
9. V. Ruehle C. Junghans A. Lukyanov K. Kremer D. Andrienko J. Chem. Theory Comput. 2009 5 3211 3223
10. R. L. Henderson Phys. Lett. A 1974 A49 197 198
11. J. D. McCoy J. G. Curro Macromolecules 1998 31 9362
12. H. Fukunaga T. Aoyagi J. Takimoto M. Doi Comput. Phys. Commun. 2001 142 224
13. A. Ben-Naim, Molecular theory of solutions, Oxford University Press, New York, 2006
14. K. Farah A. C. Fogarty M. C. Böhm F. Müller-Plathe Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 2894
15. D. Fritz V. A. Harmandaris K. Kremer N. F. A. van der Vegt Macromolecules 2009 42 7579 7588
16. W. L. Jorgensen D. Maxwell J. TiradoRives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
17. W. L. Jorgensen J. TiradoRives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657 1666
18. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
19. H. J. C. Berendsen D. Vanderspoel R. Vandrunen Comput. Phys. Commun. 1995 91 43 56
20. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
21. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
22. B. Hess J. Chem. Theory Comput. 2008 4 116 122
23. A. Villa C. Peter N. F. A. van der Vegt J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2434 2444
24. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
25. S. Nose M. L. Klein Mol. Phys. 1983 50 1055 1076
26. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten Journal of Molecular Graphics 1996 14 33 38
27. P. Carbone H. A. Karimi-Varzaneh X. Chen F. Müller-Plathe J. Chem. Phys. 2008 128 064904
28. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2005 123 134105
29. W. G. Noid J. W. Chu G. S. Ayton G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 4116
30. A. J. Rzepiela M. Louhivuori C. Peter S. J. Marrink Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 10.1039/c0cp02981e