Development of a polarizable force field for molecular dynamics simulations of poly (Ethylene Oxide) in aqueous solution

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 6, 2011, Pages 1902-1915

  Starovoytov, Oleg N ^a   Borodin, Oleg ^a   Bedrov, Dmitry ^a   Smith, Grant D ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79959269088     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200064u     Document Type: Article

References (91)

1. Hamley, I. W. The Physics of Block Copolymers; Oxford University Press, Inc.: New York, 1998; p 295.
2. Hadjichristiis, N.; Pispas, S.; Floudas, G. A. In Block Copolymers: Synthetic Strategies, Physical Properties, and Applications; Hadjichristidis, N., Ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2003; p 290.
3. Yallapu, M. M.; Reddy, M. K.; Labhasetwar, V. In Biomedical Applications of Nanotechnology; Labhasetwar, V., Leslie-Pelecky, D. L., Eds.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2007; p 131.
4. Batrakova, E. V.; Kabanov, A. V. J. Controlled Release 2008, 130, 98
5. Bae, Y. C.; Lambert, S. M.; Soane, D. S.; Prausnitz, J. M. Macromolecules 1991, 24, 4403
6. Saeki, S.; Kuwahara, N.; Nakata, M.; Kaneko, M. Polymer 1976, 17, 685
7. Malcolm, G. N.; Rowlinson, J. S. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1957, 53, 921
8. Bedrov, D.; Borodin, O.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5683
9. Smith, G. D.; Bedrov, D.; Borodin, O. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9548
10. Smith, G. D.; Bedrov, D. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1283
11. Anderson, P. M.; Wilson, M. R. Mol. Phys. 2005, 103, 89
12. Smith, G. D.; Borodin, O.; Bedrov, D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1480
13. Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; Greene, S.; Venable, R. M.; Moser, A.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1120
14. Bekiranov, S.; Bruinsma, R.; Pincus, P. Phys. Rev. E 1997, 55, 577
15. Smith, G. D.; Bedrov, D.; Borodin, O. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 5583
16. Dormidontova, E. E. Macromolecules 2002, 35, 987
17. Smith, G. D.; Bedrov, D. Macromolecules 2002, 35, 5712
18. Matsuyama, A.; Tanaka, F. Phys. Rev. Lett. 1990, 65, 341
19. Karlström, G. J. Phys. Chem. 1984, 89, 4962
20. Dormidontova, E. E. Macromolecules 2004, 37, 7747
21. Goldmints, I.; Holzwarth, J. F.; Smith, K. A.; Hatton, T. A. Langmuir 1997, 13, 6130
22. Goldmints, I.; vonGottberg, F. K.; Smith, K. A.; Hatton, T. A. Langmuir 1997, 13, 3659
23. Mortensen, K. J. Phys. Cond. Matter 1996, 8, A103
24. Mortensen, K.; Brown, W. Macromolecules 1993, 26, 4128
25. Sandell, L. S.; Goring, D. A. I. Makromol. Chem. 1970, 138, 77
26. Bilimova, Y. S.; Gladkovskii, G. A.; Golubev, V. M.; Medved, Z. N. Polym. Sci. U.S.S.R 1980, 22, 2456
27. Medved, Z. N.; Pencel, Y.; Denisova, T. A.; Lebedev, B. C. Vysokomol. Soedin. Ser. B 1981, 23, 276
28. Medved, Z. N.; Petrova, N. I.; Tarakanov, O. G. Vysokomol. Soedin. Ser. B 1982, 24, 674
29. Carlsson, M.; Hallén, D.; Linse, P. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1995, 91, 2081
30. Crowther, N. J.; Eagland, D. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1996, 92, 1859
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
32. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219
33. Jorgensen, W. L.; Jenson, C. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1179
34. Yu, H.; Hansson, T.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2003, 118, 221
35. Yu, H.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9549
36. Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141
37. Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2276
38. Stern, H. A.; Rittner, F.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2237
39. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185
40. Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245
41. English, N. J. Mol. Phys. 2005, 103, 1945
42. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
43. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: New York, 1987; p 33.
44. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117
45. Ismail, A. E.; Grest, G. S.; Stevens, M. J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 014702(1
46. Smith, G. D.; Bedrov, D. Macromolecules 2002, 35, 5712
47. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I. M.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision E.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
48. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
49. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098
50. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1992, 98, 1372
51. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1992, 98, 5648
52. Kendall, R. A.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796
53. Borodin, O.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6801
54. Smith, G. D.; Borodin, O. In Molecular Simulation Methods for Predicting Polymer Properties; Galiatsatos, V.; Ed.; John Wiley & Sons Inc: New York, 2005; p 47.
55. Borodin, O.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6279
56. Borodin, O.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1763
57. Lee, H.; Venable, R. M.; MacKerell, A. D.; Pastor, R. W. Biophys. J. 2008, 95, 1590
58. Borodin, O. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11463
59. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553
60. Waldman, M.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1077
61. http://www.eng.utah.edu/~gdsmith/lucretius.html (accessed April 2011).
62. CRC Handbook of Chemistry and Physics; Lide, D. R., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2006.
63. Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1982, 45, 637
64. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2016
65. Ben-Naim, A. Statistical Thermodynamics for Chemists and Biochemists; Plenum Press: New York, 1992; p 459.
66. Jorgensen, W. L.; Blake, J. F.; Buckner, J. K. Chem. Phys. 1989, 129, 193
67. Li, L. W.; Davande, H.; Bedrov, D.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4067
68. Bedrov, D.; Smith, G. D.; Davande, H.; Li, L. W. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2078
69. Simkin, B. Y.; Sheikhet, I. I. In Quantum Chemical and Statistical Theory of Solutions: A Computational Approach; Kemp, T. J., Ed.; Ellis Horwood Limited: New York, 1995; p 155.
70. Yoshida, H.; Takikawa, K.; Kaneko, I.; Matsuura, H. J. Mol. Struct. 1993, 311, 205
71. Matsuura, H.; Sagawa, T. J. Mol. Liq. 1995, 65/66, 313
72. Masatoki, S.; Takamura, M.; Matsuura, H.; Kamogawa, K.; Kitagawa, T. Chem. Lett. 1995, 991
73. Yoshida, H.; Tanaka, T.; Matsuura, H. Chem. Lett. 1996, 637
74. Begum, R.; Matsuura, H. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1997, 93, 3839
75. Yoshida, H.; Matsuura, H. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2691
76. Goutev, N.; Ohno, K.; Matsuura, H. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9226
77. Das, B.; Roy, M. N.; Hazra, D. K. Indian J. Chem. Technol. 1994, 1, 93
78. Trouw, F.; Bedrov, D.; Borodin, O.; Smith, G. D. J. Chem. Phys. 2000, 01
79. Yeh, I.-C.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15873
80. Mills, R. Mol. Motions Liq. 1974, 391
81. Holtz, M.; Heil, S. R.; Sacco, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 4740
82. Daivis, P. J.; Evans, D. J. J. Chem. Phys. 1994, 100, 541
83. Smith, G. D.; Borodin, O.; Bedrov, D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10318
84. Stephenson, R. M. J. Chem. Eng. Data 1993, 38, 134
85. Baker, C. M.; MacKerell, A. D. J. Mol. Model. 2009, 16, 567
86. Mülders, T.; Krüger, P.; Swegat, W.; Schlitter, J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 4869
87. Smith, G. D.; Bedrov, D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3095
88. Cabani, S.; Mollica, V. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1978, 74, 2667
89. Dohnal, V.; Roux, A. H.; Hynek, V. J. Solution Chem. 1994, 23, 889
90. Kustov, A. V.; Antonova, O. A.; Korolev, V. P. J. Solution Chem. 2002, 31, 671
91. Gillen, K. T.; Douglass, D. C.; Hoch, M. J. R. J. Chem. Phys. 1972, 57, 5117