Fully automated software solution for protein quantitation by global metabolic labeling with stable isotopes

Rapid Communications in Mass Spectrometry

Volumn 25, Issue 11, 2011, Pages 1461-1471

  Bindschedler, L V ^a   Cramer, R ^a  

^a UNIVERSITY OF READING   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CELL CULTURE; DATA HANDLING; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PROTEINS;

AMINO-ACIDS; COMPARATIVE ANALYZES; FULLY AUTOMATED; ISOTOPOLOGUES; MASS SPECTROMETRY DATA; METABOLIC LABELING; PROTEIN QUANTITATIONS; SOFTWARE SOLUTION; STABLE ISOTOPES; STABLE-ISOTOPE LABELING;

ISOTOPES;

EID: 79956315121     PISSN: 09514198     EISSN: 10970231     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/rcm.4872     Document Type: Conference Paper

References (36)

1. A. Ross, W. Kessler, D. Krumme, U. Menge, J. Wissing, J. van den Heuvel, L. Flohe,. J. Biotechnol. 2004, 108, 31.
2. A. Kolkman, P. Daran-Lapujade, A. Fullaondo, M. M. Olsthoorn, J. T. Pronk, M. Slijper, A. J. Heck,. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 2006.0026.
3. Y. Oda, K. Huang, F. R. Cross, D. Cowburn, B. T. Chait,. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 6591.
4. T. P. Conrads, K. Alving, T. D. Veenstra, M. E. Belov, G. A. Anderson, D. J. Anderson, M. S. Lipton, L. Pasa-Tolic, H. R. Udseth, W. B. Chrisler, B. D. Thrall, R. D. Smith,. Anal. Chem. 2001, 73, 2132.
5. N. Gustavsson, B. Greber, T. Kreitler, H. Himmelbauer, H. Lehrach, J. Gobom,. Proteomics 2005, 5, 3563.
6. J. J. Benschop, S. Mohammed, M. O'Flaherty, A. J. R. Heck, M. Slijper, F. L. H. Menke,. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1198.
7. W. R. Engelsberger, A. Erban, J. Kopka, W. X. Schulze,. Plant Methods 2006, 2, 14.
8. T. Stanislas, D. Bouyssie, M. Rossignol, S. Vesa, J. Fromentin, J. Morel, C. Pichereaux, B. Monsarrat, F. Simon-Plas,. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2186.
9. V. Lanquar, L. Kuhn, F. Lelievre, M. Khafif, C. Espagne, C. Bruley, H. Barbier-Brygoo, J. Garin, S. Thomine,. Proteomics 2007, 7, 750.
10. C. J. Nelson, E. L. Huttlin, A. D. Hegeman, A. C. Harms, M. R. Sussman,. Proteomics 2007, 7, 1279.
11. L. V. Bindschedler, M. Palmblad, R. Cramer,. Phytochemistry 2008, 69, 1962.
12. E. L. Huttlin, A. D. Hegeman, A. C. Harms, M. R. Sussman,. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 860.
13. M. Palmblad, L. V. Bindschedler, R. Cramer,. Proteomics 2007, 7, 3462.
14. J. E. Schaff, F. Mbeunkui, K. Blackburn, D. M. Bird, M. B. Goshe,. Plant. J. 2008, 56, 840.
15. J. Krijgsveld, R. F. Ketting, T. Mahmoudi, J. Johansen, M. Artal-Sanz, C. P. Verrijzer, R. H. Plasterk, A. J. Heck,. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927.
16. C. C. Wu, M. J. MacCoss, K. E. Howell, D. E. Matthews, J. R. Yates, 3rd., Anal. Chem. 2004, 76, 4951.
17. M. Mann,. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2006, 7, 952.
18. A. Gruhler, W. X. Schulze, R. Matthiesen, M. Mann, O. N. Jensen,. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1697.
19. Available: http://msquant.sourceforge.net.
20. P. Mortensen, J. W. Gouw, J. V. Olsen, S. E. Ong, K. T. G. Rigbolt, J. Bunkenborg, J. Cox, L. J. Foster, A. J. R. Heck, B. Blagoev, J. S. Andersen, M. Mann,. J. Prot. Res. 2010, 9, 393.
21. C. Pan, G. Kora, W. H. McDonald, D. L. Tabb, N. C. VerBerkmoes, G. B. Hurst, D. A. Pelletier, N. F. Samatova, R. L. Hettich,. Anal. Chem. 2006, 78, 7121.
22. V. P. Andreev, L. Li, T. Rejtar, Q. Li, J. G. Ferry, B. L. Karger,. J. Prot. Res. 2006, 5, 2039.
23. K. Haegler, N. S. Mueller, G. Maccarrone, E. Hunyadi-Gulyas, C. Webhofer, M. D. Filiou, Y. Zhang, C. W. Turck,. J. Prot. 2009, 71, 601.
24. L. V. Bindschedler, T. A. Burgis, D. J. S. Mills, J. T. C. Ho, R. Cramer, P. D. Spanu,. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2368.
25. Available: http://www.ebi.ac.uk/integr8/.
26. Available: http://www.ebi.ac.uk/IPI/Databases.html.
27. Available: http://tools.proteomecenter.org/.
28. M. Palmblad, D. J. Mills, L. V. Bindschedler, R. Cramer,. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1835.
29. L. N. Mueller, M. Y. Brusniak, D. R. Mani, R. Aebersold,. J. Prot. Res. 2008, 7, 51.
30. M. Vaudel, A. Sickmann, L. Martens,. Proteomics 2010, 10, 650.
31. P. Berndt, U. Hobohm, H. Langen,. Electrophoresis 1999, 20, 3521.
32. R. Gras, M. Muller, E. Gasteiger, S. Gay, P. A. Binz, W. Bienvenut, C. Hoogland, J. C. Sanchez, A. Bairoch, D. F. Hochstrasser, R. D. Appel,. Electrophoresis 1999, 20, 3535.
33. A. L. Rockwood, S. L. VanOrden,. Anal. Chem. 1996, 68, 2027.
34. A. M. Lawson, C. K. Kim, W. Richmond, D. M. Samson, K. D. R. Setchell, A. C. S. Thomas, Isotope dilution mass spectrometry as a basis for accuracy in clinical chemistry, in Current Developments in the Clinical Applications of HPLC, GC and MS (Eds:, A. M. Lawson, C. K. Lim, W. Richmond,), Academic Press, London, 1980.
35. J. W. Gouw, B. B. J. Tops, P. Mortensen, A. J. R. Heck, J. Krijgsveld,. Anal. Chem. 2008, 80, 7796.
36. A. P. L. Snijders, M. G. J. de Vos, P. C. Wright,. J. Prot. Res. 2005, 4, 578.