Genetically encoding an aliphatic diazirine for protein photocrosslinking

Chemical Science

Volumn 2, Issue 3, 2011, Pages 480-483

  Chou, Chungjung ^a   Uprety, Rajendra ^a   Davis, Lloyd ^b   Chin, Jason W ^b   Deiters, Alexander ^a  

^a NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IN-VITRO; MAMMALIAN CELLS; PHOTOCROSS-LINKING; SITE-SPECIFIC; SMALL MOLECULES; SPATIAL RESOLUTION; UNIVERSAL APPLICATION;

AMINO ACIDS; MAMMALS; OLIGONUCLEOTIDES;

PROTEINS;

EID: 79955592319     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0sc00373e     Document Type: Article

References (46)

1. J. Brunner, Annu. Rev. Biochem., 1993, 62, 483-514
2. F. Kotzybahibert, I. Kapfer and M. Goeldner, Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 1995, 34, 1296-1312
3. G. Dorman and G. D. Prestwich, Trends Biotechnol., 2000, 18, 64-77
4. Y. Hatanaka and Y. Sadakane, Curr. Top. Med. Chem., 2002, 2, 271-288
5. F. Knoll, T. Kolter and K. Sandhoff, Methods Enzymol., 2000, 311, 568-600.
6. G. Dorman and G. D. Prestwich, Biochemistry, 1994, 33, 5661-5673.
7. J. Gubbens, E. Ruijter, L. E. V. de Fays, J. M. A. Damen, B. de Kruijff, M. Slijper, D. T. S. Rijkers, R. M. J. Liskamp and A. de Kroon, Chem. Biol., 2009, 16, 3-14.
8. A. L. MacKinnon, J. L. Garrison, R. S. Hegde and J. Taunton, J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 14560-14561
9. M. R. Bond, H. C. Zhang, P. D. Vu and J. J. Kohler, Nat. Protoc., 2009, 4, 1044-1063.
10. O. Lentzen, J. F. Constant, E. Defrancq, M. Prevost, S. Schumm, C. Moucheron, P. Dumy and A. Kirsch-De Mesmaeker, ChemBioChem, 2003, 4, 195-202.
11. H. Geyer, R. Geyer and V. Pingoud, Nucleic Acids Res., 2004, 32. 7
12. M. Suchanek, A. Radzikowska and C. Thiele, Nat. Methods, 2005, 2, 261-267.
13. N. Hino, Y. Okazaki, T. Kobayashi, A. Hayashi, K. Sakamoto and S. Yokoyama, Nat. Methods, 2005, 2, 201-206
14. R. Ieva and H. D. Bernstein, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009, 106, 19120-19125.
15. G. T. Hermanson, Academic Press, San Diego, Editon edn, 1996, pp. 528-569.
16. J. C. Kauer, S. Ericksonviitanen, H. R. Wolfe and W. F. Degrado, J. Biol. Chem., 1986, 261, 695-700.
17. T. Kanamori, S. Nishikawa, I. Shin, P. G. Schultz and T. Endo, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1997, 94, 485-490.
18. J. W. Chin, A. B. Martin, D. S. King, L. Wang and P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2002, 99, 11020-11024.
19. J. W. Chin, S. W. Santoro, A. B. Martin, D. S. King, L. Wang and P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 9026-9027
20. J. W. Chin and P. G. Schultz, ChemBioChem, 2002, 3, 1135-1137.
21. E. M. Tippmann, W. Liu, D. Summerer, A. V. Mack and P. G. Schultz, ChemBioChem, 2007, 8, 2210-2214.
22. G. Rigaut, A. Shevchenko, B. Rutz, M. Wilm, M. Mann and B. Seraphin, Nat. Biotechnol., 1999, 17, 1030-1032.
23. J. W. Chin, T. A. Cropp, J. C. Anderson, M. Mukherji, Z. Zhang and P. G. Schultz, Science, 2003, 301, 964-967.
24. C. Liu, A. L. Young, A. Starling-Windhof, A. Bracher, S. Saschenbrecker, B. V. Rao, K. V. Rao, O. Berninghausen, T. Mielke, F. U. Hartl, R. Beckmann and M. Hayer-Hartl, Nature, 2010, 463, 197-202
25. D. Braig, C. Bar, J. O. Thumfart and H. G. Koch, J. Mol. Biol., 2009, 390, 401-413
26. S. Okuda and H. Tokuda, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009, 106, 5877-5882
27. T. Haslberger, J. Weibezahn, R. Zahn, S. Lee, F. T. Tsai, B. Bukau and A. Mogk, Mol. Cell, 2007, 25, 247-260
28. H. T. Chen, L. Warfield and S. Hahn, Nat. Struct. Mol. Biol., 2007, 14, 696-703
29. H. Mori and K. Ito, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 16159-16164
30. C. M. Kaiser, H. C. Chang, V. R. Agashe, S. K. Lakshmipathy, S. A. Etchells, M. Hayer-Hartl, F. U. Hartl and J. M. Barral, Nature, 2006, 444, 455-460
31. J. Weibezahn, P. Tessarz, C. Schlieker, R. Zahn, Z. Maglica, S. Lee, H. Zentgraf, E. U. Weber-Ban, D. A. Dougan, F. T. Tsai, A. Mogk and B. Bukau, Cell, 2004, 119, 653-665.
32. J. A. Wells and C. L. McClendon, Nature, 2007, 450, 1001-1009.
33. A. Mehta, R. Jaouhari, T. J. Benson and K. T. Douglas, Tetrahedron Lett, 1992, 33, 5441-5444.
34. H. Neumann, K. Wang, L. Davis, M. Garcia-Alai and J. W. Chin, Nature, 2010, 464, 441-444.
35. H. Neumann, S. Y. Peak-Chew and J. W. Chin, Nat. Chem. Biol., 2008, 4, 232-234.
36. W. Wan, Y. Huang, Z. Wang, W. K. Russell, P. J. Pai, D. H. Russell and W. R. Liu, Angew. Chem., Int. Ed., 2010, 49, 3211-3214
37. T. Mukai, T. Kobayashi, N. Hino, T. Yanagisawa, K. Sakamoto and S. Yokoyama, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2008, 371, 818-822.
38. Y. Huang, W. K. Russell, W. Wan, P. J. Pai, D. H. Russell and W. Liu, Mol. BioSyst., 2010, 6, 683-686
39. P. R. Chen, D. Groff, J. Guo, W. Ou, S. Cellitti, B. H. Geierstanger and P. G. Schultz, Angew. Chem., Int. Ed., 2009, 48, 4052-4055
40. T. Yanagisawa, R. Ishii, R. Fukunaga, T. Kobayashi, K. Sakamoto and S. Yokoyama, Chem. Biol., 2008, 15, 1187-1197.
41. D. P. Nguyen, H. Lusic, H. Neumann, P. B. Kapadnis, A. Deiters and J. W. Chin, J. Am. Chem. Soc., 2009, 131, 8720.
42. D. P. Nguyen, M. M. Garcia Alai, P. B. Kapadnis, H. Neumann and J. W. Chin, J. Am. Chem. Soc., 2009, 131, 14194-14195.
43. A. Gautier, D. P. Nguyen, H. Lusic, W. An, A. Deiters and J. W. Chin, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 4086-4088.
44. K. Lim, J. X. Ho, K. Keeling, G. L. Gilliland, X. Ji, F. Ruker and D. C. Carter, Protein Sci., 1994, 3, 2233-2244.
45. K. Wang, H. Neumann, S. Y. Peak-Chew and J. W. Chin, Nat. Biotechnol., 2007, 25, 770-777.
46. S. Hancock, R. Uprety, A. Deiters and J. W. Chin, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 14819-14824.