Dynamics of the GB3 loop regions from MD simulation: How much of it is real?

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 13, 2011, Pages 3488-3495

  Li, Tong ^a   Jing, Qingqing ^a   Yao, Lishan ^a  

^a QINGDAO INSTITUTE OF BIOENERGY AND BIOPROCESS TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIHEDRAL ANGLE; MOLECULAR DYNAMICS; TRAJECTORIES;

EXPERIMENTAL DATA; EXPERIMENTAL VALUES; LOOP REGIONS; MD SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NON-NATIVE STATE; ORDER PARAMETER; STATE POPULATION; STRUCTURE AND DYNAMICS; TWO-STATE; UBIQUITIN;

DYNAMICS;

EID: 79953273841     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp108217z     Document Type: Article

References (42)

1. Nederveen, A. J.; Bonvin, A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 363
2. Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Klepeis, J. L.; Arkin, I. T.; Jensen, M. O.; Xu, H. F.; Trbovic, N.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G.; Shaw, D. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6155
3. Bui, J. M.; Gsponer, J.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. Biophys. J. 2009, 97, 2513
4. Lange, O. F.; van der Spoel, D.; de Groot, B. L. Biophys. J. 2010, 99, 647
5. Project, E.; Nachliel, E.; Gutman, M. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1864
6. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2006, 65, 712
7. Buck, M.; Bouguet-Bonnet, S.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2006, 90, L36
8. Soares, T. A.; Daura, X.; Oostenbrink, C.; Smith, L. J.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2004, 30, 407
9. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4158
10. Wickstrom, L.; Okur, A.; Simmerling, C. Biophys. J. 2009, 97, 853
11. Showalter, S. A.; Johnson, E.; Rance, M.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14146
12. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961
13. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657
14. Derrick, J. P.; Wigley, D. B. J. Mol. Biol. 1994, 243, 906
15. Stone, M. J.; Gupta, S.; Snyder, N.; Regan, L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 185
16. Meier, S.; Haussinger, D.; Jensen, P.; Rogowski, M.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 44
17. Ulmer, T. S.; Ramirez, B. E.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9179
18. Hall, J. B.; Fushman, D. J. Biomol. NMR 2003, 27, 261
19. Bouvignies, G.; Bernado, P.; Meier, S.; Cho, K.; Grzesiek, S.; Bruschweiler, R.; Blackledge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13885
20. Yao, L.; Vogeli, B.; Torchia, D. A.; Bax, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6045
21. Loccisano, A. E.; Acevedo, O.; DeChancie, J.; Schulze, B. G.; Evanseck, J. D. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 369
22. Daggett, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 160
23. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546
24. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559
25. Case, D. A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 325
26. Yao, L. S.; Grishaev, A.; Cornilescu, G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4295
27. Hall, J. B.; Fushman, D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7855
28. Yao, L. S.; Vogeli, B.; Ying, J. F.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16518
29. Case, D. A. J. Biomol. NMR 1999, 15, 95
30. Yao, L. S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11326
31. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008.
32. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
33. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
34. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
35. Tolman, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12020
36. Tolman, J. R.; Ruan, K. Chem. Rev. 2006, 106, 1720
37. Bax, A.; Kontaxis, G.; Tjandra, N. In Nuclear Magnetic Resonance of Biological Macromolecules, Partt B; Academic Press Inc: San Diego, 2001; Vol. 339, p 127.
38. Vogeli, B.; Yao, L. S.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2008, 41, 17
39. Vijaykumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531
40. Koller, A. N.; Schwalbe, H.; Gohlke, H. Biophys. J. 2008, 95, L4
41. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Salmon, L.; McCammon, J. A.; Nilges, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16968
42. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4724