Molecular dynamics simulations of the interactions of kinin peptides with an anionic POPG bilayer

Langmuir

Volumn 27, Issue 7, 2011, Pages 3713-3722

  Manna, Moutusi ^a   Mukhopadhyay, Chaitali ^a  

^a UNIVERSITY OF CALCUTTA   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIONIC LIPIDS; AQUEOUS ENVIRONMENT; ARG RESIDUES; BI-LAYER; BILAYER SURFACE; CELL SURFACES; CONTACT REGIONS; DEGREE OF DISORDER; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; HEAD GROUPS; HYDROGEN BONDINGS; MECHANISM OF ACTION; MEMBRANE SURFACE; MEMBRANE-BOUND; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE HORMONES; POLAR HEAD; RELATIVE POSITIONING; TURN STRUCTURE; WATER INTERFACE;

CELL MEMBRANES; HYDROGEN BONDS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS;

PEPTIDES;

1 PALMITOYL 2 OLEOYLGLYCERO 3 PHOSPHOGLYCEROL; 1-PALMITOYL-2-OLEOYLGLYCERO-3-PHOSPHOGLYCEROL; ANION; KININ; PEPTIDE; PHOSPHATIDYLGLYCEROL; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; LIPID BILAYER; MOLECULAR DYNAMICS;

ANIONS; KININS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; PHOSPHATIDYLGLYCEROLS; WATER;

EID: 79953236597     PISSN: 07437463     EISSN: 15205827     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la104046z     Document Type: Article

References (84)

1. Cho, W.; Stahelin, R. V. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 119-151
2. Manna, M.; Mukhopadhyay, C. Langmuir 2009, 25, 12235-12242
3. Moroder, L.; Romano, R.; Guba, W.; Mierke, D. F.; Kessler, H.; Delporte, C.; Winand, J.; Christophe, J. Biochemistry 1993, 32, 13551-13559
4. Schwyzer, R. Biopolymers 1995, 37, 5-16
5. Wymore, T.; Wong, T. C. Biophys. J. 1999, 76, 1199-1212
6. Petruk, A. A.; Marti, M. A.; Álvarez, R. M. S. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13357-13364
7. Turchiello, R. F.; Juliano, L.; Ito, A. S.; Lamy-Freund, M. T. Biopolymers 2000, 54, 211-221
8. Turchiello, R. F.; Lamy-Freund, M. T.; Hirata, I. Y.; Juliano, L.; Ito, A. S. Biopolymers 2002, 65, 336-346
9. Brailoiu, E.; Margineanu, A.; Miyamoto, M. D. IUBMB Life 1998, 44, 203-209
10. Chachisvilis, M; Zhang, Y.-L.; Frangos, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15463-15468
11. Cordomi, A.; Perez, J. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7052-7063
12. Lee, A. G. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2004, 1666, 62-87
13. Farmer, S. G.; Burch, R. M. In Bradykinin Antagonists: Basic and Clinical Research; Burch, R. M., Ed.; Dekker: New York, 1990; pp 1 - 31.
14. Moreau, M. E.; Garbacki, N.; Molinaro, G.; Brown, N. J.; Marceau, F.; Adam, A. J. Pharm. Sci. 2005, 99, 6-38
15. Carbonell, L. F.; Carretero, O. A.; Stewart, J. M.; Scicli, A. G. Hypertension 1988, 11, 239-243
16. Dray, A.; Perkins, M. Trends Neurosci. 1993, 16, 99-104
17. Regoli, D.; Barabe, J. C. Pharmacol. Rev. 1980, 32, 1-46
18. Kyle, D. J.; Chakravarty, S.; Sinsko, J. A.; Stormann, T. M. J. Med. Chem. 1994, 37, 1347-1354
19. Lopez, J. J.; Shukla, A. K.; Reinhart, C.; Schwalbe, H.; Michel, H.; Glaubitz, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 120, 1692-1695
20. Gieldon, A.; Lopez, J. J.; Glaubitz, C.; Schwalbe, H. ChemBioChem 2008, 9, 2487-2497
21. Marceau, F. Immunopharmacology 1995, 30, 1-26
22. Pellegrini, M.; Tancredi, M.; Rovero, P.; Mierke, D. F. J. Med. Chem. 1999, 42, 3369-3377
23. Stewart, J. M.; Gera, L.; Hanson, W.; Zuzack, J. S.; Burkard, M.; McCullough, R.; Whalley, E. T. Immunopharmacology 1996, 33, 51-60
24. Fathy, D. B.; Mathis, S. A.; Leeb, T.; Leeb-Lundberg, L. M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 12210-12218
25. Denys, L.; Bothner-By, A. A.; Fisher, G. Biochemistry 1982, 21, 6531-6536
26. Kotovych, G.; Cann, J. R.; Stewart, J. M.; Yamamoto, H. Biochem. Cell. Biol. 1998, 76, 257-266
27. Kyle, D. J.; Martin, J. A.; Farmer, S. G.; Burch, R. M. J. Med. Chem. 1991, 34, 1230-1233
28. Chatterjee, C.; Mukhopadhyay, C. Biopolymers 2005, 78, 197-205
29. Chatterjee, C.; Mukhopadhyay, C. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 315, 866-871
30. Bonechi, C.; Ristori, S.; Martini, G.; Martini, S.; Rossi., C. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 708-716
31. Gayen, A.; Mukhopadhyay, C. Langmuir 2008, 24, 5422-5432
32. Cann, J. R.; Vatter, A.; Vavrek, R. J.; Stewart, J. M. Peptides 1986, 7, 1121-1130
33. Pellegrini, M.; Mammi, S.; Peggion, E.; Mierke, D. F. J. Med. Chem. 1997, 40, 92-98
34. Pellegrini, M.; Mierke, D. F. J. Med. Chem. 1997, 40, 99-104
35. Lee, S. C.; Russell, A. F.; Laidig, W. D. Int. J. Pept. Protein Res. 1990, 35, 367-377
36. Hicks, R. P.; Beard, D. J.; Young, J. K. Biopolymers 1992, 32, 85-96
37. Rao, A. G.; Stewart, J. M.; Vavrek, R. J.; Sillerud, L. O.; Fink, N. H.; Cann, J. R. Biochim. Biophys. Acta 1989, 997, 278-283
38. Mani, R.; Waring, A. J.; Hong, M. ChemBioChem 2007, 8, 1877-1884
39. Maltseva, E.; Kerth, A.; Blume, A.; Mçhwald, H.; Brezesinski, G. ChemBioChem 2005, 6, 1817-1824
40. Sejbal, J.; Wang, Y.; Cann, J. R.; Stewart, J. M.; Gera, L.; Kotovych, G. Biopolymers 1997, 42, 521-535
41. Davis, C. H.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2009, 96, 785-797
42. Guba, W.; Haessner, R.; Breipohl, G.; Henke, S.; Knolle, J.; Santagada, V.; Kessler, H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7532-7540
43. Zhao, W.; Róg, T.; Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biophys. J. 2007, 92, 1114-1124
44. Dickey, A.; Faller, R. Biophys. J. 2008, 95, 2636-2646
45. Elmore, D. E. FEBS Lett. 2006, 580, 144-148
46. Róg, T.; Murzyn, K.; Pasenkiewicz-Gierula, M. Acta Biochim. Pol. 2003, 50, 789-798
47. Navas, B. P.; Lohner, K.; Deutsch, G.; Sevcsik, E.; Riske, K. A.; Dimova, R.; Garidel, P.; Pabst, G. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2005, 1716, 40-48
48. Wiedmann, T.; Salmon, A.; Wong, V. Biochim. Biophys. Acta 1993, 1167, 114-120
49. Lindahl, E.; Hess, B.; Vanderspoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
50. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
51. Van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Gromos-87 Manual; Biomos BV: Groningen, The Netherlands, 1987.
52. Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
53. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed., Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331 - 342.
54. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
55. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
56. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
57. O'Brien, C. P.; Stuart, S. J.; Bruce, D. A.; Latour, R. A. Langmuir 2008, 24, 14115-14124
58. Polyansky, A. A.; Volynsky, P. E.; Arseniev, A. S.; Efremov, R. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1107-1119
59. Herce, H. D.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20805-20810
60. Jang, H.; Ma, B.; Woolf, T. B.; Nussinov, R. Biophys. J. 2006, 91, 2848-2859
61. Soliman, W.; Bhattacharjee, S.; Kaur, K. Langmuir 2009, 25, 6591-6595
62. Hsin, J.; Chipot, C.; Schulten, K. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17096-17098
63. Kyle, D. J.; Blake, P. R.; Smithwick, D.; Green, L. M.; Martin, J. A. J. Med. Chem. 1993, 36, 1450-1460
64. Ha, S. N.; Hey, P. J.; Ransom, R. W.; Harrell, C. M., Jr.; Murphy, K. L.; Chang, R.; Chen, T.-B.; Su, D.-S.; Markowitz, M. K.; Bock, M. G.; Freidinger, R. M.; Hess, F. J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 331, 159-166
65. Su, Y.; Doherty, T.; Waring, A. J.; Ruchala, P.; Hong, M. Biochemistry 2009, 48, 4587-4595
66. Gorfe, A. A.; Babakhani, A.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12280-12286
67. Lemkul, J. A.; Bevan, D. R. FEBS J. 2009, 276, 3060-3075
68. Casares, J. J. G.; Camacho, L.; Martin-Romero, M. T.; Cascales, J. J. L. ChemPhysChem 2008, 9, 2538-2543
69. Farías, R. N.; Chehin, R. N.; Rintoul, M. R.; Morero, R. D. J. Membr. Biol. 1995, 143, 135-141
70. Khelashvili, G.; Mondal, S.; Andersen, O. S.; Weinstein, H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12046-12057
71. Mondal, S.; Mukhopadhyay, C. Chem. Phys. Lett. 2007, 439, 166-170
72. Bachar, M.; Becker, O. M. Biophys. J. 2000, 78, 1359-1375
73. Lindström, F.; Williamson, P. T. F.; Gröbner, G. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6610-6616
74. Deol, S. S.; Bond, P. J.; Domene, C.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2004, 87, 3737-3749
75. Sherman, P. J.; Jackway, R. J.; Gehman, J. D.; Praporski, S.; McCubbin, G. A.; Mechler, A.; Martin, L. L.; Separovic, F.; Bowie, J. H. Biochemistry 2009, 48, 11892-11901
76. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
77. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System; DeLano Scientific: San Carlos, CA; 2002.
78. May, S. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2000, 5, 244-249
79. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Karttunen, M.; Reigada, R.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2008, 129, 105103-105109
80. Bachar, M.; Brunelle, P.; Tieleman, D. P.; Rauk, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7170-7179
81. Polyansky, A. A.; Volynsky, P. E.; Nolde, D. E.; Arseniev, A. S.; Efremov, R. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15052-15059
82. Shepherd, C. M.; Vogel, H. J.; Tieleman, D. P. Biochem. J. 2003, 370, 233-243
83. Seelig, J.; Waespe-Šarčević, N. Biochemistry 1978, 17, 3310
84. Mecke, A.; Lee, D.-K.; Ramamoorthy, A.; Orr, B. G.; Holl, M. M. B. Biophys. J. 2005, 89, 4043-4050