Headgroup mediated water insertion into the DPPC bilayer: A molecular dynamics study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 12, 2011, Pages 3155-3163

  Pandey, Prithvi Raj ^a   Roy, Sudip ^a  

^a NATIONAL CHEMICAL LABORATORY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMMONIUM COMPOUNDS; DYNAMICS; HYDROGEN BONDS; LIPID BILAYERS; MOLECULES; OXYGEN; REACTION KINETICS;

ALIPHATIC CHAINS; BI-LAYER; CARBONYL OXYGEN; EXPERIMENTAL VALUES; FORCE FIELDS; GROMOS96; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHOCHOLINE; SOLVATION SHELL; STRUCTURAL CHARACTERISTICS; TRIMETHYL; UNITED ATOM FORCE FIELD; WATER INTERFACE; WATER MOLECULE; WATER SYSTEM; WATER TRANSPORT;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 79953048721     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1090203     Document Type: Article

References (56)

1. Singer, S. J.; Nicolson, G. L. Science 1972, 175, 720-731
2. Hauser, H.; Pascher, I.; Pearson, R. H.; Sundell, S. Biochim. Biophys. Acta 1981, 650, 21-51
3. Hauser, H.; Guyer, W.; Pascher, I.; Skrabal, P.; Sundell, S. Biochemistry 1980, 19, 366-373
4. Hauser, H.; Pascher, I.; Sundell, S. Biochemistry 1988, 27, 9166-9174
5. Hong, M.; Zimmermann Schmidt-Rohr, H. Biochemistry 1996, 35, 8335-8341
6. Bruzik, K.; Harwood, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6629-6637
7. Aussenac, F.; Laguerre, M.; Schmitter, J. M.; Dufourc, E. J. Langmuir 2003, 19, 10468-10479
8. Yeagle, P. L.; Martin, R. B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1976, 69, 775
9. Schmidt, C. F.; Barenholz, Y.; Huang, C.; Thompson, T. E. Biochemistry 1977, 16, 3948-3954
10. Pope, J. M.; Comell, B. A. Chem. Phys. Lipids 1979, 24, 27
11. Smaby, J. M.; Hermetter, A.; Schmid, P. C.; Paltauf, F.; Brockman, H. L. Biochemistry 1983, 22, 5808-5813
12. Zhou, Z.; Sayer, B. G.; Hughes, D. W.; Stark, R. E.; Epand, R. M. Biophys. J. 1999, 76, 387
13. Fitter, J.; Lechner, R. E.; Dencher, N. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8036-8050
14. Sotomayor, C. P.; Aguilar, L. F.; Cuevas, F. J.; Helms, M. K.; Jameson, D. M. Biochemistry 2000, 39, 10928-10935
15. Poolman, B.; Spitzer, J. J.; Wood, J. M. Biochim. Biophys. Acta 2004, 88, 1666
16. Jacobs, R. E.; White, S. H. Biochemistry 1989, 28, 3421-3437
17. Takaoka, Y.; M. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Y. Tamura, Y.; Kusumi, A. Biophys. J. 2000, 79, 3118
18. Pasenkiewicz-Gierula; Takaoka, M. Y.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 1999, 76, 1228
19. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Klein, M. L.; Moore, P. B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6603-6610
20. Damodaran, K. V.; Kenneth, M. Merz, Jr.; Gaber, B. P. Biochemistry 1992, 31, 7656-7664
21. Polyansky, A. A.; Volynsky, P. E.; Nolde, D. E.; Arseniev, A. S.; Efremov, R. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15052-15059
22. Kukol, A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 615-626
23. Beevers, A. J.; Kukol, A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 226-233
24. Liu, X.; Xu, Y.; Li, H.; Wang, X.; Jiang, H.; Barrantes, F. J. PLoS Comput. Biol. 2008, 4, e19
25. Cuthbertson, J. M.; Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. Biochemistry 2006, 45, 14298-14310
26. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 474-480
27. Kucerka, N.; Tristram-Nagle, S.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2006, 90, L83-L85
28. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25 (13) 1656-1676
29. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
30. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
31. Murzyn, K.; Zhao, W.; Karttunen, M.; Kurdziel, M.; Róg, T. Biointerphases 2006, 1 (3) 98-105
32. Zhao, W.; Róg, T.; Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biophys. J. 2007, 92 (4) 1114-1124
33. Chiu, S. W.; Clark, M.; Subramaniam, B. S.; Scott, H. L.; Jacobson, E. Biophys. J. 1995, 69 (10) 1230-1245
34. Bakouche, O.; Gerlier, D.; Letoffe, J. M.; Claudy, P. Biophys. J. 1986, 50 (1) 1-4
35. Lopez, J. J.; Cascales; Otero, T. F.; Romero, A. J. F.; Camacho, L. Langmuir 2006, 22, 5818-5824
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81 (8) 3684-3690
37. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84 (6) 3636-3645
38. Godawat, R.; Jamadagni, S. N.; Garde, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 15119-15124
39. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4570-4577
40. Chandler, D. Nature 2002, 417, 491
41. Chandrasekhar, I.; Kastenholz, M.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; Schuler, L. D.; Tieleman, D. P.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2003, 32 (1) 67-77
42. Sovago, M.; Vartiainen, E.; Bonn, M. J. Chem Phys. 2009, 131, 161107
43. Zhou, F.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2194
44. Volkov, V. V.; Palmer, D. J.; Righini, R. J. Phys Chem. B 2007, 111, 1377
45. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr. Langmuir 1993, 9, 1179-1183
46. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Takaoka, Y.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Kusumi, A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3677-3691
47. Krishnamurty, S.; Stefanov, M.; Mineva, T.; Bgu, S.; Devoisselle, J. M.; Goursot, A.; Zhu, R.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13433-13442
48. Hubner, W.; Blume, A. Chem. Phys. Lipids 1998, 96, 99-123
49. Hauser, H.; Pascher, I.; Pearson, R. H.; Sundell, S. Biochim. Biophys. Acta 1981, 650, 21-51
50. Hauser, H.; Pascher, I.; Sundell, S. Biochemistry 1988, 27, 9166-9174
51. HongK, M.; Zimmermann; Schmidt-Rohr, H. Biochemistry 1996, 35, 8335-8341
52. Bruzik, K. S.; Harwood, J. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6629-6637
53. Aussenac, F.; Laguerre, M.; Schmitter, Jean-Marie; Dufourc, E. J. Langmuir 2003, 19, 10468-10479
54. Leekumjorn, S.; Sum, A. K. Biophys. J. 2006, 90 (11) 3951
55. Chandrasekhar, I.; Bakowies, D.; Glattli, A.; Hunenberger, P.; Pereira, C.; Van Gunsteren, W. F. Mol. Simul. 2005, 31, 543-548
56. Debnath., A.; Mukherjee, B.; Ayappa, K. G.; Maiti, P. K.; Lin, S.-T. J. Chem. Phys. 2010, 133, 174704