Proteomics profiling of microdissected low- and high-grade prostate tumors identifies lamin A as a discriminatory biomarker

Journal of Proteome Research

Volumn 10, Issue 1, 2011, Pages 259-268

  Skvortsov, Sergej ^a,b,c   Schäfer, Georg ^a,b,c   Stasyk, Taras ^a,b,c   Fuchsberger, Christian ^a,b,c   Guenther, Karl Bonn ^a,b,c   Bartsch, Georg ^a,b,c   Klocker, Helmut ^a,b,c   Lukas, Alfons Huber ^a,b,c  

^a INNSBRUCK MEDICAL UNIVERSITY   (Austria)

^b MEDICAL UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

^c UNIVERSITY FOR HEALTH SCIENCES   (Austria)

Author keywords

Biomarkers; HSP60; Lamin A; Laser capture microdissection (LCM); Proteomics

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; FLUORESCENT DYE; HEAT SHOCK PROTEIN 60; LAMIN A;

ADULT; AGED; AMINO ACID SEQUENCE; CONFERENCE PAPER; CONTROLLED STUDY; CORRELATION ANALYSIS; GLEASON SCORE; HUMAN; HUMAN TISSUE; LASER CAPTURE MICRODISSECTION; MALE; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; MICRODISSECTION; PRIORITY JOURNAL; PROGNOSIS; PROSTATE CANCER; PROSTATE TUMOR; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; TUMOR DIFFERENTIATION; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS; UPREGULATION;

ADULT; AGED; AGED, 80 AND OVER; CASE-CONTROL STUDIES; CHAPERONIN 60; CLUSTER ANALYSIS; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; HUMANS; IMMUNOHISTOCHEMISTRY; LAMIN TYPE A; MALE; MICRODISSECTION; MIDDLE AGED; PARAFFIN EMBEDDING; PROSTATIC NEOPLASMS; PROTEINS; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; ROC CURVE; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 79951538944     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr100921j     Document Type: Conference Paper

References (46)

1. Ferlay, J.; Autier, P.; Boniol, M.; Heanue, M.; Colombet, M.; Boyle, P. Ann. Oncol. 2007, 18, 581-592.
2. Partin, A. W.; Yoo, J.; Carter, H. B.; Pearson, J. D.; Chan, D. W.; Epstein, J. I.; Walsh, P. C. J. Urol. 1993, 150, 110-114.
3. Schroder, F. H.; Hugosson, J.; Roobol, M. J.; Tammela, T. L.; Ciatto, S.; Nelen, V.; Kwiatkowski, M.; Lujan, M.; Lilja, H.; Zappa, M.; Denis, L. J.; Recker, F.; Berenguer, A.; Maattanen, L.; Bangma, C. H.; Aus, G.; Villers, A.; Rebillard, X.; van der, K. T.; Blijenberg, B. G.; Moss, S. M.; de Koning, H. J.; Auvinen, A. N. Engl. J. Med. 2009, 360, 1320-1328.
4. Horninger, W.; Berger, A. P.; Rogatsch, H.; Gschwendtner, A.; Steiner, H.; Niescher, M.; Klocker, H.; Bartsch, G. Prostate 2004, 58, 232-237.
5. Arora, R.; Koch, M. O.; Eble, J. N.; Ulbright, T. M.; Li, L.; Cheng, L. Cancer 2004, 100, 2362-2366.
6. Chan, T. Y.; Partin, A. W.; Walsh, P. C.; Epstein, J. I. Urology 2000, 56, 823-827.
7. Hong, S. K.; Han, B. K.; Lee, S. T.; Kim, S. S.; Min, K. E.; Jeong, S. J.; Jeong, H.; Byun, S. S.; Lee, H. J.; Choe, G.; Lee, S. E. World J. Urol. 2009, 27, 271-276.
8. Cohen, M. S.; Hanley, R. S.; Kurteva, T.; Ruthazer, R.; Silverman, M. L.; Sorcini, A.; Hamawy, K.; Roth, R. A.; Tuerk, I.; Libertino, J. A. Eur. Urol. 2008, 54, 371-381.
9. Kvale, R.; Moller, B.; Wahlqvist, R.; Fossa, S. D.; Berner, A.; Busch, C.; Kyrdalen, A. E.; Svindland, A.; Viset, T.; Halvorsen, O. J. BJU Int. 2009, 103, 1647-1654.
10. Wong, S. C.; Chan, C. M.; Ma, B. B.; Lam, M. Y.; Choi, G. C.; Au, T. C.; Chan, A. S.; Chan, A. T. Expert Rev. Proteomics 2009, 6, 123-134.
11. Tyson, D. R.; Ornstein, D. K. Adv. Exp. Med. Biol. 2008, 630, 133-147.
12. Tomlins, S. A.; Rubin, M. A.; Chinnaiyan, A. M. Annu. Rev. Pathol. 2006, 1, 243-271.
13. Johann, D. J.; Rodriguez-Canales, J.; Mukherjee, S.; Prieto, D. A.; Hanson, J. C.; Emmert-Buck, M.; Blonder, J. J. Proteome Res. 2009, 8, 2310-2318.
14. Bartsch, G.; Horninger, W.; Klocker, H.; Pelzer, A.; Bektic, J.; Oberaigner, W.; Schennach, H.; Schafer, G.; Frauscher, F.; Boniol, M.; Severi, G.; Robertson, C.; Boyle, P. BJU Int. 2008, 101, 809-816.
15. Hellman, U. EXS 2000, 88, 43-54.
16. R Development Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing; Vienna, Austria; http://www.R-project.org, 2009.
17. Gentleman, R. C.; Carey, V. J.; Bates, D. M.; Bolstad, B.; Dettling, M.; Dudoit, S.; Ellis, B.; Gautier, L.; Ge, Y.; Gentry, J.; Hornik, K.; Hothorn, T.; Huber, W.; Iacus, S.; Irizarry, R.; Leisch, F.; Li, C.; Maechler, M.; Rossini, A. J.; Sawitzki, G.; Smith, C.; Smyth, G.; Tierney, L.; Yang, J. Y.; Zhang, J. Genome Biol. 2004, 5, R80.
18. Witten, I. H.; Frank, E. Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques, Second Edition (Morgan Kaufmann Series in Data Management Systems): San Francisco, 2005.
19. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Stat. Soc., Ser. B 1995, 57, 289-300.
20. Hastile, T.; Tibshirani, R.; Friedman, J. The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction, Second Edition (Springer Series in Statistics); Springer: New York, 2009.
21. Metz, C. E. Semin. Nucl. Med. 1978, 8, 283-298.
22. Zweig, M. H.; Campbell, G. Clin. Chem. 1993, 39, 561-577.
23. Moussa, A. S.; Li, J.; Soriano, M.; Klein, E. A.; Dong, F.; Jones, J. S. BJU Int. 2009, 103, 43-48.
24. True, L.; Coleman, I.; Hawley, S.; Huang, C. Y.; Gifford, D.; Coleman, R.; Beer, T. M.; Gelmann, E.; Datta, M.; Mostaghel, E.; Knudsen, B.; Lange, P.; Vessella, R.; Lin, D.; Hood, L.; Nelson, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10991-10996.
25. Byrne, J. C.; Downes, M. R.; O'Donoghue, N.; O'Keane, C.; O'Neill, A.; Fan, Y.; Fitzpatrick, J. M.; Dunn, M.; Watson, R. W. J. Proteome Res. 2009, 8, 942-957.
26. Zhu, Z.; Jiang, W.; McGinley, J. N.; Price, J. M.; Gao, B.; Thompson, H. J. Cancer Res. 2007, 67, 12018-12025.
27. Young, C. D.; Anderson, S. M. Breast Cancer Res. 2008, 10, 202.
28. Altenberg, B.; Greulich, K. O. Genomics 2004, 84, 1014-1020.
29. Peng, S. Y.; Lai, P. L.; Pan, H. W.; Hsiao, L. P.; Hsu, H. C. Oncol. Rep. 2008, 19, 1045-1053.
30. Kusao, I.; Troelstrup, D.; Shiramizu, B. Cancer Growth Metastasis 2008, 1, 3-8.
31. Cormio, A.; Milella, F.; Marra, M.; Pala, M.; Lezza, A. M.; Bonfigli, A. R.; Franceschi, C.; Cantatore, P.; Gadaleta, M. N. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1787, 547-552.
32. Khan, A. P.; Poisson, L. M.; Bhat, V. B.; Fermin, D.; Zhao, R.; Kalyana-Sundaram, S.; Michailidis, G.; Nesvizhskii, A. I.; Omenn, G. S.; Chinnaiyan, A. M.; Sreekumar, A. Mol. Cell. Proteomics. 2010, 9, 298-312.
33. Ling, C. X.; Huang, J.; Zhang, H. Proc. 18th Int. Joint Conf. Artif. Intell. 2003, 519-524.
34. Cappello, F.; Conway de, M. E.; Marasa, L.; Zummo, G.; Macario, A. J. Cancer Biol. Ther. 2008, 7, 801-809.
35. Cappello, F.; Bellafiore, M.; Palma, A.; David, S.; Marciano, V.; Bartolotta, T.; Sciume, C.; Modica, G.; Farina, F.; Zummo, G.; Bucchieri, F. Eur. J. Histochem. 2003, 47, 105-110.
36. Cappello, F.; David, S.; Rappa, F.; Bucchieri, F.; Marasa, L.; Bartolotta, T. E.; Farina, F.; Zummo, G. BMC Cancer 2005, 5, 139.
37. Cornford, P. A.; Dodson, A. R.; Parsons, K. F.; Desmond, A. D.; Woolfenden, A.; Fordham, M.; Neoptolemos, J. P.; Ke, Y.; Foster, C. S. Cancer Res. 2000, 60, 7099-7105.
38. Goldman, R. D.; Gruenbaum, Y.; Moir, R. D.; Shumaker, D. K.; Spann, T. P. Genes Dev. 2002, 16, 533-547.
39. Lin, F.; Worman, H. J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16321-16326.
40. Zink, D.; Fischer, A. H.; Nickerson, J. A. Nat. Rev. Cancer 2004, 4, 677-687.
41. Willis, N. D.; Cox, T. R.; Rahman-Casans, S. F.; Smits, K.; Przyborski, S. A.; van den, B. P.; van, E. M.; Weijenberg, M.; Wilson, R. G.; de, B. A.; Hutchison, C. J. PLoS ONE 2008, 3, e2988.
42. Willis, N. D.; Wilson, R. G.; Hutchison, C. J. Biochem. Soc. Trans. 2008, 36, 1350-1353.
43. Moss, S. F.; Krivosheyev, V.; de Souza, A.; Chin, K.; Gaetz, H. P.; Chaudhary, N.; Worman, H. J.; Holt, P. R. Gut 1999, 45, 723-729.
44. Wu, Z.; Wu, L.; Weng, D.; Xu, D.; Geng, J.; Zhao, F. J. Exp. Clin. Cancer Res. 2009, 28, 8.
45. Coradeghini, R.; Barboro, P.; Rubagotti, A.; Boccardo, F.; Parodi, S.; Carmignani, G.; D'Arrigo, C.; Patrone, E.; Balbi, C. Oncol. Rep. 2006, 15, 609-613.
46. Bonkhoff, H.; Stein, U.; Remberger, K. Prostate 1994, 24, 114-118.