Probing the Hydrogen Bonding Structure in the Rieske Protein

ChemPhysChem

Volumn 11, Issue 15, 2010, Pages 3313-3319

  El Khoury, Youssef ^a   Trivella, Aurélien ^a   Gross, Julien ^a   Hellwig, Petra ^a  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

Author keywords

Cryogeny; Hydrogen bonds; Ir spectroscopy; Proteins; Temperature dependence

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ELECTRONIC PROPERTIES; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; INFRARED SPECTROSCOPY; IRON COMPOUNDS; PROTEINS; PROTONATION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; TEMPERATURE DISTRIBUTION; VIBRATION ANALYSIS;

CRYOGENY; HYDROGEN BONDING NETWORK; HYDROGEN BONDING STRUCTURES; IMMEDIATE ENVIRONMENT; INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDING; LOW-FREQUENCY SIGNALS; TEMPERATURE DEPENDENCE; THERMUS THERMOPHILUS;

HYDROGEN BONDS;

EID: 77958590172     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.201000331     Document Type: Article

References (60)

1. R. Vogel, F. Siebert, Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 518-523;
2. A. Barth, Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2007, 1767, 1073-1101.
3. W. K. Surewicz, H. H. Mantsch, D. Chapman, Biochemistry 1993, 32, 389-394;
4. M. Jackson, H. H. Mantsch, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1995, 30, 95-120.
5. K. Gerwert, Biol. Chem. 1999, 380, 931-935.
6. F. Garczarek, K. Gerwert, Nature 2006, 439, 109-112.
7. M. Ritter, O. Anderka, B. Ludwig, W. Mantele, P. Hellwig, Biochemistry 2003, 42, 12391-12399.
8. A. Mezzetti, W. Leibl, J. Breton, E. Nabedryk, FEBS Lett. 2003, 537, 161-165.
9. M. Iwaki, G. Yakovlev, J. Hirst, A. Osyczka, P. L. Dutton, D. Marshall, P. R. Rich, Biochemistry 2005, 44, 4230-4237.
10. S. Dörr, M. Wolpert, P. Hellwig, Biopolymers 2006, 82, 349-352.
11. L. Marboutin, A. Desbois, C. Berthomieu, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4492-4499.
12. S. Dörr, U. Schade, P. Hellwig, Vib. Spectrosc. 2008, 47, 59-65
13. Y. El Khoury, P. Hellwig, J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 23-34.
14. J. M. Eyster, E. W. Prohofsky, Phys. Rev. Lett. 1977, 38, 371-373;
15. J. M. Eyster, E. W. Prohofsky, Biopolymers 1974, 13, 2527-2543.
16. J. B. Brubach, A. Mermet, A. Filabozzi, A. Gerschel, P. Roy, J. Chem. Phys. 2005, 122, 184509.
17. L. Young, V. V. Prabhu, E. W. Prohofsky, Phys. Rev. A 1989, 39, 3173-3180.
18. B. Born, S. J. Kim, S. Ebbinghaus, M. Gruebele, M. Havenith, Faraday Discuss. 2009, 141, 161-173; discussion B. Born, S. J. Kim, S. Ebbinghaus, M. Gruebele, M. Havenith, Faraday Discuss. 2009, 141, 175-207.
19. W. Zheng, B. R. Brooks, D. Thirumalai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 7664-7669.
20. V. K. Soxena, L. L. van Zandt, Phys Rev A 1989, 40, 6134.
21. S. Iwata, M. Saynovits, T. A. Link, H. Michel, Structure 1996, 4, 567-579.
22. Y. Zu, J. A. Fee, J. Hirst, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9906-9907.
23. T. Schroter, O. M. Hatzfeld, S. Gemeinhardt, M. Korn, T. Friedrich, B. Ludwig, T. A. Link, Eur. J. Biochem. 1998, 255, 100-106.
24. P. Mitchell, J. Theor. Biol. 1976, 62, 327-367; E. A. Berry, M. Guergova-Kuras, L. S. Huang, A. R. Crofts, Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 1005-1075.
25. P. Mitchell, FEBS Lett. 1975, 59, 137-139.
26. T. A. Link, M. Saynovits, C. Assmann, S. Iwata, T. Ohnishi, G. von Jagow, Eur. J. Biochem. 1996, 237, 71-75.
27. J. A. Fee, K. L. Findling, T. Yoshida, R. Hille, G. E. Tarr, D. O. Hearshen, W. R. Dunham, E. P. Day, T. A. Kent, E. Munck, J. Biol. Chem. 1984, 259, 124-133.
28. D. J. Kolling, J. S. Brunzelle, S. Lhee, A. R. Crofts, S. K. Nair, Structure 2007, 15, 29-38.
29. L. M. Hunsicker-Wang, A. Heine, Y. Chen, E. P. Luna, T. Todaro, Y. M. Zhang, P. A. Williams, D. E. McRee, J. Hirst, C. D. Stout, J. A. Fee, Biochemistry 2003, 42, 7303-7317.
30. M. E. Konkle, S. K. Muellner, A. L. Schwander, M. M. Dicus, R. Pokhrel, R. D. Britt, A. B. Taylor, L. M. Hunsicker-Wang, Biochemistry 2009, 48, 9848-9857.
31. Y. Zu, M. M. Couture, D. R. Kolling, A. R. Crofts, L. D. Eltis, J. A. Fee, J. Hirst, Biochemistry 2003, 42, 12400-12408.
32. E. Denke, T. Merbitz-Zahradnik, O. M. Hatzfeld, C. H. Snyder, T. A. Link, B. L. Trumpower, J. Biol. Chem. 1998, 273, 9085-9093; M. Guergova-Kuras, R. Kuras, N. Ugulava, I. Hadad, A. R. Crofts, Biochemistry 2000, 39, 7436-7444.
33. T. Iwasaki, A. Kounosu, D. R. Kolling, S. Lhee, A. R. Crofts, S. A. Dikanov, T. Uchiyama, T. Kumasaka, H. Ishikawa, M. Kono, T. Imai, A. Urushiyama, Protein Sci. 2006, 15, 2019-2024.
34. A. R. Klingen, G. M. Ullmann, Biochemistry 2004, 43, 12383-12389.
35. G. M. Ullmann, L. Noodleman, D. A. Case, J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 632-639.
36. D. Maneg, PhD Thesis, University of Frankfurt 2007.
37. D. Moss, E. Nabedryk, J. Breton, W. Mantele, Eur. J. Biochem. 1990, 187, 565-572.
38. P. Hellwig, D. Scheide, S. Bungert, W. Mantele, T. Friedrich, Biochemistry 2000, 39, 10884-10891.
39. A. Barth, Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 74, 141-173; M. Wolpert, P. Hellwig, Spectrochim. Acta A 2006, 64, 987-1001.
40. G. Zundel, Adv. Chem. Phys. 2000, 111, 1-217
41. G. Zundel, B. Brzezinski, Pol. J. Chem. 1998, 72, 172-192
42. G. Zundel, Ferroelectrics 1999, 220, 221-242
43. G. Zundel, Methods Enzymol. 1986, 127, 439-455.
44. S. H. Lee, S. Krimm, Biopolymers 1998, 46, 283-317.
45. J. M. Vanderkooi, J. L. Dashnau, B. Zelent, Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteomics 2005, 1749, 214-233.
46. J. F. Madden, S. H. Han, L. M. Siegel, T. G. Spiro, Biochemistry 1989, 28, 5471-5477;
47. S. Han, R. S. Czernuszewicz, T. G. Spiro, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3496-3504;
48. T. Iwasaki, A. Kounosu, D. R. Kolling, A. R. Crofts, S. A. Dikanov, A. Jin, T. Imai, A. Urushiyama, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4788-4789.
49. D. Kuila, J. R. Schoonover, R. B. Dyer, C. J. Batie, D. P. Ballou, J. A. Fee, W. H. Woodruff, Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 1992, 1140, 175-183.
50. S. Mitsuo, K. Kenichi, T. Takeshi, K. Yasutaka, Y. Shusuke, O. Mitsutaka, Y. Kizashi, Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 116-133.
51. S. Mitsuo, K. Kenichi, K. Yasutaka, Y. Shusuke, O. Mitsutaka, Y. Kizashi, Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 609-627.
52. R. Hielscher, P. Hellwig, ChemPhysChem 2010, 11, 435-441.
53. A. Trivella, Y. El Khoury, T. Gaillard, R. H. Stote, N. Merino, F. J. Blanco, P. Hellwig, AIP Conf. Proc. 2010, 1214, 3-6.
54. L. I. Maklakov, Russ. Chem. Rev. 1997, 66, 375-388.
55. M. S. Dresselhaus, P. C. Eklund, Adv. Phys. 2000, 49, 705-814.
56. S. Srivastava, S. Srivastava, S. Singh, V. D. Gupta, V. P. Gupta, Eur. Polym. J. 2003, 39, 341-354.
57. A. R. Klingen, H. Palsdottir, C. Hunte, G. M. Ullmann, Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2007, 1767, 204-221.
58. A. Allerhand, P. V. R. Schleyer, J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 1717-1723.
59. G. A. Jeffery, An Introduction to Hydrogen Bonding, Oxford University Press, New York 1997; G. C. Pimental, A. L. McClellan, The Hydrogen Bond, Freeman, San Francisco 1960, p. 120, 127.
60. G. Zaccai, Science 2000, 288, 1604-1607; K. Wood, M. Plazanet, F. Gabel, B. Kessler, D. Oesterhelt, D. J. Tobias, G. Zaccai, M. Weik, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 18049-18054; A. K. Dioumaev, J. K. Lanyi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 9621-9626; P. W. Fenimore, H. Frauenfelder, B. H. McMahon, F. G. Parak, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 16047-16051.