Separating DNA with different topologies by atomic force microscopy in comparison with gel electrophoresis

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 37, 2010, Pages 12162-12165

  Jiang, Yong ^a,b   Rabbi, Mahir ^b   Mieczkowski, Piotr A ^c   Marszalek, Piotr E ^b  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

^b Duke University   (United States)

^c DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; DNA; ELECTROPHORESIS; GENES;

AFM IMAGING; BULK MATERIALS; DNA QUANTIFICATION; EXPERIMENTAL CONDITIONS; GEL ELECTROPHORESIS; MOLECULAR LEVELS; PLASMID DNA; QUANTIFICATION METHODS; SINGLE DNA MOLECULES; SUPERCOILED;

GELS;

EID: 77956753727     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp105603k     Document Type: Article

References (41)

1. Besaratinia, A.; Synold, T. W.; Chen, H. H.; Chang, C.; Xi, B. X.; Riggs, A. D.; Pfeifer, G. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10058
2. Mouret, S.; Baudouin, C.; Charveron, M.; Favier, A.; Cadet, J.; Douki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 13765
3. Collins, A. R. Mol. Biotechnol. 2004, 26, 249
4. Brendler-Schwaab, S.; Hartmann, A.; Pfuhler, S.; Speit, G. Mutagenesis 2005, 20, 245
5. Sutherland, B. M.; Georgakilas, A. G.; Bennett, P. V.; Laval, J.; Sutherland, J. C. Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2003, 531, 93
6. Sutherland, B. M.; Bennett, P. V.; Sidorkina, O.; Laval, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 103
7. Guthold, M.; Bezanilla, M.; Erie, D. A.; Jenkins, B.; Hansma, H. G.; Bustamante, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 12927
8. Bustamante, C.; Rivetti, C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 395
9. Lyubchenko, Y. L.; Shlyakhtenko, L. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 496
10. Hansma, H. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 71
11. Hansma, H. G.; Kasuya, K.; Oroudjev, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 380
12. Lindsay, S. M.; Thundat, T.; Nagahara, L.; Knipping, U.; Rill, R. L. Science 1989, 244, 1063
13. Shao, Z. F.; Mou, J.; Czajkowsky, D. M.; Yang, J.; Yuan, J. Y. Adv. Phys. 1996, 45, 1
14. Colton, R. J.; Baselt, D. R.; Dufrene, Y. F.; Green, J. B. D.; Lee, G. U. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 370
15. Poggi, M. A.; Bottomley, L. A.; Lillehei, P. T. Anal. Chem. 2002, 74, 2851
16. Hansma, H. G.; Golan, R.; Hsieh, W.; Daubendiek, S. L.; Kool, E. T. J. Struct. Biol. 1999, 127, 240
17. Hansma, H. G.; Vesenka, J.; Siegerist, C.; Kelderman, G.; Morrett, H.; Sinsheimer, R. L.; Elings, V.; Bustamante, C.; Hansma, P. K. Science 1992, 256, 1180
18. Bussiek, M.; Toth, K.; Brun, N.; Langowski, J. J. Mol. Biol. 2005, 345, 695
19. Lyubchenko, Y. L. Cell Biochem. Biophys. 2004, 41, 75
20. Han, W. H.; Lindsay, S. M.; Dlakic, M.; Harington, R. E. Nature 1997, 386, 563
21. Wang, H.; Yang, Y.; Schofield, M. J.; Du, C. W.; Fridman, Y.; Lee, S. D.; Larson, E. D.; Drummond, J. T.; Alani, E.; Hsieh, P.; Erie, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14822
22. Chen, L. W.; Haushalter, K. A.; Lieber, C. M.; Verdine, G. L. Chem. Biol. 2002, 9, 345
23. Boichot, S.; Fromm, M.; Cunniffe, S.; O'Neill, P.; Labrune, J. C.; Chambaudet, A.; Delain, E.; Le Cam, E. Radiat. Prot. Dosim. 2002, 99, 143
24. Psonka, K.; Brons, S.; Heiss, M.; Gudowska-Nowak, E.; Taucher-Scholz, G. J. Phys.: Condens. Matter 2005, 17, S1443
25. Lysetska, M.; Knoll, A.; Boehringer, D.; Hey, T.; Krauss, G.; Krausch, G. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2686
26. Moreno-Herrero, F.; de Jager, M.; Dekker, N. H.; Kanaar, R.; Wyman, C.; Dekker, C. Nature 2005, 437, 440
27. Murakami, M.; Hirokawa, H.; Hayata, I. J. Biochem. Biophys. Methods 2000, 44, 31
28. Pang, D.; Berman, B. L.; Chasovskikh, S.; Rodgers, J. E.; Dritschilo, A. Radiat. Res. 1998, 150, 612
29. Pang, D.; Rodgers, J. E.; Berman, B. L.; Chasovskikh, S.; Dritschilo, A. Radiat. Res. 2005, 164, 755
30. Jiang, Y.; Rabbi, M.; Kim, M.; Ke, C.; Lee, W.; Clark, R. L.; Mieczkowski, P. A.; Marszalek, P. E. Biophys. J. 2009, 96, 1151
31. Jiang, Y.; Ke, C. H.; Mieczkowski, P. A.; Marszalek, P. E. Biophys. J. 2007, 93, 1758
32. Shlyakhtenko, L. S.; Gall, A. A.; Filonov, A.; Cerovac, Z.; Lushnikov, A.; Lyubchenko, Y. L. Ultramicroscopy 2003, 97, 279
33. Cherny, D. I.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 2001, 313, 295
34. Vologodskii, A. V.; Cozzarelli, N. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 609
35. Lobachevsky, P. N.; Karagiannis, T. C.; Martin, R. F. Radiat. Res. 2004, 162, 84
36. Sachs, R. K.; Ponomarev, A. L.; Hahnfeldt, P.; Hlatky, L. R. Math. Biosci. 1999, 159, 165
37. Bussiek, M.; Mucke, N.; Langowski, J. Nucleic Acids Res. 2003, 31 e137
38. Shlyakhtenko, L. S.; Miloseska, L.; Potaman, V. N.; Sinden, R. R.; Lyubchenko, Y. L. Ultramicroscopy 2003, 97, 263
39. Ke, C.; Jiang, Y.; Mieczkowski, P. A.; Muramoto, G. G.; Chute, J. P.; Marszalek, P. E. Small 2008, 4, 288
40. Chen, W. M.; Blazek, E. R.; Rosenberg, I. Med. Phys. 1995, 22, 1369
41. Sutherland, B. M.; Bennett, P. V.; Conlon, K.; Epling, G. A.; Sutherland, J. C. Anal. Biochem. 1992, 201, 80