The OPLS Potential Functions for Proteins. Energy Minimizations for Crystals of Cyclic Peptides and Crambin

Journal of the American Chemical Society

Volumn 110, Issue 6, 1988, Pages 1657-1666

  Jorgensen, William L ^a   Tirado Rives, Julian ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33645941402     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja00214a001     Document Type: Article

References (52)

1. Beveridge, D. L., Jorgensen, W. L., Eds. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1986, 482.
2. For reviews, see: Levitt, M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1982, 11, 251. McCammon, J. A. Rep. Prog. Phys. 1984, 47, 1.
3. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
4. Hall, D.; Pavitt, N. J. Comput. Chem. 1984, 5, 411.
5. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 569.
6. Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1986, 90, 1276.
7. Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1986, 90, 6379.
8. Jorgensen, W. L.; Briggs, J. M., to be published.
9. Jorgensen, W. L.; Contreras, L., to be published.
10. Jorgensen, W. L.; Madura, M. D.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6638.
11. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
12. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D. Mol. Phys. 1985, 56, 1381.
13. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; von Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, Holland, 1981; p 331.
14. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; DeFrees, D. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1983, 77, 3054.
15. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985,107, 1489.
16. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3050.
17. Jorgensen, W. L.; Gao, J.; Ravimohan, C. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3470.
18. Jorgensen, W. L.; Gao, J. J. Phys. Chem. 1986, 90, 2174.
19. Gao, J.; Garner, D. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4784.
20. Kuntz, I. D. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 514.
21. Jorgensen, W. L.; Gao, J., unpublished results.
22. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature: Biochemistry 1970, 9, 3471.
23. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
24. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
25. Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 1982, 77, 5757. Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127.
26. Ragavachari, K. J. Chem. Phys. 1984, 81, 1383.
27. Compton, D. A. C.; Montero, S.; Murphy, W. F. J. Phys. Chem. 1980, 84, 3587.
28. Verma, A.; Murphy, W.; Bernstein, H. J. Chem. Phys. 1974, 60, 1540.
29. Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1959, 32, 748.
30. Kanesaka, I.; Snyder, R. G.; Strauss, H. L. J. Chem. Phys. 1986, 84, 395.
31. Burkert, U. J. Comput. Chem. 1980, 1, 285.
32. Jorgensen, W. L.; Ibrahim, M. J. Am. Chem. Soc. 1981,103,3976.
33. Kitagawa, T.; Miyazawa, T. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1968, 41, 1976.
34. Oyanagi, K.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1978, 51, 2237.
35. Dunfield, L. G.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 2609.
36. Vazquez, M.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1983, 16, 1043.
37. Schafer, L.; Van Alsenoy, C.; Scarsdale, J. N. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1439. Klimkowski, V. J.; Schafer, L.; Momany, F. A.; Van Alsenoy, C. J. Molec. Str. (THEOCHEM) 1985, 124, 143.
38. Maigret, B.; Pullman, B.; Dreyfus, J. J. Theor. Biol. 1970, 26, 231.
39. Cung, M. T.; Marraud, M.; Neel, J. Ann. Chim. (Paris) 1972, 7, 183.
40. Iwasaki, F. Acta Crystallogr., Sect. B 1974, B30, 2503.
41. Schafer, L.; Klimkowski, V. J.; Momany, F. A.; Chuman, H.; Van Alsenoy, C. Biopolymers 1984, 23, 2335. Scarsdale, J. N.; Van Alsenoy, C.; Klimkowski, V. J.; Schafer, L.; Momany, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1983,105,3438.
42. Hossain, M. B.; van der Helm, D. J. Am. Chem. Soc. 1978,100,5191.
43. Karle, I. L.; Gibson, J. W.; Karle, J. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 3755.
44. Kostansek, E. C.; Thiessen, W. E.; Schomburg, D.; Lipscomb, W. N. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 5811.
45. Karle, I. L. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 1286.
46. Nedler, J. A.; Mead, R. Comput. J. 1965, 7, 308.
47. Hendrickson, W. A.; Teeter, M. M. Nature (London) 1981, 290, 107.
48. Teeter, M. M.; Hendrickson, W. A., unpublished results.
49. Vermeulen, J. A. W. H.; Lamerichs, R. M. J. N.; Berliner, L. J.; De Marco, A.; Llinas, M.; Boelens, R.; Alleman, J.; Kaptein, R. FEBS Lett. 1987, 219, 426.
50. Whitlow, M.; Teeter, M. M. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7163.
51. Teeter, M. M.; Whitlow, M. D. Trans. Am. Crystallogr. Assoc. 1986, 22, 75. Teeter, M. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 6014.
52. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J.; Teeter, M. M., to be published.