Parameterization of the torsional potential for calix[4]arene-substituted poly(thiophene)s

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 8, 2010, Pages 1741-1751

  Preat, Julien ^a   Rodríguez Ropero, Francisco ^a   Torras, Juan ^a   Bertran, Oscar ^a   Zanuy, David ^a   Alemán, Carlos ^a  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

Author keywords

Conducting polymer; Force field; Molecular dynamics; Parameterization; Poly(thiophene); Torsional potential; Umbrella sampling

Indexed keywords

FORCE-FIELD; POLY(THIOPHENE); TORSIONAL POTENTIAL; TORSIONAL POTENTIALS; UMBRELLA SAMPLING;

BEARINGS (STRUCTURAL); CONDUCTING POLYMERS; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC CONDUCTORS; PARAMETERIZATION; QUANTUM THEORY; ROTATION; THIOPHENE;

ORGANIC POLYMERS;

CALIX(4)ARENE; CALIXARENE; PHENOL DERIVATIVE; POLYMER; POLYTHIOPHENE; THIOPHENE DERIVATIVE;

ARTICLE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

CALIXARENES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PHENOLS; POLYMERS; QUANTUM THEORY; THIOPHENES;

EID: 77952406201     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21463     Document Type: Article

References (52)

1. Marsella, M. J.; Swager, T. M. J Am Chem Soc 1993, 115, 12214.
2. Bäuerle, P.; Scheib, S. Adv Mater 1993, 5, 848.
3. McQuade, D. T.; Pullen, A. E.; Swager, T. M. Chem Rev 2000, 100, 2537.
4. Marsella, M. J.; Newland, R. J.; Carroll, P. J.; Swager, T. M. J Am Chem Soc 1995, 117, 9842.
5. Crawford, K. B.; Goldfinger, M. B.; Swager, T. M. J Am Chem Soc 1998, 120, 5187.
6. Benevelli, F.; Bond, A.; Duer, M.; Klinowski, J. Phys Chem Chem Phys 2000, 2, 3977.
7. Rodríguez-Ropero, F.; Zanuy, D.; Alemán, C. J Comput Chem 2008, 29, 1233.
8. Alemán, C.; Den Otter, W. K.; Tolpekina, T. V.; Briels, W. J. J Org Chem 2004, 69, 951.
9. Kofranek, M.; Kovár, T.; Lischka, H.; Karpfen, A. TEOCHEM 1992, 259, 181.
10. Samdal, S.; Samuelsen, E. J.; Volden, H. V. Synth Met 1993, 59, 259.
11. Orti, E.; Viruela, P. M.; Sanchez-Marin, J.; Tomas, F. J Phys Chem 1995, 99, 4955.
12. Alemán, C.; Domingo, V. M.; Fajarí, L.; Julia, L.; Karpfen, A. J Org Chem 1998, 63, 1041.
13. Rodríguez-Ropero, F.; Casanovas, J.; Alemán, C. Chem Phys Lett 2005, 416, 331.
14. Raos, G.; Famulari, A.; Marcon, V. Chem Phys Lett 2003, 379, 364.
15. Diaz-Quljada, G. A.; Weinberg, N.; Holdcroft, S.; Pinto, B. M. J Phys Chem A 2002, 106, 1266.
16. Bucci, P.; Longeri, M.; Veracini, C. A.; Lunazzi, L. J Am Chem Soc 1974, 96, 1305.
17. Chadwick, J. E.; Kohler, B. E. J Phys Chem 1994, 98, 3631.
18. Home, J. C.; Blanchard, G. J.; Legoff, E. J Am Chem Soc 1995, 117, 9551.
19. Curco, D.; Alemán, C. J Comput Chem 2007, 28, 1743.
20. Zhang, G.; Pel, Y.; Ma, J.; Yin, K.; Chen, C.-L. J Phys Chem B 2004, 108, 6988.
21. Rodríguez-Ropero, F.; Preat, J.; Zanuy, D.; Torras, J.; Alemán, C. J Phys Chem B 2009, 113, 8284.
22. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J Comput Chem 2004, 25, 1157.
23. Alemán, C.; Canela, E. I.; Franco, R.; Orozco, M. J Comput Chem 1991, 12, 664.
24. Curco, D.; Rodríguez-Ropero, F.; Alemán, C. J Comput Aided Mol Des 2009, 20, 13.
25. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 490.
26. Lii, J.-H.; Allinger, N. L. J Comput Chem 1991, 12, 186.
27. Allinger, N. L.; Chen, K.; Lii, J.-H. J Comput Chem 1996, 17, 642.
28. Clark, M.; Cramer, R. D. I.; Opdenbosch, N. V. J Comput Chem 1989, 10, 982.
29. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Stroekbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct, Funct, Bioinf 2006, 65, 712.
30. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennueci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc.: Wallingford CT, Gaussian 03 Revision B.02.
31. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys Rev 1934, 46, 618.
32. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. V. R. J Comput Chem 1983, 4, 294.
33. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. University of California: San Francisco, 2008.
34. Darden, T. A.; York, Y.; Pedersen, L. J Chem Phys 1993, 98, 10089.
35. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269.
36. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16, 1357.
37. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.
38. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J Comput Chem 1977, 23, 187.
39. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J Comput Chem 2001, 22, 1048.
40. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1992, 13, 1011.
41. Souaille, M.; Roux, B. Comput Phys Commun 2001, 135, 40.
42. Kollman, P. Chem Rev 1993, 93, 2395.
43. Booth, J. G.; Sarkar, S. Am. Stat 1998, 52, 354.
44. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J Comput Chem 2005, 26, 1781.
45. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Gunsteren, W. F.v; Dinola, A.; Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81, 3684.
46. Jarzynski, C. Phys Rev Lett 1997, 78, 2690.
47. Piecinini, E.; Ceccarelli, M.; Affinito, F.; Brunetti, R.; Jacoboni, C. J Chem Theory Comput 2008, 4, 173.
48. Alemán, C.; Muñoz-Guerra, S. J Polym Sci Part B: Polym Phys 1996, 34, 963.
49. Namba, A. M.; León, S.; Da Silva, G. V. J.; Alemán, C. J Comput Aided Mol Des 2001, 15, 235.
50. Armelln, E.; Beitran, O.; Estrany, O.; Salvatella, R.; Alemán, C. Eur Polym J 2009, 45, 2211.
51. Bertran, O.; Amielin, E.; Torras, J.; Estrany, F.; Codina, M.; Alemán, C. Polymer 2008, 49, 1972.
52. Bertran, O.; Pfeiffer, P.; Torras, O.; Armelin, E.; Estrany, F.; Alemán, C. Polymer 2007, 48, 6955.