Determination of protein stoichiometry within protein complexes using absolute quantification and multiple reaction monitoring

Analytical Chemistry

Volumn 82, Issue 7, 2010, Pages 2784-2796

  Schmidt, Carla ^a   Lenz, Christof ^b   Grote, Michael ^a   Lührmann, Reinhard ^a   Urlaub, Henning ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOPHYSICAL CHEMISTRY   (Germany)

^b Applied Biosystems   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSOLUTE QUANTIFICATION; CELLULAR PROCESS; DENATURING CONDITIONS; DETERMINATION OF PROTEINS; IDENTIFICATION OF PROTEINS; INDIVIDUAL PROTEINS; MULTIPLE REACTION MONITORING; PRE-MRNA; PROTEIN COMPLEXES; SIGNAL INTENSITIES; SPLICEOSOMES;

ACETONITRILE; PEPTIDES; STOICHIOMETRY;

ENZYMATIC HYDROLYSIS;

CDC5L PROTEIN, HUMAN; CELL CYCLE PROTEIN; MULTIPROTEIN COMPLEX; NUCLEAR PROTEIN; POLYDEOXYRIBONUCLEOTIDE SYNTHASE; PRPF19 PROTEIN, HUMAN; RNA BINDING PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; HYDROLYSIS; ISOLATION AND PURIFICATION; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; SPLICEOSOME;

AMINO ACID SEQUENCE; CELL CYCLE PROTEINS; DNA REPAIR ENZYMES; HUMANS; HYDROLYSIS; MULTIPROTEIN COMPLEXES; NUCLEAR PROTEINS; RNA-BINDING PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; SPLICEOSOMES;

EID: 77950395166     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac902710k     Document Type: Article

References (45)

1. Winzor, D. J. J. Biochem. Methods 2003, 56, 15-52.
2. Lebowitz, J.; Lewis, M. S.; Schuck, P. Protein Sci. Sci. 2002, 11 2067-2079.
3. Fasshauer, D.; Otto, H.; Eliason, W. K.; Jahn, R; Brunger, A. T. I. Biol. Chem. 1997, 272, 28036-28041.
4. Takamori, S.; Holt, M.; Stenius, K; Lemke, E. A.; Gronborg, M.; Riedel, D.; Urlaub, H.; Schenck, S.; Brugger, B.; Ringler, P.; Muller, S. A.; Rammner, B.; Grater, F.; Hub, J. S.; De Groot, B. L; Mieskes, G.; Moriyama, Y.; Klingauf, J.; Grubmuller, H.; Heuser, J.; Wieland, F.; Jahn, R Cell 2006, 127, 831-846.
5. Behzadnia, N.; Golas, M. M.; Hartmuth, K.; Sander, B.; Kastner, B.; Deckert, J.; Dube, P.; Will, C. L.; Urlaub, H.; Stark, H.; Luhrmann, R SMBOJ. 2007, 26, 1737-1748.
6. Bessonov, S.; Anokhina, M.; Will, C. L.; Urlaub, H.; Luhrmann, R Nature 2008, 452, 846-850.
7. Deckert, J.; Hartmuth, K.; Boehringer, D.; Behzadnia, N.; Will, C. L.; Kastner, B.; Stark, H.; Urlaub, H.; Luhrmann, R. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 5528-5543.
8. Heck, A. J. Methods 2008, 5, 927-933.
9. Sharon, M.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem. 2007, 76, 167-193.
10. Sanglier, S.; Atmanene, C.; Chevreux, G.; Dorsselaer, A. V. Methods Mol. Biol. 2008, 484, 217-243.
11. Lorenzen, K.; Olia, A. S.; Uetrecht, C.; Cingolani, G.; Heck, A. J. J. Mol. Biol. 2008, 379, 385-396.
12. Bantscheff, M.; Schirle, M.; Sweetman, G.; Rick, J.; Kuster, B. Anal Bioanal. Chem. 2007, 389, 1017-1031.
13. Waanders, L. F.; Hanke, S.; Mann, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2058-2064.
14. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262.
15. Ong, S. E.; Foster, L. J.; Mann, M. Methods 2003, 29, 124-130.
16. Pan, S.; Aebersold, R.; Chen, R.; Rush, J.; Goodlett, D. R.; Mcintosh, M. W.; Zhang, J.; Brentnall, T. A. J. Proteome Res. 2009, 8, 787-797.
17. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1265-1272.
18. Silva, J. C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Geromanos, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 144-156.
19. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 6940-6945.
20. Kirkpatrick, D. S.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Methods 2005, 35, 265-273.
21. Beynon, R J.; Doherty, M. K; Pratt, J. M.; Gaskell, S. J. Nat. Methods 2005, 2, 587-589.
22. Singh, S.; Springer, M.; Steen, J.; Kirschner, M. W.; Steen, H. T. Proteome Res. 2009, 8, 2201-2210.
23. Langenfeld, E.; Zanger, U. M.; Jung, K.; Meyer, H. E.; Marcus, K. Proteomics 2009, 9, 2313-2323.
24. Abbatiello, S. E.; Pan, Y. X.; Zhou, M.; Wayne, A. S.; Veenstra, T. D.; Hunger, S. P.; Kilberg, M. S.; Eyler, J. R; Richards, N. G.; Conrads, T. P. J. Proteomics 2008, 71, 61-70.
25. Kuhn, E.; Wu, J.; Karl, J.; Liao, H.; ZoIg, W.; Guild, B. Proteomics. 2004, 4, 1175-1186.
26. Anderson, L.; Hunter, C. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 573-588.
27. Stahl-Zeng, J.; Lange, V.; Ossola, R.; Eckhardt, K.; Krek, W.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1809-1817.
28. Hochleitner, E. O.; Kastner, B.; Frohlich, T.; Schmidt, A.; Luhrmann, R.; Arnold, G.; Lottspeich, F. I. Biol. Chem. 2005, 280, 2536-2542.
29. Wepf, A.; Glatter, T.; Schmidt, A.; Aebersold, R.; Gstaiger, M. Nat. Methods 2009, 6, 203-205.
30. Ajuh, P.; Kuster, B.; Panov, K.; Zomerdijk, J. C.; Mann, M.; Lamond, A. I. EMBO J. 2000, 19, 6569-6581.
31. Makarova, O. V.; Makarov, E. M.; Urlaub, H.; Will, C. L.; Gentzel, M.; Wilm, M.; Luhrmann, R. SMBO J. 2004, 23, 2381-2391.
32. Tarn, W. Y; Hsu, C. H.; Huang, K. T.; Chen, H. R.; Kao, H. Y.; Lee, K. R.; Cheng, S. C. SMBO J. 1994, 13, 2421-2431.
33. Ohi, M. D.; Vander Kooi, C. W.; Rosenberg, J. A.; Ren, L; Hirsch, J. P.; Chazin, W. J.; WaIz, T.; Gould, K. L. Mol. Cell. Biol 2005, 25, 451-460.
34. Malik, S.; Roeder, R. G. Methods Enzymol. 2003, 364, 257-284.
35. Dignam. T. P.: Lebovitz. R. M.: Roeder. R. G. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 1475-1489.
36. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327.
37. Mallick, P.; Schirle, M.; Chen, S. S.; Flory, M. R.; Lee, H.; Martin, D.; Ranish, J.; Raught, B.; Schmitt, R.; Werner, T.; Kuster, B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 125-131.
38. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M.; Li, G.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 2010-2021.
39. Stark, G. R.; Stein, W. H.; Moore, S. J. Biol. Chem. 1960, 235, 3177-3181.
40. Grillari, J.; Ajuh, P.; Stadler, G.; Loscher, M.; Voglauer, R; Ernst, W.; Chusainow, J.; Eisenhaber, F.; Pokar, M.; Fortschegger, K.; Grey, M.; Lamond, A. I. Katinger, H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6868-6883.
41. Graub, R.; Lancero, H.; Pedersen, A.; Chu, M.; Padmanabhan, K.; Xu, X. Q.; Spitz, R.; Chalkley, R.; Burlingame, A. L.; Stokoe, D.; Bernstein, H. S. Cell Cycle 2008, 7, 1795-1803.
42. Grate, M.; Wolf, E.; Will, C. L.; Agafonov, D. E.; Schomburg, A.; Fischle, W.; Urlaub, H.; Luhrmann, R Mol. Cell. Biol. 2010, in press.
43. Holzmann, J.; Piehler, P.; Madalinski, M.; Kurzbauer, R.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2009, 81, 10254-10261.
44. Schagger, H.; von Jagow, G. Anal. Biochem. 1987, 166, 368-379.
45. Wahl, M. C.; Will, C. L.; Luhrmann, R. Cell 2009, 136, 701-718.