Utility of the hard/soft acid-base principle via the fukui function in biological systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 2, 2010, Pages 548-559

  Merz Jr , Kenneth M ^a   Faver, John ^a  

^a University of Florida   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77950150424     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9005085     Document Type: Article

References (62)

1. Szabo, A.; Ostlund, N. S. The Hartree Fock Approximation. Modern Quantum Chemistry: Introduction to AdvancedElectronic Structure Theory, 1st ed.; Dover Publications: Mineola, NY, 1996; Vol.1, pp 108-151.
2. Levine, I. N. Ab Initio and Density Functional Treatments of Molecules. Quantum Chemistry, 6th ed.; Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 2008; Vol.1, pp 480-625.
3. Jensen, F. Electronic Structure Methods: Independent-Particle Models. Introduction to Computational Chemistry, 2nd ed.; Wiley: Chichester, England, 2006; Vol.1, pp 80-132.
4. Cramer, C. J. Molecular Mechanics. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, 2nd ed.; Wiley: Chichester, England, 2004; Vol.1, pp 17-68.
5. Leach, A. Emperical Force Field Models: Molecular Mechanics. Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd ed.; Prentice Hall: Harlow, England, 2001; Vol.1, pp 165252.
6. Geerlings, P.; De Proft, F.; Langenaeker, W. Chem. Rev. 2003, 103, 1793.
7. Sengupta, D.; Chandra, A. K.; Nguyen, M. T. J. Org. Chem. 1997, 62, 6404.
8. Roy, R. K.; Krishnamurti, S.; Geerlings, P.; Pal, S. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3746.
9. Roy, R. K.; Tajima, N.; Hirao, K. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 2117.
10. Feng, X.-T.; Yu, J.-G.; Lei, M.; Fang, W.-H.; Liu, S. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13381.
11. Beck, M. E. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 273.
12. Roos, G.; Geerlings, P.; Messens, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13465.
13. Giessner, C.; Pullman, A. Theor. Chim. Acta 1972, 25, 83.
14. Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431.
15. Goedecker, S. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1085.
16. Galli, G. Phys. Status Solidi B 2000, 217, 231.
17. Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643.
18. Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879.
19. Van der Vaart, A.; Gogonea, V.; Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1494.
20. Yang, W. T.; Lee, T. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674.
21. Lee, T. S.; Lewis, J. P.; Yang, W. T. Comput. Mater. Sci. 1998, 12, 259.
22. Khandogin, J.; York, D. M. Proteins 2004, 56, 724.
23. Pearson, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 3533.
24. Datta, D.; Singh, S. N. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1991, 1541.
25. Datta, D. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1992, 1855.
26. Benedetti, L.; Gavioli, G. B.; Fontanesi, C. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1992, 88, 843.
27. Langenaeker, W.; Coussement, N.; Deproft, F.; Geerlings, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3010.
28. Deproft, F.; Amira, S.; Choho, K.; Geerlings, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5227.
29. Deka, R. C.; Vetrivel, R.; Pal, S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5978.
30. Mondal, P.; Hazarika, K. K.; Deka, R. C. PhysChemComm 2003, 24.
31. Flores-Sandoval, C. A.; Zaragoza, I. P.; Maranon-Ruiz, V. F.; Correa-Basurto, J.; Trujillo-Ferrara, J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2005, 713, 127.
32. Wisniewski, M.; Gauden, P. A. Appl. Surf. Sci. 2009, 255, 4782.
33. Parr, R. G.; Pearson, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 7512.
34. Parr, R. G.; Yang, W. T. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 4049.
35. Yang, W. T.; Parr, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 6723.
36. Parr, R. G.; Donnelly, R. A.; Levy, M.; Palke, W. E. J. Chem. Phys. 1978, 68, 3801.
37. Ayers, P. W.; Parr, R. G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 184108.
38. Chattaraj, P. K.; Roy, D. R.; Geerlings, P.; Torrent-Sucarrat, M. Theor. Chem. Acc. 2007, 118, 923.
39. Ayers, P. W.; De Proft, F.; Borgoo, A.; Geerlings, P. J. Chem. Phys. 2007, 126, 224107.
40. Fievez, T.; Sablon, N.; De Proft, F.; Ayers, P. W.; Geerlings, P. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1065.
41. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T. J. Chem. Soc., Faraday Discuss. 2007, 135, 191.
42. Balawender, R.; Komorowski, L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5203.
43. Mineva, T.; Russo, N.; Sicilia, E.; Toscano, M. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 388.
44. Mineva, T.; Parvanov, V.; Petrov, I.; Neshev, N.; Russo, N. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1959.
45. Madjarova, G.; Tadjer, A.; Cholakova, T. P.; DobRev, A. A.; Mineva, T. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 387.
46. Ayers, P. W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3387.
47. Melin, J.; Ayers, P. W.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10017.
48. Vincent, J. J.; Dixon, S. L.; Merz, K. M. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 220.
49. DeLano, W. L.; Lam, J. W. Abstr. Pap.sAm. Chem. Soc. 2005, 230, U1371.
50. Sich, C.; Improta, S.; Cowley, D. J.; Guenet, C.; Merly, J. P.; Teufel, M.; Saudek, V. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 5342.
51. Erbel, P.; Schiering, N.; D'Arcy, A.; Renatus, M.; Kroemer, M.; Lim, S. P.; Yin, Z.; Keller, T. H.; Vasudevan, S. G.; Hommel, U. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 372.
52. Kiat, T. S.; Pippen, R.; Yusof, R.; Ibrahim, H.; Norzulaani, K.; Rahman, N. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 3337.
53. Othman, R.; Kiat, T. S.; Khalid, N.; Yusof, R.; Newhouse, E. I.; Newhouse, J. S.; Alam, M.; Rahman, N. A. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 1582.
54. Huang, N.; Shoichet, B. K.; Irwin, J. J. J. Med. Chem. 2006, 49, 6789.
55. Tikhe, J. G.; Webber, S. E.; Hostomsky, Z.; Maegley, K. A.; Ekkers, A.; Li, J. K.; Yu, X. H.; Almassy, R. J.; Kumpf, R. A.; Boritzki, T. J.; Zhang, C.; Calabrese, C. R.; Curtin, N. J.; Kyle, S.; Thomas, H. D.; Weng, L. Z.; Calvert, A. H.; Golding, B. T.; Griffin, R. J.; Newell, D. R. J. Med. Chem. 2004, 47, 5467.
56. Halgren, T. A.; Murphy, R. B.; Banks, J.; Mainz, D.; Klicic, J.; Perty, J. K.; Friesner, R. A. Abstr. Pap.sAm. Chem. Soc. 2002, 224, U345. 558.
57. Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; Greenwood, J. R.; Halgren, T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T. J. Med. Chem. 2006, 49, 6177.
58. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639.
59. Wang, B.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M. J. Med. Chem. 2007, 50, 5128.
60. Fukushima, K.; Wada, M.; Sakurai, M. Proteins 2008, 71, 1940.
61. He, X.; Fusti-Molnar, L.; Cui, G. L.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5290.
62. Bonneau, R.; Strauss, C. E. M.; Rohl, C. A.; Chivian, D.; Bradley, P.; Malmstrom, L.; Robertson, T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2002, 322, 65.