DNA-binding protein nanotubes: Learning from nature's nanotech examples

Nano Letters

Volumn 4, Issue 10, 2004, Pages 1897-1902

  Audette, Gerald F ^a   Van Schaik, Erin J ^a   Hazes, Bart ^a   Irvin, Randall T ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; DNA; HYDROPHOBICITY; MONOMERS; PROTEINS; SELF ASSEMBLY;

BACTERIAL PILI; CONFORMATIONAL SHIFTS; NANOFIBERS; PROTEIN NANOTUBES;

CARBON NANOTUBES;

DNA BINDING PROTEIN; MONOMER; PILIN;

ARTICLE; CONFORMATION; CONTROLLED STUDY; DNA BINDING; ENGINEERING; HYDROPHOBICITY; NANOTECHNOLOGY; NANOTUBE; NONHUMAN; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN ENGINEERING; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

EID: 7544222010     PISSN: 15306984     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl048942f     Document Type: Article

References (38)

1. Ajayan, P. M.; Charlier, J.-C.; Rinzler, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14199-14200.
2. Dwyer, C.; Guthold, M.; Falvo, M.; Washburn, S.; Superfine, R.; Erie, D. Nanotechnology 2002, 13, 601-604.
3. Georgakilas, V.; Kordatos, K.; Prato, M.; Guldi, D. M.; Holzinger, M.; Hirsch, A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 760-761.
4. Ajayan, P. M. Chem. Rev. 1999, 99, 1787.
5. Wei, B. Q.; Vajtai, R.; Jung, Y.; Ward, J.; Zhang, R.; Ramanath, G.; Ajayan, P. M. Nature 2002, 416, 495.
6. Tans, S. J.; Veshueren, A. R. M.; Dekker, C. Nature 1998, 393, 49-52.
7. Wong, S. S.; Joselevich, E.; Woolley, A. T.; Cheung, C. L.; Lieber, C. M. Nature 1998, 394, 52-55.
8. Zhu, H. W.; Xu, C. L.; Wu, D. H.; Wei, B. Q.; Vajtai, R.; Ajayan, P. M. Science 2002, 296, 884-886.
9. Mattick, J. S. Annu. Rev. Microbiol. 2002, 56, 289-314. Remaut, H.; Waksman, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 161-170.
10. Mattick, J. S. Annu. Rev. Microbiol. 2002, 56, 289-314. Remaut, H.; Waksman, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 161-170.
11. Parge, H. E.; Forest, K. T.; Hickey, M. J.; Christensen, D. A.; Getzoff, E. D.; Tainer, J. A. Nature 1995, 378, 32-38.
12. Craig L.; Taylor, R. K.; Pique, M. E.; Adair, B. D.; Arvai, A. S.; Singh, M.; Lloyd, S. J.; Shin, D. S.; Getzoff, E. D.; Yeager, M.; Forest, K. T.; Tainer, J. A. Mol. Cell 2003, 11, 1139-1150.
13. Hazes, B.; Sastry, P. A.; Hayakawa, K.; Read, R. J.; Irvin, R. T. J. Mol. Biol. 2000, 299, 1005-1017.
14. Keizer, D. W.; Slupsky, C. M.; Kalisiak, M.; Campbell, A. P.; Crump, M. P.; Sastry, P. A.; Hazes, B.; Irvin, R. T.; Sykes, B. D. J. Biol. Chem. 2001, 276, 24186-24193.
15. Audette, G. F.; Irvin, R. T.; Hazes, B. Acta Crystallogr. 2003, D59, 1665.
16. Audette, G. F.; Irvin, R. T.; Hazes, B. Biochemistry 2004, 43, 11427-11435.
17. Lee, K. K.; Sheth, H. B.; Wong, W. Y.; Sherbourne, R.; Paranchych, W.; Hodges, R. S.; Lingwood, C. A.; Krivan, H.; Irvin, R. T. Mol. Microbiol. 1994, 11, 705-713.
18. Perutz, M. F.; Finch, J. T.; Berriman, J.; Lesk, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5591-5595.
19. Klunk, W. E.; Jacob, R. F.; Mason, R. P. Methods Enzymol. 1999, 309, 285-305.
20. Doig, P.; Todd, T.; Sastry, P. A.; Lee, K. K.; Hodges, R. S.; Paranchych, W.; Irvin, R. T. Infect. Immun. 1998, 56, 1641-1646. Schweizer, F.; Jiao, H.; Hindsgaul, O.; Wong, W. Y.; Irvin, R. T. Can. J. Microbiol. 1998, 44, 307-311.
21. Doig, P.; Todd, T.; Sastry, P. A.; Lee, K. K.; Hodges, R. S.; Paranchych, W.; Irvin, R. T. Infect. Immun. 1998, 56, 1641-1646. Schweizer, F.; Jiao, H.; Hindsgaul, O.; Wong, W. Y.; Irvin, R. T. Can. J. Microbiol. 1998, 44, 307-311.
22. Sheth, H. B.; Glasier, L. M.; Ellert, N. W.; Cachia, P.; Kohn, W.; Lee, K. K.; Paranchych, W.; Hodges, R. S.; Irvin, R. T. Biomed. Pept. Proteins Nucleic Acids 1995, 1, 141-148.
23. Folkhard, W.; Marvin, D. A.; Watts, T. H.; Paranchych, W. J. Mol. Biol. 1981, 149, 79-93. Marvin, D. A.; Nadassy, K.; Welsh, L. C.; Forest, K. T. Fibre Diffraction Rev. 2003, 11, 87-94.
24. Folkhard, W.; Marvin, D. A.; Watts, T. H.; Paranchych, W. J. Mol. Biol. 1981, 149, 79-93. Marvin, D. A.; Nadassy, K.; Welsh, L. C.; Forest, K. T. Fibre Diffraction Rev. 2003, 11, 87-94.
25. Merz, A. J.; So, M.; Sheetz, M. P. Nature 2000, 407, 98-102. Maier, B.; Potter, L.; So, M.; Seifert, H. S.; Sheetz, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16012-16017.
26. Merz, A. J.; So, M.; Sheetz, M. P. Nature 2000, 407, 98-102. Maier, B.; Potter, L.; So, M.; Seifert, H. S.; Sheetz, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16012-16017.
27. Watson, A. A.; Mattick, J. S.; Alm, R. A. Gene 1996, 175, 143-150.
28. Hartgerink, J. D.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 43-50. Kim, H. S.; Hartgerink, J. D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem Soc. 1998, 120, 4417-4424.
29. Hartgerink, J. D.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 43-50. Kim, H. S.; Hartgerink, J. D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem Soc. 1998, 120, 4417-4424.
30. Hartgerink, J. D.; Clark, T. D.; Ghadiri, M. R. Chem. Eur. J. 1998, 4, 1367-1372. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Science 2001, 294, 1684-1688. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5133-5138.
31. Hartgerink, J. D.; Clark, T. D.; Ghadiri, M. R. Chem. Eur. J. 1998, 4, 1367-1372. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Science 2001, 294, 1684-1688. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5133-5138.
32. Hartgerink, J. D.; Clark, T. D.; Ghadiri, M. R. Chem. Eur. J. 1998, 4, 1367-1372. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Science 2001, 294, 1684-1688. Hartgerink, J. D.; Beniash, E.; Stupp, S. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5133-5138.
33. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. T. J.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485. Rakitin, A.; Aich, P.; Papadopoulos, C.; Kobzar, Y.; Vedeneev, A. S.; Lee, J. S.; Xu, J. M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673. Aich, P.; Skinner, R. J.; Wettig, S. D.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 20, 93-98. Wettig, S. D.; Li, C.-Z.; Long, Y.-T.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. Anal. Sci. 2003, 19, 23-26.
34. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. T. J.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485. Rakitin, A.; Aich, P.; Papadopoulos, C.; Kobzar, Y.; Vedeneev, A. S.; Lee, J. S.; Xu, J. M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673. Aich, P.; Skinner, R. J.; Wettig, S. D.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 20, 93-98. Wettig, S. D.; Li, C.-Z.; Long, Y.-T.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. Anal. Sci. 2003, 19, 23-26.
35. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. T. J.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485. Rakitin, A.; Aich, P.; Papadopoulos, C.; Kobzar, Y.; Vedeneev, A. S.; Lee, J. S.; Xu, J. M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673. Aich, P.; Skinner, R. J.; Wettig, S. D.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 20, 93-98. Wettig, S. D.; Li, C.-Z.; Long, Y.-T.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. Anal. Sci. 2003, 19, 23-26.
36. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. T. J.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485. Rakitin, A.; Aich, P.; Papadopoulos, C.; Kobzar, Y.; Vedeneev, A. S.; Lee, J. S.; Xu, J. M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673. Aich, P.; Skinner, R. J.; Wettig, S. D.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 20, 93-98. Wettig, S. D.; Li, C.-Z.; Long, Y.-T.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. Anal. Sci. 2003, 19, 23-26.
37. Kraulis, J. J. Appl. Cryst. 1991, 24, 946-950. Merritt, E. A.; Bacon, D. J. Methods Enzymol. 1997, 277, 505-524.
38. Kraulis, J. J. Appl. Cryst. 1991, 24, 946-950. Merritt, E. A.; Bacon, D. J. Methods Enzymol. 1997, 277, 505-524.