A combined solid-state NMR and MD characterization of the stability and dynamics of the HET-s(218-289) prion in its amyloid conformation

ChemBioChem

Volumn 10, Issue 10, 2009, Pages 1657-1665

  Lange, Adam ^a   Gattin, Zrinka ^a   Van Melckebeke, Hélène ^a   Wasmer, Christian ^a   Soragni, Alice ^a   van Gunsteren, Wilfred F ^a   Meier, Beat H ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Amyloid fibrils; Molecular dynamics; Prions solid state structures

Indexed keywords

AMYLOID PROTEIN; PRION PROTEIN;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; CONTROLLED STUDY; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE; SIMULATION; SOLID STATE; TEMPERATURE SENSITIVITY; THERMOSTABILITY;

AMYLOID; COMPUTER SIMULATION; FUNGAL PROTEINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PEPTIDES; PRIONS; RECOMBINANT PROTEINS;

EID: 70349560022     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200900019     Document Type: Article

References (47)

1. S. B. Prusiner, Science 1982, 216, 136-144.
2. G. A. H. Wells, A. C. Scott, C. T. Johnson, R. F. Gunning, R. D. Hancock, M. Jeffrey, M. Dawson, R. Bradley, Vet. Rec. 1987, 121, 419-420.
3. R. G. Will, J. W. Ironside, M. Zeidler, S. N. Cousens, K. Estibeiro, A. Alperovitch, S. Poser, M. Pocchiari, A. Hofman, P. G. Smith, Lancet 1996, 347, 921-925.
4. A. Lange, B. Meier, Comptes Rendus Chimie. 2008, 11, 332-339.
5. S. J. Saupe, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000, 64, 489-502.
6. A. Balguerie, S. Dos Reis, C. Ritter, S. Chaignepain, B. Coulary-Salin, V. Forge, K. Bathany, I. Lascu, J. M. Schmitter, R. Riek, S. J. Saupe, EMBO J. 2003, 22, 2071-2081.
7. C. Ritter, M. L. Maddelein, A. B. Siemer, T. Lfhrs, M. Ernst, B. H. Meier, S. J. Saupe, R. Riek, Nature 2005, 435, 844-848.
8. C. Wasmer, A. Lange, H. Van Melckebeke, A. B. Siemer, R. Riek, B. H. Meier, Science 2008, 319, 1523-1526.
9. F. Castellani, B. van Rossum, A. Diehl, M. Schubert, K. Rehbein, H. Oschkinat, Nature 2002, 420, 98-102.
10. A. Lange, S. Becker, K. Seidel, K. Giller, O. Pongs, M. Baldus, Angew. Chem. 2005, 117, 2125-2129;
11. A. Lange, S. Becker, K. Seidel, K. Giller, O. Pongs, M. Baldus, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 2089-2092.
12. A. B. Siemer, C. Ritter, M. Ernst, R. Riek, B. H. Meier, Angew. Chem. 2005, 117, 2494-2497;
13. A. B. Siemer, C. Ritter, M. Ernst, R. Riek, B. H. Meier, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 2441-2444.
14. A. B. Siemer, A. A. Arnold, C. Ritter, T. Westfeld, M. Ernst, R. Riek, B. H. Meier, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13224-13228.
15. O. C. Andronesi, M. von Bergen, J. Biernat, K. Seidel, C. Griesinger, E. Mandelkow, M. Baldus, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5922-5928.
16. H. Heise, W. Hoyer, S. Becker, O. C. Andronesi, D. Riedel, M. Baldus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 15871-15876.
17. J. J. Helmus, K. Surewicz, P. S. Nadaud, W. K. Surewicz, C. P. Jaroniec, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 6284-6289.
18. W. F. van Gunsteren, D. Bakowies, R. Baron, I. Chandrasekhar, M. Christen, X. Daura, P. Gee, D. P. Geerke, A. Glgttli, P. H. Hünenberger, M. A. Kastenholz, C. Oostenbrink, M. Schenk, D. Trzesniak, N. F. A. van der Vegt, H. B. Yu, Angew. Chem. 2006, 118, 4168-4198;
19. W. F. van Gunsteren, D. Bakowies, R. Baron, I. Chandrasekhar, M. Christen, X. Daura, P. Gee, D. P. Geerke, A. Glgttli, P. H. Hünenberger, M. A. Kastenholz, C. Oostenbrink, M. Schenk, D. Trzesniak, N. F. A. van der Vegt, H. B. Yu, Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4064-4092.
20. N. V. Buchete, R. Tycko, G. Hummer, J. Mol. Biol. 2005, 353, 804-821.
21. M. Cecchini, R. Curcio, M. Pappalardo, R. Melki, A. Caflisch, J. Mol. Biol. 2006, 357, 1306-1321.
22. A. Huet, P. Derreumaux, Biophys. J. 2006, 91, 3829-3840.
23. B. Y. Ma, R. Nussinov, Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 445-452.
24. B. Tarus, J. E. Straub, D. Thirumalai, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16159-16168.
25. L. D. Schuler, X. Daura, W. F. van Gunsteren, J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205-1218.
26. O. C. Andronesi, S. Becker, K. Seidel, H. Heise, H. S. Young, M. Baldus, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12965-12974.
27. E. R. Henry, A. Szabo, J. Chem. Phys. 1985, 82, 4753-4761.
28. J. L. Lorieau, A. E. McDermott, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11505-11512.
29. K. Seidel, M. Etzkorn, L. Sonnenberg, C. Griesinger, A. Sebald, M. Baldus, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2436-2442.
30. A. J. Nederveen, A. Bonvin, J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 363-374.
31. P. I. W. de Bakker, P. H. Hünenberger, J. A. McCammon, J. Mol. Biol. 1999, 285, 1811-1830.
32. J. H. Missimer, M. O. Steinmetz, R. Baron, F. K. Winkler, R. A. Kammerer, X. Daura, W. F. van Gunsteren, Protein Sci. 2007, 16, 1349-1359.
33. M. Sackewitz, H. A. Scheidt, G. Lodderstedt, A. Schierhorn, E. Schwarz, D. Huster, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7172-7173.
34. A. Karshikoff, R. Ladenstein, Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 550-556.
35. S. Kumar, R. Nussinov, Cell. Mol. Life Sci. 2001, 58, 1216-1233.
36. A. B. Siemer, C. Ritter, M. O. Steinmetz, M. Ernst, R. Riek, B. H. Meier, J. Biomol. NMR 2006, 34, 75-87.
37. M. Baldus, A. T. Petkova, J. Herzfeld, R. G. Griffin, Mol. Phys. 1998, 95, 1197-1207.
38. B. M. Fung, A. K. Khitrin, K. Ermolaev, J. Magn. Reson. 2000, 142, 97-101.
39. B. Elena, A. Lesage, S. Steuernagel, A. Bockmann, L. Emsley, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17296-17302.
40. G. A. Morris, R. Freeman, J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 760-762.
41. E. H. Hardy, R. Verel, B. H. Meier, J. Magn. Reson. 2001, 148, 459-464.
42. J. L. Markley, A. Bax, Y. Arata, C. W. Hilbers, R. Kaptein, B. D. Sykes, P. E. Wright, K. Wfthrich, J. Biomol. NMR 1998, 12, 1-23.
43. M. Christen, P. H. Hünenberger, D. Bakowies, R. Baron, R. Bürgi, D. P. Geerke, T. N. Heinz, M. A. Kastenholz, V. Kräutler, C. Oostenbrink, C. Peter, D. Trzesniak, W. F. van Gunsteren, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1719-1751.
44. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, J. Hermans in Interaction Models for Water in Relation to Protein Hydration (Ed.: B. Pullman), Reidel, Dordrecht, 1981, pp. 331-342.
45. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. Dinola, J. R. Haak, J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
46. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
47. I. G. Tironi, R. Sperb, P. E. Smith, W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459.