SoftWAXS: A computational tool for modeling wide-angle X-ray solution scattering from biomolecules

Journal of Applied Crystallography

Volumn 42, Issue 5, 2009, Pages 932-943

  Bardhan, Jaydeep ^a,b   Park, Sanghyun ^a   Makowski, Lee ^a  

^a ARGONNE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b RUSH UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Computer programs; Proteins; Small angle X ray scattering (SAXS); SoftWAXS; Wide angle X ray scattering (WAXS)

Indexed keywords

EID: 70349331045     PISSN: 00218898     EISSN: 16005767     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0021889809032919     Document Type: Article

References (67)

1. Altman, M. D., Bardhan, J. P., White, J. K. & Tidor, B. (2009). J. Comput. Chem. 30, 132-153.
2. Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T. N., Weissig, H., Shindyalov, I. N. & Bourne, P. E. (2000). Nucleic Acids Res. 28, 235-242.
3. Brooks, B. R., Bruccoleri, R. E., Olafson, B. D., States, D. J., Swaminathan, S. & Karplus, M. (1983). J. Comput. Chem. 4, 187-217.
4. Cammarata, M., Levantino, M., Schotte, F., Anfinrud, P. A., Ewald, F., Choi, J., Cupane, A., Wulff, M. & Ihee, H. (2008). Nat. Methods, 5, 881-887.
5. Chacó n, P., Morán, F., Díaz, J. F., Pantos, E. & Andreu, J. M. (1998). Biophys. J. 74 2760-2775.
6. Connolly, M. L. (1983). J. Appl. Cryst. 16, 548-558.
7. Diamond, R. (1974). J. Mol. Biol. 82, 371-391.
8. Doniach, S. (2001). Chem. Rev. 101, 1763-1778.
9. Dunker, A. K. et al. (2001). J. Mol. Graph. Model. 19, 26-59.
10. Durchschlag, H., Zipper, P., Wilfing, R. & Purr, G. (1991). J. Appl. Cryst. 24, 822-831.
11. Dyson, H. J. & Wright, P. E. (2005). Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6, 197-208.
12. Fischetti, R. F., Rodi, D. J., Gore, D. B. & Makowski, L. (2004). Chem. Biol. 11, 1-20.
13. Fischetti, R. F., Rodi, D. J., Mirza, A., Irving, T. C., Kondrashkina, E. & Makowski, L. (2003). J. Synchrotron Rad. 10, 398-404.
14. Förster, F., Webb, B., Krukenberg, K. A., Tsuruta, H., Agard, D. A. & Sali, A. (2008). J. Mol. Biol. 382, 1089-1106.
15. Fraser, R. D. B., MacRae, T. P. & Suzuki, E. (1978). J. Appl. Cryst. 11, 693-694.
16. Gorba, C., Miyashita, O. & Tama, F. (2008). Biophys. J. 94, 1589-1599.
17. Head-Gordon, T. & Hura, G. (2002). Chem. Rev. 102, 2651-2670.
18. Hiragi, Y., Sano, Y. & Matsumoto, T. (2003). J. Synchrotron Rad. 10, 193-196.
19. Hirai, M., Arai, S. & Iwase, H. (1999). J. Phys. Chem. B, 103, 549-556.
20. Hirai, M., Iwase, H., Hayakawa, T., Miura, K. & Inoue, K. (2002). J. Synchrotron Rad. 9, 202-205.
21. Humphrey, W., Dalke, A. & Schulten, K. (1996). J. Mol. Graph. 14, 33-38.
22. Huxley, H. E., Faruqi, A. R., Bordas, J., Koch, M. H. J. & Milch, J. R. (1980). Nature (London), 284, 140-143.
23. Ichiyanagi, K., Sato, T., Nozawa, S., Kim, K. H., Lee, J. H., Choi, J., Tomita, A., Ichikawa, H., Adachi, S., Ihee, H. & Koshihara, S. (2009). J. Synchrotron Rad. 16, 391-394.
24. Ihee, H. (2009). Acc. Chem. Res. 42, 356-366.
25. Kim, S. J., Dumont, C. & Gruebele, M. (2008). Biophys. J. 94, 4924-4931.
26. Koch, M. H. J., Vachette, P. & Svergun, D. I. (2003). Q. Rev. Biophys. 36 , 147-227.
27. Kojima, M., Timchenko, A. A., Higo, J., Ito, K., Kihara, H. & Takahashi, K. (2004). J. Appl. Cryst. 37, 103-109.
28. Konarev, P. V., Volkov, V. V., Sokolova, A. V., Koch, M. H. J. & Svergun, D. I. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 1277-1282.
29. Krack, M., Gambirasio, A. & Parrinello, M. (2002). J. Chem. Phys. 117, 9409-9412.
30. Lattman, E. E. (1989). Proteins, 5, 149-155.
31. Lee, B. & Richards, F. M. (1971). J. Mol. Biol. 55, 379-400.
32. Luzzati, V. & Tardieu, A. (1980). Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 9, 1-29.
33. MacKerell, A. D. Jr et al. (1998). J. Phys. Chem. B, 102, 3586-3616.
34. Makowski, L., Rodi, D. J., Mandava, S., Devarapalli, S. & Fischetti, R. F. (2008). J. Mol. Biol. 383, 731-744.
35. Makowski, L., Rodi, D. J., Mandava, S., Minh, D. D. L., Gore, D. B. & Fischetti, R. F. (2008). J. Mol. Biol. 375, 529-546.
36. Merzel, F., Fontaine-Vive, F. & Johnson, M. R. (2007). Comput. Phys. Commun. 177, 530-538.
37. Merzel, F. & Smith, J. C. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 5378-5383.
38. O'Donnell, J. L., Zuo, X., Goshe, A. J., Sarkisov, L., Snurr, R. Q., Hupp, J. T. & Tiede, D. M. (2007). J. Am. Chem. Soc. 129, 1578-1585.
39. Park, S., Bardhan, J. P., Roux, B. & Makowski, L. (2009). J. Chem. Phys. 130, 134114.
40. Pavlov, Yu. M. & Fedorov, B. A. (1983). Biopolymers, 22, 1507-1522.
41. Plaxco, K. W., Millett, I. S., Segel, D. J., Doniach, S. & Baker, D. (1999). Nat. Struct. Biol. 6, 554-556.
42. Putnam, C. D., Hammel, M., Hura, G. L. & Tainer, J. A. (2007). Q. Rev. Biophys. 40, 191-285.
43. Richards, F. M. (1977). Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 6, 151-176.
44. Rodi, D. J., Mandava, S., Gore, D. B., Makowski, L. & Fischetti, R. F. (2007). J. Biomol. Screen. 12, 994-998.
45. Sanner, M. F. (1996). Molecular Surfaces Computation, http:// www.scripps.edu/~sanner/html/msms-home.html.
46. Sanner, M. F., Olson, A. J. & Spehner, J. C. (1996). Biopolymers, 38, 305-320.
47. Segel, D. J., Bachmann, A., Hofrichter, J., Hodgson, K. O., Doniach, S. & Kiefhaber, T. (1999). J. Mol. Biol. 288, 489-499.
48. Seki, Y., Tomizawa, T., Khechinashvili, N. N. & Soda, K. (2002). Biophys. Chem. 95, 235-252.
49. Semenyuk, A. V. & Svergun, D. I. (1991). J. Appl. Cryst. 24, 537-540.
50. Sharp, K. A. & Honig, B. (1990). Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 19 , 301-332.
51. Soda, K., Miki, Y., Nishizawa, T. & Seki, Y. (1997). Biophys. Chem. 65 , 45-53.
52. Sokolova, A. V., Volkov, V. V. & Svergun, D. I. (2003). J. Appl. Cryst. 36 , 865-868.
53. Sorenson, J. M., Hura, G., Glaeser, R. M. & Head-Gordon, T. (2000). J. Chem. Phys. 113, 9149-9161.
54. Svergun, D. I. (1992). J. Appl. Cryst. 25, 495-503.
55. Svergun, D., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1995). J. Appl. Cryst. 28, 768-773.
56. Svergun, D. I., Petoukhov, M. V. & Koch, M. H. J. (2001). Biophys. J. 80 , 2946-2953.
57. Svergun, D. I., Volkov, V. V., Kozin, M. B., Stuhrmann, H. B., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1997). J. Appl. Cryst. 30, 798-802.
58. Tiede, D. M., Zhang, R. & Seifert, S. (2002). Biochemistry, 41, 6605-6614.
59. Tsutakawa, S. E., Hura, G. L., Frankel, K. A., Cooper, P. K. & Tainer, J. A. (2007). J. Struct. Biol. 158, 214-223.
60. Vachette, P., Koch, M. H. J. & Svergun, D. I. (2003). Methods Enzymol. 374, 584-615.
61. Walther, D., Cohen, F. E. & Doniach, S. (2000). J. Appl. Cryst. 33, 350-363.
62. Weiss, T. M., Narayanan, T., Gradzielski, M. C. W., Panine, P., Finet, S. & Helby, W. I. (2005). Phys. Rev. Lett. 94, 038303.
63. Williamson, T. E., Craig, B. A., Kondrashkina, E., Bailey-Kellogg, C. & Friedman, A. M. (2008). Biophys. J. 94, 4906-4923.
64. Wriggers, W. & Chacó n, P. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 773-776.
65. Zhang, R., Thiyagarajan, P. & Tiede, D. M. (2000). J. Appl. Cryst. 33, 565-568.
66. Zheng, W. & Doniach, S. (2005). Protein Eng. Des. Sel. 18, 209-219.
67. Zhou, J., Deyhim, A., Krueger, S. & Gregurick, S. K. (2005). Comput. Phys. Commun. 170, 186-204.