Structures of HIV TAR RNA-ligand complexes reveal higher binding stoichiometries

ChemBioChem

Volumn 10, Issue 9, 2009, Pages 1490-1494

  Ferner, Jan ^a   Suhartono, Marcel ^a   Breitung, Sven ^a   Jonker, Hendrik R A ^a   Hennig, Mirko ^b   Wöhnert, Jens ^a   Göbel, Michael ^a   Schwalbe, Harald ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

^b MEDICAL UNIVERSITY OF SOUTH CAROLINA   (United States)

Author keywords

HIV TAR ligands; NMR spectroscopy; Peptides; RNA; RNA structures

Indexed keywords

TRANSACTIVATOR PROTEIN;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 2; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; IC 50; LIGAND BINDING; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; RNA CONFORMATION; RNA STRUCTURE; STOICHIOMETRY; STRUCTURE ANALYSIS; TRANSACTIVATION;

BINDING SITES; HIV LONG TERMINAL REPEAT; LIGANDS; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PEPTIDES; RNA, VIRAL;

EID: 69249234617     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200900220     Document Type: Article

References (55)

1. a) H. Schwalbe, M. W. Göbel, G. Wess, ChemBioChem 2003, 4, 915-917
2. b) J. R. Thomas, P. J. Hergenrother, Chem. Rev. 2008, 108, 1171-1224.
3. a) B. Berkhout, R. H. Silverman, K. T. Jeang, Cell 1989, 59, 273-282
4. b) J. Karn, J. Mol. Biol. 1999, 293, 235-254.
5. a) K. T. Dayie, A. S. Brodsky, J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 2002, 317, 263-278
6. b) Q. Zhang, A. C. Stelzer, C. K. Fischer, H. M. Al-Hashimi, Nature 2007, 450, 1263-1267.
7. J. Tao, A. D. Frankel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 2723-2726.
8. J. D. Puglisi, R. Tan, B. J. Calnan, A. D. Frankel, J. R. Williamson, Science 1992, 257, 76-80.
9. A. S. Brodsky, H. A. Erlacher, J. R. Williamson, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1991-1995.
10. A. S. Brodsky, J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 1997, 267, 624-639.
11. a) K. M. Weeks, D. M. Crothers, Cell 1991, 66, 577-588
12. b) M. J. Churcher, C. Lamont, F. Hamy, C. Dingwall, S. M. Green, A. D. Lowe, P. J. G. Butler, M. J. Gait, J. Karn, J. Mol. Biol. 1993, 230, 90-110
13. c) Z. Athanassiou, R. L. A. Dias, K. Moehle, N. Dobson, G. Varani, J. A. Robinson, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6906-6913.
14. a) L. Dassonneville, F. Hamy, P. Colson, C. Houssier, C. Bailly, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4487-4492
15. b) N. Gelus, F. Hamy, C. Bailly, Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 1075-1079
16. c) K. E. Lind, Z. Du, K. Fujinaga, B. M. Peterlin, T. L. James, Chem. Biol. 2002, 9, 185-193
17. d) B. Davis, J. Mol. Biol. 2004, 336, 343-356
18. e) A. I. H. Murchie, J. Mol. Biol. 2004, 336, 625-638.
19. A. Lapidot, E. Ben-Asher, M. Eisenstein, FEBS Lett. 1995, 367, 33-38.
20. a) C. Faber, H. Sticht, K. Schweimer, P. Rösch, J. Biol. Chem. 2000, 275, 20660-20666
21. b) D. Raghunathan, V. M. Sánchez-Pedregal, J. Junker, C. Schwiegk, M. Kalesse, A. Kirschning, T. Carlomagno, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3599-3608.
22. a) J. A. Ippolito, T. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 9819-9824
23. b) T. E. Edwards, S. T. Sigurdsson, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 303, 721-725.
24. M. Zacharias, P. J. Hagerman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 6052-6056.
25. Q. Zhang, X. Sun, E. D. Watt, H. M. Al-Hashimi, Science 2006, 311, 653-656.
26. F. Aboul-ela, J. Karn, G. Varani, J. Mol. Biol. 1995, 253, 313-332.
27. a) A. Krebs, V. Ludwig, J. Pfizer, G. Dürner, M. W. Göbel, Chem. Eur. J. 2004, 10, 544-553
28. b) V. Ludwig, A. Krebs, M. Stoll, U. Dietrich, J. Ferner, H. Schwalbe, U. Scheffer, G. Dürner, M. W. Göbel, ChemBioChem 2007, 8, 1850-1856.
29. N. Morgner, H.-D. Barth, B. Brutschy, U. Scheffer, S. Breitung, M. W. Göbel, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1600-1611.
30. a) E. Duchardt, H. Schwalbe, J. Biomol. NMR 2005, 32, 295-308
31. b) J. Ferner, A. Villa, E. Duchardt, E. Widjajakusuma, J. Wöhnert, G. Stock, H. Schwalbe, Nucleic Acids Res. 2008, 36, 1928-1940.
32. M. F. Bardaro Jr, Z. Shajani, K. Patora-Komisarska, J. A. Robinson, G. Varani, Nucleic Acids Res. 2009, 37, 1529-1540.
33. a) M. Mrksich, W. S. Wade, T. J. Dwyer, B. H. Geierstanger, D. E. Wemmer, P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 7586-7590
34. b) B. H. Geierstanger, J. P. Jacobsen, M. Mrksich, P. B. Dervan, D. E. Wemmer, Biochemistry 1994, 33, 3055-3062.
35. S. B. Shuker, P. J. Hajduk, R. P. Meadows, S. W. Fesik, Science 1996, 274, 1531-1534.
36. V. Sklenar, R. D. Peterson, M. R. Rejante, J. Feigon, J. Biomol. NMR 1994, 4, 117-122.
37. a) A. J. Dingley, S. Grzesiek, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293-8297
38. b) K. Pervushin, A. Ono, C. Fernandez, T. Szyperski, M. Kainosho, K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 14147-14151.
39. J. Wöhnert, A. J. Dingley, M. Stoldt, M. Görlach, S. Grzesiek, L. R. Brown, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3104-3110.
40. V. Sklenar, R. D. Peterson, M. R. Rejante, J. Feigon, J. Biomol. NMR 1993, 3, 721-727.
41. A. Pardi, E. P. Nikonowicz, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9202-9203.
42. a) H. Schwalbe, J. P. Marino, S. J. Glaser, C. Griesinger, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7251-7252
43. b) J. P. Marino, H. Schwalbe, S. J. Glaser, C. Griesinger, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4388-4395
44. c) S. J. Glaser, H. Schwalbe, J. P. Marino, C. Griesinger, J. Magn. Reson. Ser. B 1996, 112, 160-180.
45. L. Mueller, P. Legault, A. Pardi, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11043-11048.
46. a) G. Varani, I. Tinoco, Jr., Q. Rev. Biophys. 1991, 24, 479-532
47. b) K. Wüthrich, NMR of Proteins and Nucleic Acids, Wiley, New York, 1986.
48. a) F. Tian, H. M. Al-Hashimi, J. L. Craighead, J. H. Prestegard, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 485-492
49. b) M. Ottiger, F. Delaglio, A. Bax, J. Magn. Reson. 1998, 131, 373-378.
50. A. T. Brünger, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1998, 54, 905-921.
51. J. P. Linge, S. I. O'Donoghue, M. Nilges, Methods Enzymol. 2001, 339, 71-90.
52. a) W. L. Jorgensen, J. Tirado Rives, J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666
53. b) J. Pranata, S. G. Wierschke, W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810-2819.
54. a) C. Dominguez, R. Boelens, A. M. J. J. Bonvin, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1731-1737
55. b) S. J. de Vries, A. D. J. van Dijk, M. Krzeminski, M. van Dijk, A. Thureau, V. Hsu, T. Wassenaar, A. M. J. J. Bonvin, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2007, 69, 726-733.