Acceleration of the Z to e photoisomerization of penta-2,4-dieniminium by hydrogen out-of-plane motion: Theoretical study on a model system of retinal protonated Schiff base

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 30, 2009, Pages 6406-6414

  Sumita, Masato ^a   Ryazantsev, Mikhail N ^b   Saito, Kazuya ^a  

^a UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

^b BOWLING GREEN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN; RETINAL; RHODOPSIN; SCHIFF BASE;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; METHODOLOGY; MOTION; PHOTOCHEMISTRY; RAMAN SPECTROMETRY;

COMPUTER SIMULATION; HYDROGEN; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR STRUCTURE; MOTION; PHOTOCHEMISTRY; RETINALDEHYDE; RHODOPSIN; SCHIFF BASES; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN;

EID: 68849129416     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b900882a     Document Type: Article

References (49)

1. J. Lugtenburg, R. Mathies, in Handbook of Biological Physics, ed., D. G. Stavenga, W. J. Grip, and, E. N. Pugh, Elsevier, Amsterdam, 2000, vol. 3, p. 55
2. H. Kandori Y. Shichida T. Yoshizawa Biochemistry (Moscow) 2002 66 1483
3. R. S. Becker K. Freedman J. Am. Chem. Soc. 1985 107 1477
4. Y. Koyama K. Kubo M. Komori H. Yasuda Y. Mukai Photochem. Photobiol. 1991 54 433
5. R. Mathies R. B. Freedman L. Stryer J. Mol. Biol. 1977 109 367
6. S. W. Lin M. Groesbeek I. van der Hoef P. Verdegem J. Lugtenbureg R. A. Mathies J. Phys. Chem. B 1998 102 2787
7. T. Kakitani R. Akiyama Y. Hatano Y. Imamoto Y. Shichida P. Verdegem J. Lugtenburg J. Phys. Chem. B 1998 102 1334
8. P. Kukura D. W. McCamant S. Yoon D. B. Wandschneider R. A. Mathies Science 2005 310 1006
9. O. Weingart Chem. Phys. 2008 349 348
10. L. M. Frutos T. Andruniów F. Santoro N. Ferré M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 7764
11. H. Nakano J. Chem. Phys. 1993 99 7983
12. B. O. Roos P. R. Taylor P. E. M. Siegbahn Chem. Phys. 1980 48 157
13. B. O. Roos, The Multiconfigurational Self-Consistent Field Theory, in Lecture Notes in Quantum Chemistry (European Summer School in Quantum Chemistry), ed., B. O. Roos, Springer-Verlag, Berlin, 1992, p. 177
14. M. Garavelli P. Celani F. Bernardi M. A. Robb M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 1997 119 6891
15. M. Garavelli F. Bernardi M. A. Robb M. Olivucci J. Mol. Struct.: Theochem. 1999 463 59
16. M. Garavelli F. Bernardi P. Celani M. A. Robb M. Olivucci J. Photochem. Photobiol., A 1998 114 109
17. M. Garavelli F. Bernardi M. Olivucci T. Vreven K. Stephane P. Celani M. A. Robb Faraday Discuss 1998 110 51
18. A. Migani M. A. Robb M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2804
19. O. Weingart A. Migani M. Olivucci M. A. Robb V. Buss P. Hunt J. Phys. Chem. A 2004 108 4685
20. S. Fantacci A. Migani M. Olivucci J. Phys. Chem. A 2004 108 1208
21. M. Garavelli T. Vreven P. Celani F. Bernardi M. A. Robb J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1285
22. R. González-Luque M. Gravelli F. Bernardi M. Merchan M. A. Robb M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9379
23. A. Cembran R. González-Luque L. Serrano-Andrés M. Merchán M. Garavelli Theor. Chem. Acc. 2007 118 173
24. N. Ferré M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6868
25. T. Andruniów N. Ferré M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17908
26. A. Cembran R. González-Luque P. Altoè M. Merchán F. Bernardi M. Olivucci M. Gravelli J. Phys. Chem. A 2005 109 6597
27. A. Cembran F. Bernardi M. Olivucci M. Garavelli Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6255
28. R. Send D. Sundholm J. Phys. Chem. A 2007 111 8766
29. M. Sumita K. Saito J. Phys. Chem. A 2006 110 12276
30. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision D.02), Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2004
31. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. H. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. J. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery J. Comput. Chem. 1993 14 1347
32. A. Migani and M. Olivucci, Conical Intersection and Organic Reaction mechanisms, in Conical Intersections: Electronic Structure, Dynamics & Spectroscopy; Advance Series in Physical Chemistry Vol. 15, ed., W. Domcke, D. R. Yarkony, and, H. Köppel, World Scientific, Singapore, 2004, p. 271
33. F. Bernardi M. Olivucci M. A. Robb Chem. Soc. Rev. 1996 25 321
34. D. R. Yarkony, Conical Intersection: Their Description and Consequences, in Conical Intersections: Electronic Structure, Dynamics & Spectroscopy; Advance Series in Physical Chemistry Vol. 15, ed., W. Domcke, D. R. Yarkony, and, H. Köppel, World Scientific, Singapore, 2004, p. 41
35. O. Takahashi M. Sumita J. Chem. Phys. 2004 121 7030
36. O. Takahashi M. Sumita J. Mol. Struct. Theochem. 2005 731 173
37. M. Sumita K. Saito J. Chem. Theory Comput. 2008 4 42
38. K. Andresson and B. O. Roos, Multiconfigurational second-order perturbation theory, in Modern Electronic Structure Theory Part I; Advance Series in Physical Chemistry Vol. 2, ed., D. R. Yarkony, World Scientific, Singapore, 1995, p. 55
39. M. Yan L. Rothberg R. Callender J. Phys. Chem. B 2001 105 856
40. H. Kandori Y. Furutani S. Nishimura Y. Shichida H. Chosrowjan Y. Shibata N. Mataga Chem. Phys. Lett. 2001 334 271
41. M. Olivucci A. Lami. F. Santoro Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 5118
42. F. Santoro A. Lami M. Olivucci Theor. Chem. Acc. 2007 117 1061
43. C. Gonzalez H. B. Schlegel J. Phys. Chem. 1990 94 5523
44. K. C. Hasson F. Gai P. A. Anfinrud Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 15124
45. M. Sumita K. Satio Chem. Phys. Lett. 2006 424 374
46. I. Conti M. Garavelli J. Photochem. Photobiol., A 2007 190 258
47. L. D. Vico C. S. Page M. Garavelli F. Bernardi R. Basosi M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 2002 124 4124
48. A. G. Doukas M. R. Junnarker R. R. Alfano R. H. Callender T. Kakitani B. Honig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1984 81 4790
49. G. G. Kochendoerfer R. A. Mathies J. Phys. Chem. 1996 100 14526