Chemical detail force fields for mesogenic molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 7, 2009, Pages 1865-1876

  Cacelli, Ivo ^a   Cimoli, Antonella ^a   De Gaetani, Luca ^a   Prampolini, Giacomo ^a   Tani, Alessandro ^a  

^a UNIVERSITY OF PISA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 67849101067     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900002p     Document Type: Article

References (55)

1. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon: Oxford, 1987.
2. Frenkel, D.; Smith, B. Understanding Molecular Simulations; Academic Press: San Diego, 1996.
3. AdVances in the Computer Simulations of Liquid Crystals NATO ASI series; Pasini, P., Zannoni, C., Eds.; Kluwer: Dordrecht, 2000.
4. Kremer, K. Macromol. Chem. Phys. 2003, 204, 257.
5. Computer Simulations of Liquid Crystals and Polymers NATO ASI series; Pasini, P., Zannoni, C., Zumer, S., Eds.; Kluwer: Dordrecht, 2005.
6. Care, C. M.; Cleaver, D. J. Rep. Prog. Phys. 2005, 68, 2665.
7. Amovilli, A.; Cacelli, I.; Cinacchi, G.; De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. Theor. Chim. Acc. 2007, 117, 885.
8. Maple, J. R.; Dinur, U.; Hagler, A. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 5350.
9. Dasgupta, S.; Yamasaki, T.; Goddard, W. A., III J. Chem. Phys. 1996, 104, 2898.
10. Palmo, K.; Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Biopolymers 2003, 68, 383.
11. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Stockfish, T. P.; Dinur, U.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1994, 15, 162.
12. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490.
13. Yang, L.; Tan, C.; Hsieh, M.; Wang, J.; Duan, Y.; Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollmann, P. A.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13166.
14. Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
15. Bockmann, M.; Peter, C.; Delle Site, L.; Doltsinis, N.; Kremer, K.; Marx, D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1789.
16. Cacelli, I.; Prampolini, G. JOYCE is free software, available under the terms of the GNU License at http://tglc.dcci.unipi.it/ Pisa (Italy) 2007.
17. Cacelli, I.; Lami, C.; Prampolini, G. J. Comput. Chem. 2009, 30, 366.
18. Wang, L.; Sadus, R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 074503.
19. Tiberio, G.; Muccioli, L.; Berardi, R.; Zannoni, C. Chem Phys Chem 2009, 10, 125.
20. Cacelli, I.; Cinacchi, G.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14278.
21. Jorgensen, W. L.; Severance, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4768.
22. Amovilli, C.; Cacelli, I.; Campanile, S.; Prampolini, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 3003.
23. Cacelli, I.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3531.
24. Cifelli, M.; De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9777.
25. Cifelli, M.; Cinacchi, G.; De Gaetani, L. J. Chem. Phys. 2006, 125, 164912.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
27. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
28. Cacelli, I.; Prampolini, G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1803.
29. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
30. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18790.
31. Hobza, P.; Zahradník, R.; Müller-Dethlefs, K. Collect. Czech. Chem. Commun. 2006, 71, 443.
32. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 104.
33. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10656.
34. Cacelli, I.; Cinacchi, G.; Geloni, C.; Prampolini, G.; Tani, A. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 2003, 395, 171.
35. Bizzarri, M.; Cacelli, I.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10336.
36. Prampolini, G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 556.
37. Paschen, D.; Geiger, A. MOSCITO 3.9; Department of Physical Chemistry, University of Dortmund: 2000.
38. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 55, 3336.
39. Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
40. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, A.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
41. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gusteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
42. Bates, M. A.; Luckhurst, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7087.
43. Hansen, J. P.; McDonald, I. R. Theory of Simple Liquids; Academic Press: New York, 1986.
44. Cinacchi, G.; Prampolini, G. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5228.
45. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746.
46. Cimoli, A. Tesi di Laurea; Università di Pisa, Pisa (Italy), 2007.
47. Cacelli, I.; De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 2007, 465, 175.
48. Cacelli, I.; De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2130.
49. Jorgensen, W.; Laird, E.; Nguyen, T.; Tirado-Rives, J. J. Comput. Chem. 1993, 14, 206.
50. Jagadeesh, B.; Prabhakar, A.; Rao, M. H. V. R.; Murty, C. V. S.; Pisipati, V. G. K. M.; Kunwar, A. C.; Bowers, C. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 11272.
51. Pape, E. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 1984, 102, 271.
52. Götze, W.; Sjögren, L. Rep. Prog. Phys. 1992, 55, 241.
53. De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7473.
54. De Gaetani, L.; Prampolini, G.; Tani, A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 194501.
55. Hansen, J. P.; McDonald, I. R. Theory of Simple Liquids; Academic Press: New York, 1986.