Analysis of energy stabilization inside the hydrophobic core of rubredoxin

ChemPhysChem

Volumn 10, Issue 3, 2009, Pages 543-548

  Berka, Karel ^a   Hobza, Pavel ^a,b   Vondrášek, Jiří ^a,c  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

^c INSTITUTE OF BIOTECHNOLOGY   (Czech Republic)

Author keywords

Ab initio calculations; Energy stabilization; Hydrophobic effect; Proteins; Symmetry adapted perturbation theory

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCULATIONS; DISPERSIONS; ELECTROSTATICS; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; IONS; MOLECULAR PHYSICS; PERTURBATION TECHNIQUES; STABILIZATION; VAN DER WAALS FORCES;

AB INITIO CALCULATIONS; ENERGY STABILIZATION; HYDROPHOBIC EFFECT; NON-COVALENT INTERACTION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURES; SECOND-ORDER DISPERSION; SYMMETRY ADAPTED PERTURBATION THEORY;

PROTEINS;

EID: 60849108335     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200800401     Document Type: Article

References (39)

1. V. I. Abkevich, A. M. Gutin, E. I. Shakhnovich, Biochemistry 1994, 33, 10026-10036.
2. S. Parthasarathy, M. R. Murthy, Protein Sci. 1997, 6, 2561-2567.
3. K. Muller-Dethlefs, P. Hobza, Chem. Rev. 2000, 100, 143-168.
4. J. Vondrášek, L. Bendova, V. Klusak, P. Hobza, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615-2619.
5. K. E. Riley, K. M. Merz, Jr., J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15650-15653.
6. B. Honig, J. Mol. Biol. 1999, 293, 283-293.
7. B. Honig, A. S. Yang, Adv. Protein Chem. 1995, 46, 27-58.
8. B. H. Honig, Abstr. Papers Am. Chem. Soc. 1993, 206, 97-PHYS.
9. M. Roca, B. Messer, A. Warshel, FEBS Lett. 2007, 581, 2065-2071.
10. J. Meyer, J. Gagnon, L. C. Sieker, D. A. Van, J. M. Moulis, Biochem. J. 1990, 271, 839-841.
11. M. W. Day, B. T. Hsu, L. Joshua-Tor, J. B. Park, Z. H. Zhou, M. W. Adams, D. C. Rees, Protein Sci. 1992, 1, 1494-1507.
12. E. R. Zartler, F. E. Jenney, Jr., M. Terrell, M. K. Eidsness, M. W. Adams, J. H. Prestegard, Biochemistry 2001, 40, 7279-7290.
13. K. A. Richie, Q. Teng, C. J. Elkin, D. M. Kurtz, Jr., Protein Sci. 1996, 5, 883-894.
14. J. Vondrášek, T. Kubar, F. E. Jenney, M. W. W. Adams, M. Kozisek, J. Cerny, V. Sklenar, P. Hobza, Chem. Eur. J. 2007, 13, 9022-9027.
15. K. Kitaura, K. Morokuma, Int. J. Quantum Chem. 1976, 10, 325-340.
16. P. Jurečka, J. Cerny, P. Hobza, D. R. Salahub, J. Comput. Chem. 2007, 28, 555-569.
17. S. Grimme, J Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799.
18. M. Schütz, G. Rauhut, H. J. Werner, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5997-6003.
19. B. Jeziorski, R. Moszynski, K. Szalewicz, Chem. Rev. 1994, 94, 1887-1930.
20. A. Hesselmann, G. Jansen, M. Schutz, J. Chem. Phys. 2005, 122, 14103.
21. A. Hesselmann, G. Jansen, Chem. Phys. Lett. 2002, 362, 319-325.
22. A. Hesselmann, G. Jansen, Chem. Phys. Lett. 2002, 357, 464-470.
23. A. Hesselmann, G. Jansen, Chem. Phys. Lett. 2003, 367, 778.
24. A. Hesselmann, G. Jansen, Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 5010.
25. A. Misquitta, K. Szalewicz, Chem. Phys. Lett. 2002, 357, 301.
26. A. Misquitta, B. Jeziorski, K. Szalewicz, Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 033201.
27. R. Podeszwa, R. Bukowski, K. Szalewicz, J. Chem. Phys. 2006, 110, 10345.
28. PyMOL 0.99.rc6. 1-1-2002, W. L. DeLano, DeLano Scientific, Palo Alto, CA.
29. M. von Arnim, R. Ahlrichs, J. Chem. Phys. 1997, 111, 9183.
30. R. H. Higa, R. C. Togawa, A. J. Montagner, J. C. Palandrani, I. K. Okimoto, P. R. Kuser, M. E. Yamagishi, A. L. Mancini, G. Neshich, BMC Bioinformatics 2004, 5, 107.
31. MOLPRO [2006.1], H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, M. Schütz, P. Celani, T. Korona, G. Rauhut, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, Hetzer, G. A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, University College Cardiff Consultants Limited, 2007.
32. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr. T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03, Revision B.05, Gaussian, Inc. Wallingford, CT, 2004.
33. F. Weigend, M. Häser, Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331.
34. A. Halkier, T. Helgaker, P. Jorgensen, W. Klopper, H. Koch, J. Olsen, A. K. Wilson, Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252.
35. P. Jurecka, P. Hobza, Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89-94.
36. S. Bromberg, K. A. Dill, Protein Sci. 1994, 3, 997-1009.
37. J. D. Gu, J. Wang, J. Leszczynski, J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8017-8022.
38. R. D. Parra, S. Bulusu, X. C. Zeng, J. Chem. Phys. 2003, 118, 3499-3509.
39. K. E. Riley, J. Vondrasek, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5555-5560.