Performance of the DFT-D method, paired with the PCM implicit solvation model, for the computation of interaction energies of solvated complexes of biological interest

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 41, 2007, Pages 5555-5560

  Riley, Kevin E ^a   Vondrášek, Jiři ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; PROTEIN; RNA;

ALGORITHM; ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; ENERGY TRANSFER; EVALUATION; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; MACROMOLECULE; QUANTUM THEORY; SOLUBILITY; SOLUTION AND SOLUBILITY; SURFACE PROPERTY; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; DNA; ENERGY TRANSFER; HYDROGEN BONDING; HYDROPHOBICITY; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, CHEMICAL; PROTEINS; QUANTUM THEORY; RNA; SOLUBILITY; SOLUTIONS; SURFACE PROPERTIES; THERMODYNAMICS;

EID: 35448934962     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b708089a     Document Type: Article

References (44)

1. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555
2. E. R. Johnson G. a. Dilabio Chem. Phys. Lett. 2006 419 333
3. K. E. Riley K. M. Merz J. Chem. Theor. Comput. 2007 3 407
4. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theor. Comput. 2006 2 1009
5. E. R. Johnson R. A. Wolkow G. A. DiLabio Chem. Phys. Lett. 2004 394 334
6. J. Vondrasek L. Bendova V. Klusak P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2615
7. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theor. Comput. 2005 1 415
8. P. Hobza J. Sponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315
9. S. Kristyan P. Pulay Chem. Phys. Lett. 1994 229 175
10. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theor. Comput. 2007 3 289
11. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 491
12. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theor. Comput. 2006 2 364
13. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 10.1007/s00214-007-0310-x
14. J. Antony S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5287
15. A. D. Becke E. R. Johnson J. Chem. Phys. 2005 123 154101
16. A. D. Becke E. R. Johnson J. Chem. Phys. 2006 124 221101
17. J. Cerny P. Jurecka P. Hobza H. Valdes J. Phys. Chem. A 2007 111 1146
18. C. Gonzalez T. C. Allison E. C. Lim J. Phys. Chem. A 2001 105 10583
19. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463
20. E. R. Johnson A. D. Becke J. Chem. Phys. 2005 123 024101
21. E. R. Johnson A. D. Becke J. Chem. Phys. 2006 124 174104
22. E. R. Johnson A. D. Becke Chem. Phys. Lett. 2006 432 600
23. R. W. Williams D. Malhotra Chem. Phys. 2006 327 54
24. a. Bondi J. Phys. Chem. 1964 68 441
25. Q. Wu W. T. Yang J. Chem. Phys. 2002 116 515
26. K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 242 652
27. K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 283
28. K. Eichkorn F. Weigend O. Treutler R. Ahlrichs Theor. Chem. Acc. 1997 97 119
29. V. N. Staroverov G. E. Scuseria J. M. Tao J. P. Perdew J. Chem. Phys. 2003 119 12129
30. J. M. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401
31. B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 106 5151
32. C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Rev. 1999 99 2161
33. J. Tomasi R. Cammi B. Mennucci C. Cappelli S. Corni Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 5697
34. J. Tomasi M. Persico Chem. Rev. 1994 94 2027
35. J. J. Dwyer A. G. Gittis D. A. Karp E. E. Lattman D. S. Spencer W. E. Stites B. Garcia-Moreno Biophys. J. 2000 79 1610
36. S. Scheiner T. Kar J. Phys. Chem. B 2005 109 3681
37. T. Simonson D. Perahia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 1082
38. J. Tomasi B. Mennucci E. Cances J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999 464 211
39. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
40. K. E. Riley P. Hobza J. Phys. Chem. A 2007 111 8257 8263
41. K. E. Riley K. M. Merz J. Phys. Chem. B 2006 110 15650
42. K. E. Riley K. M. Merz J. Phys. Chem. A 2007 111 1688
43. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Chesseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Forseman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. AlLoham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, Wallingford, CT, 2003
44. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165