Adsorption of poly(rA) on the carbon nanotube surface and its hybridization with poly(rU)

ChemPhysChem

Volumn 9, Issue 14, 2008, Pages 2010-2018

  Karachevtsev, Victor A ^a   Gladchenko, Galyna O ^a   Karachevtsev, Maksym V ^a   Valeev, Vladimir A ^a   Leontiev, Victor S ^a   Lytvyn, Oksana S ^b  

^a B VERKIN INSTITUTE FOR LOW TEMPERATURE PHYSICS AND ENGINEERING   (Ukraine)

^b INSTITUTE OF SEMICONDUCTOR PHYSICS   (Ukraine)

Author keywords

Adsorption; Hybridization; Molecular dynamics; Nanotubes; Nucleic acids

Indexed keywords

ADSORPTION; MELTING; MOLECULAR DYNAMICS; NANOTUBES; NUCLEIC ACIDS; SUSPENSIONS (FLUIDS); TEMPERATURE DISTRIBUTION;

ADSORBED POLYMERS; AQUEOUS SUSPENSIONS; COMPUTER MODELING; HYBRIDIZATION; HYBRIDIZATION PROCESS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NANOTUBE SURFACE; TEMPERATURE DEPENDENCE;

SINGLE-WALLED CARBON NANOTUBES (SWCN);

EID: 54349096115     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200800182     Document Type: Article

References (58)

1. Nanomaterials for Biosensors (Ed.: C. S. S. R. Kumar), Wiley-VCH, Weinheim, 2007, p. 430.
2. K. Balasubramanian, M. Burghard, Anal. Bioanal. Chem. 2006, 385, 452-468.
3. H. Cai, X. N. Cao, Y. Jiang, P. He, Y. Fang, Anal. Bioanal. Chem. 2003, 375, 287-293.
4. J. Wang, Electroanalysis 2005, 17, 7-14.
5. N. Zhu, Z. Chang, P. G. He, Y. Fang, Anal. Chim. Acta 2005, 545, 21-26.
6. A. Erdem, P. Papakonstantinou, H. Murphy, Anal. Chem. 2006, 78, 6656-6659.
7. Y. Yang, Z. Wang, M. Yang, J. Li, F. Zheng, G. Shen, R. Yu, Anal. Chim. Acta 2007, 584, 268-274.
8. S. E. Baker, W. Cai, T. L. Lasseter, K. P. Weidkamp, R. J. Hamers, Nano Lett. 2002, 2, 1413-1417.
9. M. Hazani, R. Naaman, F. Hennrich, M. M. Kappes, Nano Lett. 2003, 3, 153-155.
10. E. S. Jeng, A. E. Moll, A. C. Roy, J. B. Gastala, M. S. Strano, Nano Lett. 2006, 6, 371-375.
11. R. J. Chen, Y. Zhang, J. Phys. Chem. B 2006, 110, 54-57.
12. E.-S. Hwang, C. Cao, S. Hong, H.-J. Jung, C.-Y. Cha, J.-B. Choi, Y.-J. Kim, S. Baik, Nanotechnology 2006, 17, 3442-3445.
13. A. Star, E. Tu, J. Niemann, J. P. Gabriel, C. S. Joiner, C. Valcke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 104, 921-926.
14. X. Tang, S. Bansaruntip, N. Nakayama, E. Yenilmez, Y.-L. Chang, Q. Wang, Nano Lett. 2006, 6, 1632-1636.
15. E.-L. Gui, L.-J. Li, P. S. Lee, A. Lohani, S. G. Mhaisalkar, Q. Cao, S. J. Kang, J. A. Rogers, N. C. Tansil, Z. Gao, Appl. Phys. Lett. 2006, 89, 232104.
16. C.-L. Feng, X. Zhong, M. Steinhart, A.-M. Caminade, J.-P. Majoral, W. Knoll, Adv. Mater. 2007, 19, 1933-1936.
17. M. J. O'Connell, P. Boul, L. M. Ericson, C. Huffman, Y. Wang, E. Haros, C. Kuper, J. Tour, K. D. Ausman, R. E. Smalley, Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 265-271.
18. M. Zheng, A. Jagota, E. Semke, B. Diner, R. Mclean, S. Lustig, R. Richardson, N. Tassi, Nat. Mater. 2003, 2, 338-342.
19. M. Zheng, A. Jagota, M. Strano, A. Santos, P. Barone, S. Chou, B. Diner, M. Dresselhaus, R. Mclean, G. Onoa, G. Samsonidze, E. Semke, M. Usrey, D. Walls, Science 2003, 302, 1545-1548.
20. K. Keren, R. S. Berman, E. Buchstab, U. Sivan, E. Braun, Science 2003, 302, 1380-1382.
21. B. Gigliotti, B. Sakizzie, D. S. Bethune, R. M. Shelby, J. N. Cha, Nano Lett. 2006, 6, 159-164.
22. Y. Chen, H. Liu, T. Ye, J. Kim, Ch. Mao, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8696-8697.
23. E. S. Jeng, P. W. Barone, J. D. Nelson, M. S. Strano, Small 2007, 3, 1602-1609.
24. V. A. Karachevtsev, A. Yu. Glamazda, V. S. Leontiev, O. S. Lytvyn, U. Dettlaff-Weglikowska, Chem. Phys. Lett. 2007, 435, 104-108.
25. G. O. Gladchenko, M. V. Karachevtsev, V. S. Leontiev, V. A. Valeev, A. Yu. Glamazda, A. M. Plokchotnichenko, S. G. Stepanian, Mol. Phys. 2006, 104, 3193-3201.
26. W. Zhao, Y. Gao, M. A. Brook, Y. Li, Chem. Commun. 2006, 34, 3582-3584.
27. M. V. Karachevtsev, O. S. Lytvyn, S. G. Stepanian, V. S. Leontiev, L. Adamowicz, V. A. Karachevtsev, J. Nanosci. Nanotechnol. 2008, 8, 1473-1480.
28. H. Gao, Y. Kong, D. Cui, C. S. Ozkan, Nano Lett. 2003, 3, 471-473.
29. H. Gao, Y. Kong, Annu. Rev. Mater. Res. 2004, 34, 123-150.
30. G. Lu, P. Maragakis, P. Kaxiras, Nano Lett. 2005, 5, 897-900.
31. X. Zhao, J. K. Johnson, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10438-10445.
32. S. Manohar, T. Tang, A. Jagota, J. Phys. Chem. C 2007, 111, 17835-17845.
33. A. N. Enyashin, S. Gemming, G. Seifert, Nanotechnology 2007, 18, 245702-245712.
34. S. Meng, P. Maragakis, C. Papaloukas, E. Kaxiras, Nano Lett. 2007, 7, 45-50.
35. M. E. Hughes, E. Brandin, J. A. Golovchenko, Nano Lett. 2007, 7, 1191-1194.
36. S. R. Vogel, M. M. Kappes, F. Hennrich, C. Richert, Chem. Eur. J. 2007, 13, 1815-1820.
37. C. R. Cantor, P. R. Schimmel, Biophysical Chemistry, Part II, Freeman, San Francisco, 1980.
38. D. N. Holcomb, S. E. Timasheff, Biopolymers 1968, 6, 513-529.
39. D. N. Holcomb, I. Tinoco, Jr., Biopolymers 1965, 3, 121-133.
40. I. Tinoco, Jr., J. Am. Chem. Soc. 1960, 82, 4785-4790.
41. J. Rajendra, A. Rodger, Chem. Eur. J. 2005, 11, 4841-4847.
42. J. Sponer, J. Leszczynski, P. Hobza, Biopolymers 2002, 61, 3-31.
43. S. G. Stepanian, M. V. Karachevtsev , A. Yu. Glamazda, V. A. Karachevtsev, L. Adamowicz, Chem. Phys. Lett. 2008, 459, 153-158.
44. F. Ortmann, W. G. Schmidt, F. Bechstedt, Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 186101.
45. M. Preuss, W. G. Schmidt, F. Bechstedt, Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 236102.
46. S. G. Stepanian, V. A. Karachevtsev, A. Yu. Glamazda, U. Dettlaff-Weglikowska, L. Adamowicz, Mol. Phys. 2003, 101, 2609-2614.
47. Y. Wang, Y. Bu, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6520-6526.
48. H. Krakauer, J. Sturtevant, Biopolymers 1968, 6, 491-512.
49. V. A. Sorokin, V. A. Valeev, G. O. Gladchenko, M. V. Degtyar, V. A. Karachevtsev, Yu. P. Blagoi, Int. J. Biol. Macromol. 2003, 31, 223-233.
50. D. Porschke, M. J. Eigen, J. Mol. Biol. 1971, 62, 361-381.
51. G. Dukovic, M. Balaz, P. Doak, N. D. Berova, M. Zheng, R. S. Mclean, L. E. Brus, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9004-9005.
52. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure (Ed.: C. R. Cantor), Springer, New York, 1984.
53. U. Dettlaff-Weglikowska, J.-M. Benoit, P.-W. Chiu, R. Graupner, S. Lebedkin, S. Roth, Curr. Appl. Phys. 2002, 2, 497-501.
54. S. Qin, D. Qin, W. T. Ford, J. E. Herrera, D. E. Resasco, S. M. Bachilo, R. B. Weisman, Macromolecules 2004, 37, 3965-3967.
55. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
56. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
57. N. Foloppe, A. D. MacKerell, Jr., J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104.
58. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.