Quantum mechanical studies of residue-specific hydrophobic interactions in p53-MDM2 binding

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 36, 2008, Pages 11396-11401

  Ding, Yun ^a   Mei, Ye ^a   Zhang, John Z H ^a,b  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

^b NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DYNAMICS; FLOW INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY;

BINDING INTERFACES; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; QUANTUM CHEMISTRY CALCULATIONS; QUANTUM-MECHANICAL; SPECIFIC INTERACTIONS;

HYDROPHOBICITY;

EID: 52349091108     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8015886     Document Type: Article

References (33)

1. Levine, A. J. Cell 1997, 88, 323.
2. Vogelstein, B.; Lane, D.; Levine, A. J. Nature 2000, 408, 307.
3. Wu, X.; Bayle, J. H.; Olson, D.; Levien, A. J. Genes Dev. 1993, 7, 1126.
4. Hollstein, M.; Sidransky, D.; Vogelstein, B.; Harris, C. C. Science 1991, 253, 49.
5. Momand, J.; Zambetti, G. P.; Olson, D. C.; George, D.; Levine, A. J. Cell 1992, 69, 1237.
6. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948.
7. Lane, D. P.; Hall, P. A. Trends Biochem. Sci 1997, 22, 372.
8. Oliner, J. D.; Kinzler, K. W.; Meltzer, P. S.; George, D. L.; Vogelstein, B. Nature 1992, 358, 80.
9. Cahilly-Snyder, L.; Yang-Feng, T.; Francke, U.; George, D. L. Somatic Cell Mol. Genet. 1987, 13, 235.
10. Kumar, S. K.; Hager, E.; Pettit, C.; Gurulingappa, H.; Davidson. N. E.; Khan, S. R. J. Med. Chem. 2003, 46, 2813.
11. Chene, P. Nat. Rev. Cancer 2003, 3, 102.
12. Kritzer, J. A.; Lear, J. D.; Hodsdon, M. E.; Schepartz, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9468.
13. Galatin, P. S.; Abraham, D. J. J. Med. Chem. 2004, 47, 4163.
14. Ding, K.; Lu, Y.; Nicolovska-Coleska, Z.; Wang, G.; Qiu, S.; Shangary, S.; Gao, W.; Qin, D.; Stuckey, J.; Krajewski, K.; Roller, P. P.; Wang, S. J. Med. Chem. 2006, 49, 3432.
15. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
16. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 614.
17. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
18. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Theor. Comput. Chem. 2004, 3, 43-49.
19. Li, A. H.; Chao, S. C. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094312.
20. Zhechkov, L.; Heine, T.; Patchkovskii, S.; Seifert, G.; Duarte, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 841.
21. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T.E. III,; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W., Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
22. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
23. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
24. Zhang, D. W.; Xiang, Yun.; John, Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039.
25. He, X.; Mei, Y.; Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Proteins: Struct., Funct. Bioinformatics 2005, 61, 423-432.
26. Tao, F. M.; Pan, Y. K. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3582.
27. Tao, F. M.; Pan, Y. K. J. Chem. Phys. 1992, 97, 4989.
28. Tao, F. M. Int. Rev. Phy. Chem. 2001, 20, 617.
29. Ding, Y.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H.; Tao, F. M. J. Comput. Chem. 2008, 29, 275.
30. Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
31. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
32. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
33. Lee, M. C.; Duan, Y. Proteins 2004, 55, 620.