Analyzing alkaline proteins in human colon crypt proteome

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 4, 2004, Pages 821-833

  Li, Xin Ming ^a   Patel, Bhavinkumar B ^a   Blagoi, Elena L ^a   Patterson, Maketa D ^a   Seehozer, Steven H ^a   Zhang, Tao ^b   Damle, Shirish ^b   Gao, Zhenqiang ^b   Boman, Bruce ^b   Yeung, Anthony T ^a  

^a FOX CHASE CANCER CENTER   (United States)

^b THOMAS JEFFERSON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

2D electrophoresis; Alkaline protein; Colon crypt; Colorectal cancer; Proteomics

Indexed keywords

2 PROPANOLOL; BUFFER; DISULFIDE; GLYCEROL; HISTONE; HYDROXYETHYL DISULFIDE; ISOPROTEIN; MITOCHONDRIAL PROTEIN; PROPRANOLOL DERIVATIVE; PROTEOME; RIBOSOME PROTEIN; SULFUR DERIVATIVE; UNCLASSIFIED DRUG;

ALKALINITY; ARTICLE; COLON CANCER; COLON CARCINOGENESIS; CONTROLLED STUDY; CRYPT CELL; ELECTROPHORESIS; GEL ELECTROPHORESIS; HUMAN; HUMAN TISSUE; ISOELECTRIC FOCUSING; MASS SPECTROMETRY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PEPTIDE MAPPING; PH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEOMICS;

CELL EXTRACTS; COLON; COLORECTAL NEOPLASMS; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; HUMANS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; ISOELECTRIC FOCUSING; PROTEINS; PROTEOME;

EID: 4444332843     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049942j     Document Type: Article

References (34)

1. Herbert, B. R.; Harry, J. L.; Packer, N. H.; Gooley, A. A.; Pedersen, S. K.; Williams, K. L. Trends. Biotechnol. 2001, 19, S3-9.
2. O'Farrell, P. Z.; Goodman, H. M.; O'Farrel, P. H. Cell 1977, 12, 1133-1142.
3. Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Csordas, A.; Diaz, J. J.; Madjar, J. J. Electrophoresis 1997, 18, 328-337.
4. Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Weiss, W. Electrophoresis 1999, 20, 712-717.
5. Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Harder, A.; Scheibe, B.; Wildgruber, R.; Weiss, W. Electrophoresis 2000, 21, 1037-1053.
6. Hoving, S.; Gerrits, B.; Voshol, H.; Muller, D.; Roberts, R. C.; van Oostrum, J. Proteomics 2002, 2, 127-134.
7. Olsson, I.; Larsson, K.; Palmgren, R.; Bjellqvist, B. Proteomics 2002, 2, 1630-1632.
8. Pennington, K.; McGregor, E.; Beasley, C. L.; Everall, I.; Cotter, D.; Dunn, M. J. Proteomics 2004, 4, 27-30.
9. Medjahed, D.; Smythers, G. W.; Powell, D. A.; Stephens, R. M.; Lemkin, P. F.; Munroe, D. J. Proteomics 2003, 3, 129-138.
10. Vogelstein, B.; Fearon, E. R.; Hamilton, S. R.; Kern, S. E.; Preisinger, A. C.; Leppert, M.; Nakamura, Y.; White, R.; Smits, A. M.; Bos, J. L. N. Engl. J. Med. 1988, 319, 525-532.
11. Augenlicht, L. H. Cancer Treat. Res. 1998, 98, 351-382.
12. Rowan, A. J.; Lamlum, H.; Ilyas, M.; Wheeler, J.; Straub, J.; Papadopoulou, A.; Bicknell, D.; Bodmer, W. F.; Tomlinson, I. P.; Knudson, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3352-3357.
13. Knudson, A. G. Nat. Rev. Cancer 2001, 1, 157-162.
14. Whitehead, R. H.; Brown, A.; Bhathal, P. S. In Vitro Cell Dev. Biol. 1987, 23, 436-442.
15. Peri, S.; Navarro, J. D.; Kristiansen, T. Z.; Amanchy, R.; Surendranath, V.; Muthusamy, B.; Gandhi, T. K.; Chandrika, K. N.; Deshpande, N.; Suresh, S.; Rashmi, B. P.; Shanker, K.; Padma, N.; Niranjan, V.; Harsha, H. C.; Talreja, N.; Vrushabendra, B. M.; Ramya, M. A.; Yatish, A. J.; Joy, M.; Shivashankar, H. N.; Kavitha, M. P.; Menezes, M.; Choudhury, D. R.; Ghosh, N.; Saravana, R.; Chandran, S.; Mohan, S.; Jonnalagadda, C. K.; Prasad, C. K.; Kumar-Sinha, C.; Deshpande, K. S.; Pandey, A.; Gronborg, M.; Ibarrola, N.; Zhao, Z.; Krishna, S.; Anand, S. K.; Madavan, V.; Joseph, A.; Wong, G. W.; Schiemann, W. P.; Constantinescu, S. N.; Huang, L.; Khosravi-Far, R.; Steen, H.; Tewari, M.; Ghaffari, S.; Blobe, G. C.; Dang, C. V.; Garcia, J. G.; Pevsner, J.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Chinnaiyan, A. M.; Hamosh, A.; Chakravarti, A. Nucleic. Acids Res. 2004, Database issue, D497-501.
16. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y. H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigo, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y. H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304-1351.
17. Pedersen, S. K.; Harry, J. L.; Sebastian, L.; Baker, J.; Traini, M. D.; McCarthy, J. T.; Manoharan, A.; Wilkins, M. R.; Gooley, A. A.; Righetti, P. G.; Packer, N. H.; Williams, K. L.; Herbert, B. R. J. Proteome Res. 2003, 2, 303-311.
18. Tracy, R. P.; Wold, L. E.; Currie, R. M.; Young, D. S. Clin. Chem. 1982, 28, 915-919.
19. Ji, H.; Whitehead, R. H.; Reid, G. E.; Moritz, R. L.; Ward, L. D.; Simpson, R. J. Electrophoresis 1994, 15, 391-405.
20. Cole, A. R.; Ji, H.; Simpson, R. J. Electrophoresis 2000, 21, 1772-1781.
21. Minowa, T.; Ohtsuka, S.; Sasai, H.; Kamada, M. Electrophoresis 2000, 21, 1782-1786.
22. Stulik, J.; Koupilova, K.; Osterreicher, J.; Knizek, J.; Macela, A.; Bures, J.; Jandik, P.; Langr, F.; Dedic, K.; Jungblut, P. R. Electrophoresis 1999, 20, 3638-3646.
23. Chaurand, P.; DaGue, B. B.; Pearsall, R. S.; Threadgill, D. W.; Caprioli, R. M. Proteomics 2001, 1, 1320-1326.
24. Lawrie, L. C.; Curran, S.; McLeod, H. L.; Fothergill, J. E.; Murray, G. I. Mol. Pathol. 2001, 54, 253-258.
25. Seike, M.; Kondo, T.; Mori, Y.; Gemma, A.; Kudoh, S.; Sakamoto, M.; Yamada, T.; Hirohashi, S. Cancer Res. 2003, 63, 4641-4647.
26. Wool, I. G. Trends. Biochem. Sci. 1996, 21, 164-165.
27. Warner, J. R.; Nierras, C. R. Genome Res. 1998, 8, 419-421.
28. Kasai, H.; Nadano, D.; Hidaka, E.; Higuchi, K.; Kawakubo, M.; Sato, T. A.; Nakayama, J. J. Histochem. Cytochem. 2003, 51, 567-574.
29. Nadano, D.; Aoki, C.; Yoshinaka, T.; Irie, S.; Sato, T. A. Biochemistry 2001, 40, 15 184-15 193.
30. Kim, J.; Chubatsu, L. S.; Admon, A.; Stahl, J.; Fellous, R.; Linn, S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 13 620-13 629.
31. Naora, H.; Takai, I.; Adachi, M. J. Cell Biol. 1998, 141, 741-753.
32. Neumann, F.; Krawinkel, U. Exp. Cell Res. 1997, 230, 252-261.
33. Otto, W. London: Arnold Constable 1930, 254-270.
34. Cuezva, J. M.; Krajewska, M.; de Heredia, M. L.; Krajewski, S.; Santamaria, G.; Kim, H.; Zapata, J. M.; Marusawa, H.; Chamorro, M.; Reed, J. C. Cancer Res. 2002, 62, 6674-6681.