Molecular dynamics simulations of ubiquinone inside a lipid bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 38, 2001, Pages 9308-9315

  Söderhäll, J Arvid ^a   Laaksonen, Aatto ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PLASMA MEMBRANES;

BILAMINATE MEMBRANES; CARBON; COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; HYDROPHOBICITY; LIPIDS; LIQUID CRYSTALS; PHASE TRANSITIONS; SOLUTIONS; WATER;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0035960183     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp011001w     Document Type: Article

References (57)

1. Mitchell, P. Nature 1961, 191, 144.
2. Lenaz, G. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1364, 207.
3. Steinberg-Yfrach, G.; Liddell, P.A.; Hung, S.-C.; Moore, A.L.; Gust, D.; Moore, T.A. Nature 1997, 385, 239.
4. König, S.; Sackmann, E. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1996, 1, 78.
5. Blackwell, M.F.; Gounaris, K.; Zara, S.J.; Barber, J. Biophys. J. 1987, 51, 735.
6. Di Bernardo, S.; Fato, R.; Casadio, R.; Fatiselli, P.; Lenaz, G. FEBS Lett. 1998, 426, 77.
7. Gómez-Fernández, J.; Llamas, M.A.; Aranda, F.J. Eur. J. Biochem. 1999, 259, 739.
8. Katsikas, H.; Quinn, P.J. Biochim. Biophys. Acta 1982, 689, 363.
9. Barauskas, J.; Razumas, V.; Nylander, T. Chem. Phys. Lipids 1999, 97, 167.
10. Jemiola-Rzeminska, M.; Kruk, J.; Skowronek, M.; Strzalka, K. Chem. Phys. Lipids 1996, 79, 55.
11. Lenaz, G.; Samori, B.; Faro, R.; Battino, M.; Castelli, G.P.; Domini, I. Biochem. Cell. Biol. 1992, 70, 504.
12. Chazotte, B.; Wu, E.-S.; Hackenbrock, C.R. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 400.
13. Metz, G.; Howard, K.P.; van Liemt, W.B.S.; Prestegard, J.H.; Lugtenburg, J.; Smith, S.O. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 564.
14. Fato, R.; Battino, M.; Degli Esposti, M.; Castelli, G.P.; Lenaz, G. Biochemistry 1986, 25, 3378.
15. Blackwell, M.F.; Whitmarsh, J. Biophys. J. 1990, 58, 1259.
16. Cohen, M.H.; Turnbull, D. J. Chem. Phys. 1959, 31, 1164.
17. Nilsson, J.A.; Laaksonen, A.; Eriksson, L.A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2403.
18. Marchal, D.; Boireau, W.; Laval, J.M.; Moiroux, J.; Bourdillon, C. Biophys. J. 1998, 74, 1937.
19. Torchut, E.; Laval, J.-M.; Bourdillon, C.; Madja, M. Biophys. J. 1994, 66, 753.
20. Sonnleitner, A.; Schültz, G.J.; Schmidt, T. Biophys. J. 1999, 77, 2638.
21. Picard, F.; Paquet, M.-J.; Dufourc, E.J.; Auger, M. Biophys. J. 1998, 74, 857.
22. Schmidt, T.; Schültz, G.J.; Baumgartner, W.; Gruber, H.J.; Schindler, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2926.
23. Tabony, J.; Perly, B. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1063, 67.
24. Tieleman, D.P.; Marrink, S.J.; Berendsen, H.J.C. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1331, 235.
25. Venable, R.M.; Zhang, Y.; Hardy, B.J.; Pastor, R.W. Science 1993, 262, 223.
26. Essmann, U.; Berkowitz, M.L. Biophys. J. 1999, 76, 2081.
27. Vaz, W.L.C.; Almeida, P.F. Biophys. J. 1991, 60, 1553.
28. Tobias, D.J.; Tu, K.; Klein, M.L. Curr. Opin. Coll. Int. Sci. 1997, 2, 15.
29. Allen, M.P.; Tildesley, D.J. Computer Simulations of Liquids, 1st ed.; Oxford Science Publications: Oxford, 1987.
30. Lyubartsev, A.P.; Laaksonen, A. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 565.
31. Tuckerman, M.; Berne, B.J.; Martyna, G.J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990.
32. Nóse, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255.
33. Hoover, W.G. Phys. Rep. A 1985, 31, 1695.
34. Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002.
35. Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426.
36. Lindahl, E.; Edholm, O. J. Chem. Phys., in press.
37. Toukan, K.; Rahman, A. Phys. Rev. B 1985, 31, 2643.
38. Anderson, J.; Ullo, J.J.; Yip, S. J. Chem. Phys. 1987, 87, 1726.
39. Nilsson, J.A.; Lyubartsev, A.; Eriksson, L.A.; Laaksonen, A. Mol. Phys., in press.
40. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
41. Remler, D.A.; Madden, P.A. Mol. Phys. 1990, 70, 921.
42. Pearlman, D.A.; Case, D.A.; Cadwell, J.W.; Ross, W.S.; Cheatham, T.E. III.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Siebel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
43. Jorgensen, W.L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
44. van Gunsteren, W.F.; Berendsen, H.J.C. Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual; BIOMOS: Groningen, 1987.
45. Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R.; Zakrzewski, V.G.; Montgomery, J.A. Jr.; Stratmann, R.E.; Burant, J.C.; Dapprich, S.; Millam, J.M.; Daniels, A.D.; Kudin, K.N.; Strain, M.C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G.A.; Ayala, P.Y.; Cai, Q.; Morokuma, K.; Malick, D.K.; Rabuck, A.D.; Raghavachari, K.; Foresman, J.B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J.V.; Stefanov, B.B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R.L.; Fox, D.J.; Keith, T.; Al-Laham, M.A.; Peng, C.Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P.M.W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M.W.; Andres, J.L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E.S.; Pople, J.A. Gaussian 98, Revision A.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
46. Skowronek, M.; Jemiola-Rzemińska, M.; Kruk, J.; Strzalka, K. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1280, 115.
47. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Róg, T.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 2000, 78, 1376.
48. Egberts, E.; Berendsen, H.J.C. J. Chem, Phys. 1988, 89, 3718.
49. Douliez, J.-P.; Léonard, A.; Duforc, E.J. Biophys. J. 1995, 68, 1727.
50. Büldt, G.; Gally, H.U.; Seelig, J.; Zaccai, G. J. Mol. Biol. 1979, 134, 673.
51. Zaccai, G.; Büldt, G.; Seelig, A.; Seelig, J. J. Mol. Biol. 1979, 134, 693.
52. Nagle, J.F.; Zhang, R.; Tristram-Nagle, S.; Sun, W.; Petrache, H.I.; Suter, R.M. Biophys. J. 1996, 70, 1419.
53. Bassolino-Klimas, D.; Alper, H.E.; Stouch, R.T. Biochemistry 1993, 32, 12624.
54. Kusalik, P.G.; Laaksonen, A.; Svishchev, I.M. Theoretical and Computational Chemistry; Elsevier Science: Oxford, 1999; Vol. 7 (Molecular Dynamics. From Classical to Quantum Methods), pp 61-97.
55. Marrink, S.-J.; Berendsen, H.J.C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4155.
56. Karakatsanis, P.; Bayed, T.M. Phys. Rev. E 1996, 54, 1785.
57. Lenaz, G. J. Membr. Biol. 1988, 104, 193.