Toward a general chemical method for rapidly mapping multi-protein complexes

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 3, 2004, Pages 417-425

  Denison, Carilee ^a   Kodadek, Thomas ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS SOUTHWESTERN MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Cross linking; PICUP; Proteasome

Indexed keywords

AMMONIA; PROTEASOME; RUTHENIUM;

ANALYTIC METHOD; AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CHEMICAL ANALYSIS; COMPLEX FORMATION; CROSS LINKING; CRYSTALLOGRAPHY; CYTOARCHITECTURE; EPITOPE MAPPING; METHODOLOGY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PURIFICATION; STEADY STATE;

CROSS-LINKING REAGENTS; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; MULTIPROTEIN COMPLEXES; PROTEASOME ENDOPEPTIDASE COMPLEX; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

EID: 4444264835     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr034071j     Document Type: Article

References (22)

1. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schulte, J.; Rick, J. M.; Michon, A.; Cruciat, C.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
2. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S.; Miller, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W. V.; Figeys, D.; Tyers M. Nature 2002, 415, 180-183.
3. Edwards, A. M.; Kus, B.; Jansen, R.; Greenbaum, D.; Greenblatt, J.; Gerstein, M. Trends Genet. 2002, 18, 529-536.
4. Kopp, F., Hendil, K. B.; Dahlmann, B.; Kristensen, P.; Sobek, A.; Uerkvitz, W. Proceed. Natl. Acad. Sci. 1997, 94, 2939-2944.
5. Stoffler, G.; Redl, B.; Walleczek, J.; Stoffler-Meilicke. M. Methods Enzymol. 1988, 164, 64-76.
6. Baumeister, A.; Walz, J.; Zuhl, F.; Seemuller, E. Cell 1998 92, 367-380.
7. Lowe, J., Stock, D.; Jap, B.; Zwickl, P.; Baumeister, W.; Huber, R. Science 1995, 268, 533-539.
8. Groll, M.; Ditzel, L; Lowe, J.; Stock, D.; Bochtler, M.; Bartunik, H. D.; Huber, R. Nature 1997, 386, 463-471.
9. Dahlmann, B.; Kopp, F.; Kristensen, P.; Hendil, K. B. Arch. Biochem. Biophys. 1999, 363, 296-300.
10. Ishiguro, A.; Kimura, M.: Yasui, K.; Iwata, A.; Ueda, S.; Ishihama, A. J. Mol. Biol. 1998, 279, 703-712.
11. Mullins, R. D.; Stafford, W. F.; Pollard, T. D. J. Cell Biol. 1997, 136, 331-343.
12. Mullins, R. D.; Pollard, T. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 244-249.
13. Fancy, D. A.; Kodadek, T. Proc. Natl. Acad. Sci. 1999, 96, 6020-6024.
14. Lauber, W. M.; Carrol, J. A.; Dufield, D. R.; Kiesel, J. R.; Radabaugh, M. R.; Malone, J. P. Electrophoresis 2001, 22, 906-918.
15. Scheler, C.; Lamer, S.; Pan, Z.; Li, X.; Salnikow, J.; Jungblut, P. Electrophoresis 1998, 19, 918-927.
16. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
17. Whitby, F. G.; Masters, E. I.; Kramer, L; Knowlton, J. R.; Yao, Y.; Wang, C. C.; Hill, C. P. Nature 2000, 408, 115-120.
18. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. 2000, 97, 9390-9395.
19. Chen, X.; Chen, Y. H.; Anderson, V. E. Anal. Biochem. 1999, 273, 192-203.
20. Verma, R.; Chen, S.; Feldman, R.; Schieltz, D.; Yates, J.; Dohmen, J.; Deshaies, R. J. Mol. Biol. Cell 2000, 11, 3425-3439.
21. Ferdous, A.; Gonzalez, F.; Sun, L.; Kodadek, T.; Johnston, S. A. Mol. Cell 2001, 7, 981-991.
22. Davy, A.; Bello, P.; Thierry-Mieg, N.; Vaglio, P.; Hitti, J.; Doucette-Stamme, L.; Thierry-Mieg, D.; Reboul, J.; Boulton, S.; Walhout, A. J.; Coux, O.; Vidal, M. EMBO Rep. 2001, 2, 821-828.