Proteomic analysis of ductal carcinoma of the breast using laser capture microdissection, LC-MS, and 16O/18O isotopic labeling

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 3, 2004, Pages 604-612

  Zang, Li ^a   Toy, Darryl Palmer ^b   Hancock, William S ^a   Sgroi, Dennis C ^b   Karger, Barry L ^a  

^a NORTHEASTERN UNIVERSITY   (United States)

^b MASSACHUSETTS GENERAL HOSPITAL   (United States)

Author keywords

16O 18O labeling; Breast ductal carcinoma; Laser capture microdissection (LCM)

Indexed keywords

BOVINE SERUM ALBUMIN; OXYGEN; OXYGEN 18; PROTEOME; TRYPSIN INHIBITOR;

ARTICLE; CARCINOMA CELL; CONTROLLED STUDY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; EXTRACTION; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN TISSUE; INTRADUCTAL CARCINOMA; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; ISOTOPE LABELING; LASER CAPTURE MICRODISSECTION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METASTASIS; PRECIPITATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TECHNIQUE;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BREAST NEOPLASMS; CARCINOMA, DUCTAL, BREAST; CATTLE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; FEMALE; HUMANS; LASERS; MASS SPECTROMETRY; MICRODISSECTION; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OXYGEN ISOTOPES; PROTEOME; SERUM ALBUMIN, BOVINE; TRYPSIN; UP-REGULATION;

BOVINAE;

EID: 4444228797     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr034131l     Document Type: Article

References (41)

1. Slamon, D. J.; Godolphin, W.; Jones, L. A.; Holt, J. A.; Wong, S. G.; Keith, D. E.; Levin, W. J.; Stuart, S. G.; Udove, J.; Ullrich, A. et al. Science 1989, 244, 707-712.
2. Neet, K.; Hunter, T. Genes Cells 1996, 1, 147-169.
3. Karpeh, M. S.; Brennan, M. F.; Cance, W. G.; Woodruff, J. M.; Pollack, D.; Casper, E. S.; Dudas, M. E.; Latres, E.; Drobnjak, M.; Cordon-Cardo, C. Br. J. Cancer 1995, 72, 986-991.
4. Cance, W. G.; Craven, R. J.; Weiner, T. M.; Liu, E. T. Int. J. Cancer 1993, 54, 571-577.
5. Ma, X. J.; Salunga, R.; Tuggle, J. T.; Gaudet, J.; Enright, E.; McQuary, P.; Payette, T.; Pistone, M.; Stecker, K.; Zhang, B. M.; Zhou, Y. X.; Varnholt, H.; Smith, B.; Gadd, M.; Chatfield, E.; Kessler, J.; Baer, T. M.; Erlander, M. G.; Sgroi, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 5974-5979.
6. Nevins, J. R.; Huang, E. S.; Dressman, H.; Pittman, J.; Huang, A. T.; West, M. Hum. Mol. Genet. 2003, 12 Spec. No 2, R153-157.
7. Sotiriou, C.; Neo, S. Y.; McShane, L. M.; Korn, E. L.; Long, P. M.; Jazaeri, A.; Martiat, P.; Fox, S. B.; Harris, A. L.; Liu, E. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 10 393-10 398.
8. Chang, J. C.; Woolen, E. C.; Tsimelzon, A.; Hilsenbeck, S. G.; Gutierrez, M. C.; Elledge, R.; Mohsin, S.; Osborne, C. K.; Chamness, G. C.; Mired, D. C.; O'Connell, P. Lancet. 2003, 362, 362-369.
9. van de Vijver, M. J.; He, Y. D.; van't Veer, L. J.; Dai, H.; Hart, A. A.; Voskuil, D. W.; Schreiber, G. J.; Peterse, J. L.; Roberts, C.; Marton, M. J.; Parrish, M.; Atsma, D.; Witteveen, A.; Glas, A.; Delahaye, L.; van der Velde, T.; Bartelink, H.; Rodenhuis, S.; Rutgers, E. T.; Friend, S. H.; Bernards, R. N Engl. J. Med. 2002, 347, 1999-2009.
10. Zhukov, T. A.; Johanson, R. A.; Cantor, A. B.; Clark, R. A.; Tockman, M. S. Lung Cancer 2003, 40, 267-279.
11. Wellmann, A.; Wollscheid, V.; Lu, H.; Ma, Z. L.; Albers, P.; Schutze, K.; Rohde, V.; Behrens, P.; Dreschers, S.; Ko, Y.; Wernert, N. Int. J. Mol. Med. 2002, 9, 341-347.
12. Cazares, L. H.; Adam, B. L.; Ward, M. D.; Nasim, S.; Schellhammer, P. F.; Semmes, O. J.; Wright, G. L., Jr. Clin. Cancer Res. 2002, 8, 2541-2552.
13. Palmer-Toy, D. E.; Sarracino, D. A.; Sgroi, D.; LeVangie, R.; Leopold, P. E. Clin. Chem. 2000, 46, 1513-1516.
14. Xu, B. J.; Caprioli, R. M.; Sanders, M. E.; Jensen, R. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 1292-1297.
15. Zhou, G.; Li, H.; DeCamp, D.; Chen, S.; Shu, H.; Gong, Y.; Flaig, M.; Gillespie, J. W.; Hu, N.; Taylor, P. R.; Emmert-Buck, M. R.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F., 3rd; Zhao, Y. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 117-124.
16. Wulfkuhle, J. D.; Sgroi, D. C.; Krutzsch, H.; McLean, K.; McGarvey, K.; Knowlton, M.; Chen, S.; Shu, H.; Sahin, A.; Kurek, R.; Wallwiener, D.; Merino, M. J.; Petricoin, E. F., 3rd; Zhao, Y.; Steeg, P. S. Cancer Res. 2002, 62, 6740-6749.
17. Wu, S. L.; Hancock, W. S.; Goodrich, G. G.; Kunitake, S. T. Proteomics 2003, 3, 1037-1046.
18. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-4826.
19. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
20. Stewart, I. I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456-2465.
21. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
22. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 512-515.
23. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 6591-6596.
24. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
25. Figeys, D. Anal. Chem. 2002, 74, 412A-419A.
26. Reynolds, K. J.; Yao, X.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2002, 1, 27-33.
27. Wang, Y. K.; Ma, Z.; Quinn, D. F.; Fu, E. W. Anal. Chem. 2001, 73, 3742-3750.
28. Wessel, D.; Flugge, U. I. Anal. Biochem. 1984, 138, 141-143.
29. Emmert-Buck, M. R.; Strausberg, R. L.; Krizman, D. B.; Bonaldo, M. F.; Bonner, R. F.; Bostwick, D. G.; Brown, M. R.; Buetow, K. H.; Chuaqui, R. F.; Cole, K. A.; Duray, P. H.; Englert, C. R.; Gillespie, J. W.; Greenhut, S.; Grouse, L.; Hillier, L. W.; Katz, K. S.; Klausner, R. D.; Kuznetzov, V.; Lash, A. E.; Lennon, G.; Lihehan, W. M.; Liotta, L. A.; Marra, M. A.; Munson, P. J.; Ornsteih, D. K.; Prabhu, V. V.; Prang, C.; Schuler, G. D.; Scares, M. B.;,Tolstoshev, C. M.; Vocke, C. D.; Waterston, R. H. J. Mol. Diagn. 2000, 2, 60-66.
30. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
31. Yao, X.; Afonso, C.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2003, 2, 147-152.
32. Rose, K.; Savoy, L. A.; Simona, M. G.; Offord, R. E.; Wingfield, P. Biochem. J. 1988, 250, 253-259.
33. Silver, M. S.; Stoddard, M.; Stein, T. P. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 2883-2890.
34. Bender, M. L.; Kemp, K. C. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 116-120.
35. Karty, J. A.; Ireland, M. M.; Brun, Y. V.; Reilly, J. P. J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 702, 363-383.
36. Heller, M.; Mattou, H.; Menzel, C.; Yao, X. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 704-718.
37. Florianczyk, B.; Pasternak, K.; Grzybowska, L.; Peszynski, J. Pol. Merkuriusz Lek. 1997, 2, 376-377.
38. Guo, G.; Yan-Sanders, Y.; Lyn-Cook, B. D.; Wang, T.; Tamae, D.; Ogi, J.; Khaletskiy, A.; Li, Z.; Weydert, C.; Longmate, J. A.; Huang, T. T.; Spitz, D. R.; Oberley, L. W.; Li, J. J. Mol. Cell Biol. 2003, 23, 2362-2378.
39. Liu, M. Y.; Cai, S.; Espejo, A.; Bedford, M. T.; Walker, C. L. Cancer Res. 2002, 62, 6475-6480.
40. Bini, L; Magi, B.; Marzocchi, B.; Arcuri, F.; Tripodi, S.; Cintorino, M.; Sanchez, J. C.; Frutiger, S.; Hughes, G.; Pallini, V.; Hochstrasser, D. F.; Tosi, P. Electrophoresis 1997, 18, 2832-2841.
41. Ivanov, A. R.; Zang, L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2003, 75, 5306-5316.