Statistical and mechanistic approaches to understanding the gas-phase fragmentation behavior of methionine sulfoxide containing peptides

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 4, 2004, Pages 751-759

  Reid, Gavin E ^a,b   Roberts, Kade D ^a   Kapp, Eugene A ^a   Simpson, Richard J ^a  

^a WALTER AND ELIZA HALL INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH   (Australia)

^b ROYAL MELBOURNE HOSPITAL   (Australia)

Author keywords

Mass spectrometry; Methionine oxidation; Peptide fragmentation

Indexed keywords

AMINO ACID DERIVATIVE; ARGININE; ASPARTIC ACID; HISTIDINE; LYSINE; METHIONINE; METHIONINE SULFOXIDE; PEPTIDE DERIVATIVE; PEPTIDE FRAGMENT; SULFENIC ACID DERIVATIVE;

ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; DATA BASE; DISSOCIATION; ENERGY; FRAGMENTATION REACTION; OXIDATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN MODIFICATION; PROTON TRANSPORT; STATISTICAL ANALYSIS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

DATA INTERPRETATION, STATISTICAL; GASES; MASS SPECTROMETRY; METHIONINE; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDE LIBRARY; PEPTIDES; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; TRYPSIN;

EID: 4444221838     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0499646     Document Type: Article

References (60)

1. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
2. O'Hair, R. A. J. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1377-1381.
3. Clauser, K. R.; Hall, S. C.; Smith, D. M.; Webb, J. W.; Andrews, L. E.; Tran, H. M.; Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5072-5076.
4. Simpson, R. J.; Connolly, L. M.; Eddes, J. S.; Pereira, J. J.; Moritz, R. L.; Reid, G. E. Electrophoresis 2000, 21, 1707-1732.
5. Qin, J.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1997, 69, 4002-4009.
6. Reid, G. E.; Rasmussen, R. K.; Dorow, D. S.; Simpson, R. J. Electrophoresis 1998, 19, 946-955.
7. Swiderek, K. M.; Davis, M. T.; Lee, T. D. Electrophoresis 1998, 19, 989-997.
8. Zugaro, L. M.; Reid, G. E.; Ji, H.; Eddes, J. S.; Murphy, A. C.; Burgess, A. W.; Simpson, R. J. Electrophoresis 1998, 19, 867-876.
9. Annan, R. S.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1996, 68, 3413-3421.
10. DeGnore, J. P.; Qin, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1175-1188.
11. Hunt, D. F.; Yates, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-6237.
12. Papayannopoulos, I. A. Mass. Spectrom. Rev. 1995, 14, 49-73.
13. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
14. Yates, J. R.; Eng, J. K.; McCormack, A. L. Anal. Chem. 1995, 67, 3202-3210.
15. Yates, J. R.; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-1436.
16. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
17. Kapp, E. A.; Schütz, F.; Reid, G. E.; Eddes, J. E.; Moritz, R. L.; O'Hair, R. A. J.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6251-6264.
18. Yu, W.; Vath, J. E.; Huberty, M. C.; Martin, S. A. Anal.Chem. 1993, 65, 3015-3023.
19. Summerfield, S. G.; Whiting, A.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. Ion. Proc. 1997, 162, 149-161.
20. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Zhong, W.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142-5154.
21. Tsaprailis, G.; Somogyi, A.; Nikolaev, E. N.; Wysocki, V. H. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 195/196, 467-479.
22. Gu, C.; Tsaprailis, G.; Breci, L.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2000, 72, 5804-5813.
23. Huang, Y.; Wysocki, V. H.; Tabb, D. L.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 233-244.
24. Bailey, T. H.; Laskin, J.; Futrell, J. H. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 313-327.
25. Paizs, B.; Suhai, S.; Hargittai, B.; Hruby, V. J.; Somogyi, A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 203-232.
26. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-1406.
27. Gross, M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1992, 118/119, 137-165.
28. Schutz, F.; Kapp, E. A.; Simpson, R. J.; Speed, T. P. Biochem. Soc. Trans. 2003, 31, 1479-1483.
29. Yalcin, T.; Khouw, C.; Csizamadia, I. G.; Peterson, M. R.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1164-1174.
30. Yalcin, T.; Csizamadia, I. G.; Peterson, M. R.; Harrison, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 233-242.
31. Ambipathy, K.; Yalcin, T.; Leung, H.-W.; Harrison, A. G. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 209-215.
32. Lioe, H.; O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 978-988.
33. Lioe, H.; O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 65-76.
34. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 1047-1060.
35. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 190/191, 209-230.
36. O'Hair, R. A. J.; Styles, M. S.; Reid, G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1275-1284.
37. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 945-956.
38. O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 999-1002.
39. Reid, G. E.; Simpson, R. J.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 1047-1060.
40. Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. 1991, 111, 173-189.
41. Thorne, G. C.; Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 249-257.
42. Yague, J.; Paradela, A.; Ramos, M.; Ogueta, S.; Marina, A.; Barahona, F.; Lopez de Castro, J. A.; Vazquez, J. Anal. Chem. 2003, 75, 1524-1535.
43. Farrugia, J. M.; O'Hair, R. A. J. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 229-242.
44. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L.; Wysocki, V. H.; Lin, D. Y.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163.
45. Stadtman, E. R.; Moskovitz, J.; Levine, R. L. Antioxid. Redox Signaling 2003, 5, 577-582.
46. Hoshi, T.; Heinemann, S. J. Physiol. 2001, 531, 1-11.
47. Levine, R. L.; Moskovitz, J.; Stadtman, E. R. Int. Union Biochem. Mol. Biol. 2000, 50, 301-307.
48. Stadtman, E. R.; Berlett, B. S. Drug Metabolism Rev. 1998, 30, 225-43.
49. Lagerwerf, F. M.; van de Weert, M.; Heerma, W.; Haverkamp, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1905-1910.
50. Jiang, X.; Smith, J. B.; Abraham, E. C. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1309-1310.
51. Betancourt, L.; Takao, T.; Gonzalez, J.; Reyes, O.; Besada, V.; Padron, G.; Shimonishi, Y. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 1075-1076.
52. O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Eur. Mass Spectrom. 1999, 5, 325-334.
53. Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Frecklington, D. F.; Connolly, L. M.; Layton, M. J.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Proteomics 2002, 2, 1097-1103.
54. Hehre, W. J.; Pople, J. A.; Radom, L. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
55. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
56. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, K. N.; Kudin, J. C.; Burant, J. M.; Millam, S. S.; Iyengar, J.; Tomasi, V.; Barone, B.; Mennucci, M.; Cossi, G.; Scalmani, N.; Rega, G. A.; Petersson, H.; Nakatsuji, M.; Hada, M.; Ehara, K.; Toyota, R.; Fukuda, J.; Hasegawa, M.; Ishida, T.; Nakajima, Y.; Honda, O.; Kitao, H.; Nakai, M.; Klene, X.; Li, J. E.; Knox, H. P.; Hratchian, J. B.; Cross, C.; Adamo, J.; Jaramillo, R.; Gomperts, R. E.; Stratmann, O.; Yazyev, A. J.; Austin, R.; Cammi, C.; Pomelli, J. W.; Ochterski, P. Y.; Ayala, K.; Morokuma, G. A.; Voth, P.; Salvador, J. J.; Dannenberg, V. G.; Zakrzewski, S.; Dapprich, A. D.; Daniels, M. C.; Strain, O.; Farkas, D. K.; Malick, A. D.; Rabuck, K.; Raghavachari, J. B.; Foresman, J. V.; Ortiz, Q.; Cui, A. G.; Baboul, S.; Clifford, J.; Cioslowski, B. B.; Stefanov, G.; Liu, A.; Liashenko, P.; Piskorz, I.; Komaromi, R. L.; Martin, D. J.; Fox, T.; Keith, M. A.; Al-Laham, C. Y.; Peng, A.; Nanayakkara, M.; Challacombe, P. M. W.; Gill, B.; Johnson, W.; Chen, M. W.; Wong, C.; Gonzalez, and Pople, J. A. Gaussian 03, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.
57. Lioe, H.; O'Hair, R. A. J.; Gronert, S.; Reid, G. E. Manuscript in preparation.
58. Cooks, R. G.; Kruger, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1279-1281.
59. McLuckey, S. A.; Cameron D.; Cooks, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 1313-1317.
60. Armentrout, P. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 371-379.