Capillary electrophoresis-fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry for the identification of cationic metabolites via a pH-mediated stacking-transient isotachophoretic method

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 9, 2008, Pages 3112-3122

  Baidoo, Edward E K ^a,b   Benke, Peter I ^a,b   Neusüss, Christian ^d   Pelzing, Matthias ^e   Kruppa, Gary ^f   Leary, Julie A ^c   Keasling, Jay D ^a,b  

^a University of California   (United States)

^b LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d AALEN UNIVERSITY   (Germany)

^e Bruker Corporation   (United States)

^f BRUKER DALTONIK GMBH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOTRON RESONANCE; FOURIER TRANSFORMS; GAS CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PH EFFECTS;

CATIONIC METABOLITES; ISOTACHOPHORETIC METHOD;

CAPILLARY ELECTROPHORESIS;

CATION;

ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; COMPARATIVE STUDY; DESULFOVIBRIO VULGARIS; GAS CHROMATOGRAPHY; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; ISOTACHOPHORESIS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PH; SIGNAL NOISE RATIO;

AMINO ACIDS; BACTERIOLOGICAL TECHNIQUES; CATIONS; CYCLOTRONS; DESULFOVIBRIO VULGARIS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; FOURIER ANALYSIS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MASS SPECTROMETRY;

EID: 42949089041     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac800007q     Document Type: Article

References (57)

1. Schmidt, C. J. Natl. Cancer Inst. 2004, 96, 732-734.
2. Bino, R. J.; Hall, R. D.; Fiehn, O.; Kopka, J.; Saito, K.; Draper, J.; Nikolau, B. J.; Mendes, P.; Roessner-Tunali, U.; Beale, M. H.; Trethewey, R. N.; Lange, B. M.; Wurtele, E. S.; Sumner, L. W. Trends Plant Sci. 2004, 9, 418-425.
3. Fiehn, O.; Kopka, J.; Dormann, P.; Altmann, T.; Trethewey, R. N.; Willmitzer, L. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1157-1161.
4. Nikiforova, V. J.; Kopka, J.; Tolstikov, V.; Fiehn, O.; Hopkins, L.; Hawkesford, M. J.; Hesse, H.; Hoefgen, R. Plant Physiol. 2005, 138, 304-318.
5. Kind, T.; Fiehn, O. BMC Bioinformatics 2006, 7, Art no. 234.
6. Kind, T.; Fiehn, O. BMC Bioinformatics 2007, 8, Art. no.105.
7. Kind, T.; Tolstikov, V.; Fiehn, O.; Weiss, R. H. Anal. Biochem. 2007, 363, 185-195.
8. Lommen, A.; van der Weg, G.; van Engelen, M. C.; Bor, G.; Hoogenboom, L. A. P.; Nielen, M. W. F. Anal. Chim. Acta 2007, 584, 43-49.
9. Mas, S.; Villas-Boas, S. G.; Hansen, M. E.; Akesson, M.; Nielen, J. Biotech. Bioeng. 2007, 96, 1014-1022.
10. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35.
11. Pingitore, F.; Tang, Y.; Kruppa, G.; Keasling, J. Anal. Chem. 2007, 79, 2483-2490.
12. Aharoni, A.; Ric De Vos, C. H.; Verhoeven, H. A.; Maliepaard, C. A.; Kruppa, G.; Bino, R.; Goodenowe, D. B. A. J. Interg. Biol. 2002, 6, 217-234.
13. Brown, S. C.; Kruppa, G.; Dasseux, J.-L. Mass Specyrom. Rev. 2005, 24, 223-231.
14. Oikawa, A.; Nakamura, Y.; Ogura, T.; Kimura, A.; Suzuki, H.; Sakurai, N., Shinbo, Y.; Shibata, D.; Kanaya, S.; Ohta D. Plant Physiol. 2006, 142, 398-413.
15. Kai, K.; Tatsumi, M.; Shibata, D.; Kanaye, S.; Ohta, D. Plant Cell Physiol. 2007, 48, S68-S68.
16. Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2003, 385 A-391 A.
17. McNally, D. J., Hui, J. P. M.; Aubry A. J.; Mui, K. K. K.; Guerry, P.; Brisson, J.-R.; Logan, S. M.; Soo, E. C. J. Biol. Chem. 2006, 281, 18489-18498.
18. Cloarec, O.; Campbell, A.; Tseng, L. H.; Braumann, U.; Spraul, M.; Scarfe, G.; Weaver, R.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 3304-3311.
19. Buchholz, A.; Hurlebaus, J.; Wandrey, C.; Takors, R. Biomol. Eng. 2002, 19, 5-15.
20. Wilson, I. D.; Nicholson, J. K.; Castro-Perez, J.; Granger, J. H.; Johnson, K. A.; Smith, B. W.; Plumb, R. S. J. Prot. Res. 2005, 4, 591-598.
21. Wu, L.; Mashego, M. R.; van Dam, J. C.; Proell, A. M.; Vinke, J. L.; Ras, C.; van Winden, W. A.; van Gulik, W. M.; Heijnen, J. J. Anal. Chem. 2005, 336, 164-171.
22. Nordstrom, A.; O'Maille, G.; Qin, C.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 3289-3295.
23. Want, E. J.; O'Maille, G.; Smith, C. A.; Brandon, T. R.; Uritboonthai, W.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 743-752.
24. Soga, T.; Ohashi, Y.; Ueno, Y.; Naraoka, H.; Tomita, M.; Nishioka, T. J. Prot. Res. 2003, 2, 488-494.
25. Sato, S.; Soga, T.; Nishioka, T.; Tomita, M. Plant J. 2004, 40, 151-163.
26. Soo, E. C.; Aubry, A. J.; Logan, S. M.; Guerry, P.; Kelly, J. F.; Young, N. M.; Thibault, P. Anal. Chem. 2004, 76, 619-626.
27. Mukhopadhyay, A.; He, Z.; Alm, E. J.; Arkin, A. P.; Baidoo, E. E.; Borglin, S. C.; Chen, W.; Hazen, T. C.; He, Q.; Holman, H.-Y.; Huang, K.; Huang, R.; Joyner, D. C.; Katz, N.; Keller, M.; Oeller, P.; Redding, A.; Sun, J.; Wall, J.; Wei, J., Yang, Z.; Yen, H.-C.; Zhou, J.; Keasling, J. D. J. Bacteriol. 2006, 188, 4068-4078.
28. Saito, N.; Robert, M.; Kitamura, S.;Baran, R.; Soga, T.; Mori, H.; Nishioka, T.; Tomita, M. J. Proteome Res. 2006, 5, 1979-1987.
29. Soga, T.; Baran, R.; Suematsu, M.; Ueno, Y.; Ikeda, S.; Sakurakawa, T.; Kakazu, Y.; Ishikawa, T.; Robert, M.; Nishioka, T.; Tomita, M. J. Biol. Chem. 2006, 281, 16768-16776.
30. Tanaka, Y.; Higashi, T.; Rakwal, R.; Wakida, S.-I.; Iwahashi, H. J. Pharm. Biomed. Anal. 2007, In press.
31. Neusüss, C.; Pelzing, M.; Macht, M. Electrophoresis 2002, 23, 3149-3159.
32. Gillogly, J. A.; Lunte, C. E. Electrophoresis 2005, 26, 633-639.
33. Lee, R.; Ptolemy, A. S.; Niewczas, L.; Britz-Mckibbin, P. Anal. Chem. 2007, 79, 403-415.
34. Hofstadler, S. A.; Wahl, J. H.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6983-6984.
35. Hofstadler, S. A.; Swanek, F. D.; Gale, D. C.; Ewing A. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 1477-1480.
36. Hofstadler, S. A.; Severs, J. C.; Smith, R. D.; Frank, D. Swanek, F. D.; Ewing, A. G. J. High Resolut. Chromatogr. 1996, 19, 617-621.
37. Jensen, P. K.; Paša-Tolić; Peden, K. K.; Martinović, S.; Lipton, M. S.; Anderson, G. A.; Tolić, N.; Wong, K.-K.; Smith, R. D. Electrophoresis 2000, 21, 1372-1380.
38. Mohan, D.; Paša-Tolić, L.; Masselon, C. D.; Tolić, N.; Bogdanov, B.; Hixson, K. K.; Smith, R. D.; Lee, C. S. Anal. Chem. 2003, 75, 4432-4440.
39. Que, A. H.; Mechref, Y.; Huang, Y.; Taraszka, J. A.; Clemmer, D. E.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 2003, 75, 1684-1690.
40. Benbouzidrollet, N. D.; Conte, M.; Guezennec, J.; Prieur, D. J. Appl. Bacteriol. 1991, 71, 244-251.
41. Lovely, D. R.; Phillips, E. J. Appl. Environ. Microbiol. 1994, 60, 726-728.
42. Hadas, O.; Pinkas, R. Isr. Microb. Ecol. 1995, 30, 55-66.
43. Noguera, D. R.; Brusseau, G. A.; Rittmann, B. E.; Stahl, D. A Biotechnol. Bioeng. 1998, 59, 732-746.
44. Tabak, H. H.; Govind, R. Biodegradation 2003, 14, 437-452.
45. Ye, Q.; Roh, Y.; Carroll, S. L.; Blair, B.; Zhou, J.; Zhang, C. L.; Fields, M. W. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 5595-5602.
46. Heidlberg, J. F.; Seshadri, R.; Haveman, S. A.; Hemme, C. L.; Paulsen, I. T.; Kolonay, J. F.; Eisen, J. A.; Ward, N.; Methe, B.; Brinkac, L. M.; Daugherty, S. C.; Deboy, R. T.; Dodson, R. J.; Durkin, A. S.; Madupu, R.; Nelson, W. C.; Sullivan, S. A.; Fouts, D.; Haft, D. H.; Selengut, J.; Peterson, J. D.; Davidsen, T. M.; Zafar, N.; Zhou, L.; Radune, D.; Dimitrov, G.; Hance, M.; Tran, K.; Khouri, H; Gill, J.; Utterback, T. R.; Feldblyum, T. V.; Wall, J. D.; Voordouw, G.; Fraser, C. M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 554-559.
47. Goulhen, F.; Gloter, A.; Guyot, F.; Bruschi, M. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006, 71, 892-897.
48. Comisarow, M. B.; Marshall, A. G. J. Chem. Phys. 1976, 64, 110-119.
49. Marshall, A. G. Acc. Chem. Res. 1985, 18, 316-322.
50. Jokl, V.; Polášek, M.; Pospíchalová, J. J. Chromatogr. 1987, 391, 427-432.
51. Stegehuis, D. S.; Tjaden, U. R.; van der Greef, J. J. Chromatogr. 1992, 591, 341-349.
52. Baker, D. R., Capillary Electrophoresis; Wiley: New York, 1995.
53. Toussaint, B.; Hubert, Ph.; Tjaden, U. R.; van der Greef, J.; Crommen, J. J. Chromatogr., A 2000, 871, 173-80.
54. Boček, P.; Gebauer P.; Deml M. J. Chromatogr. 1981, 219, 21-28.
55. Křivánková, L.; Pantůcková, P.; Boček, P. J. Chromatogr., A 1999, 838, 55-70.
56. Leinweber, F. C.; Otto, M. J. Chromatogr., A 1999, 848, 347-363.
57. Landers, J. P., Ed. Handbook of Capillary Electrophoresis; CRC Press: Boca Raton, FL, 1997.