Parameterization of Ca+2-Protein Interactions for Molecular Dynamics Simulations

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 7, 2008, Pages 1163-1169

  Project, Elad ^a   Nachliel, Esther ^a   Gutman, Menachem ^a  

^a TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

Ca+2; Force field; Lennard Jones; Molecular dynamics; Residence time

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; PARAMETERIZATION;

FORCE FIELD; LENNARD-JONES; RESIDENCE TIME;

PROTEINS;

CALCIUM; CARBOXYLIC ACID; FORMIC ACID; FORMIC ACID DERIVATIVE; ION; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; PROTEIN BINDING; REPRODUCIBILITY; TIME;

CALCIUM; CARBOXYLIC ACIDS; COMPUTER SIMULATION; FORMIC ACIDS; IONS; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN BINDING; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TIME FACTORS;

EID: 42149093929     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20876     Document Type: Article

References (40)

1. Marantz, Y.; Nachliel, E.; Aagaard, A.; Brzezinski, P.; Gutman, M. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 8590.
2. Friedman, R.; Nachliel, E.; Gutman, M. Biophys J 2005, 89, 768.
3. Kobayashi, C.; Takada, S. Biophys J 2006, 90, 3043.
4. Project, E.; Friedman, R.; Nachliel, E.; Gutman, M. Biophys J 2006, 90, 3842.
5. Varma, S.; Jakobsson, E. Biophys J 2007, 92, 966.
6. Merzel, F.; Hodoscek, M.; Janezic, D.; Sanson, A. J Comput Chem 2006, 27(4), 446-452.
7. Halgren, T. A. J Am Chem Soc 1992, 114, 7827.
8. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hunenberger, P. H.; Kruger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide. Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zurich: Zurich, 1996; pp 1-1024.
9. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J Am Chem Soc 1996, 118, 11225.
10. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 2001, 105, 6474.
11. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
12. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Nature 1969, 224, 175.
13. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
14. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput Phys Commun 1995, 91, 43.
15. Lindahl, E.; Hess, B.; Van der Spoel, E. J Mol Model 2001, 7, 306.
16. van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Feenstra, A. K.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C.: Gromacs User Manual version 3.2 www.gromacs.org, 2004.
17. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J Comput Chem 2005, 26, 1781.
18. Szebenyi, D. M. E.; Moffat, K. J Biol Chem 1986, 261, 8761.
19. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235.
20. Schuttelkopf, A. W.; van Aalten, D. M. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 2004, 60 (Part 8), 1355.
21. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81, 3684.
22. Essman, U.; Perela, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pederse, L. G. J Chem Phys 1995, 103, 8577.
23. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J Comput Chem 1997, 18, 1463.
24. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1992, 13, 952.
25. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.
26. Impey, R. W.; Madden, P. A.; Mcdonald, I. R. J Phys Chem 1983, 87, 5071.
27. Sillen, L. G.; Martell, A. E. Special Publication No. 25; The Chemical Society: London, 1970.
28. Sillen, L. G.; Martell, A. E. Special Publication No. 17; The Chemical Society: London, 1964.
29. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J Comput Chem 1993, 14, 1347.
30. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1984, 5, 129.
31. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; Defrees, D. J.; Pople, J. A. J Chem Phys 1982, 77, 3654.
32. Aqvist, J. J Phys Chem 1990, 94, 8021.
33. Jalilehvand, F.; Spangberg, D.; Lindqvist-Reis, P.; Hermansson, K.; Persson, I.; Sandstrom, M. J Am Chem Soc 2001, 123, 431.
34. Badyal, Y. S.; Barnes, A. C.; Cuello, G. J.; Simonson, J. M. J Phys Chem A 2004, 108, 11819.
35. Friedman, H. L. Chem Scr 1985, 25, 42.
36. Helm, L.; Merbach, A. E. Coord Chem Rev 1999, 187, 151.
37. Piquemal, J. P.; Perera, L.; Cisneros, G. A.; Ren, P. Y.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J Chem Phys 2006, 125, 054511.
38. Koneshan, S.; Rasaiah, J. C.; Lynden-Bell, R. M.; Lee, S. H. J Phys Chem B 1998, 102, 4193.
39. Chattopadhyaya, R.; Meador, W. E.; Means, A. R.; Quiocho, F. A. J Mol Biol 1992, 228, 1177.
40. Szebenyi, D. M.; Moffat, K. J Biol Chem 1986, 261, 8761.