Whether proton transition to the triphosphate tail of ATP occurs at protein kinase environment: A car-parrinello ab initio molecular dynamics study

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 108, Issue 7, 2008, Pages 1239-1245

  Yang, Sheng Yong ^a   Zou, Jun ^a   Xiang, Ming Li ^a   Xie, Guo Bin ^a   Shi, Bing ^a   Wei, Yu Quan ^a  

^a SICHUAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Ab initio molecular dynamics (AIMD); Adenosine triphosphate (ATP); Protein kinase; Protonation state

Indexed keywords

ADENOSINETRIPHOSPHATE; BIOCHEMISTRY; ENZYMES; MOLECULAR DYNAMICS; PROTONATION; QUANTUM THEORY;

AB INITIO MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN KINASE; PROTON TRANSITION; PROTONATION STATE;

QUANTUM CHEMISTRY;

EID: 41849143776     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21622     Document Type: Article

References (36)

1. Diaz, N.; Field, M. J. J Am Chem Soc 2004, 126, 529.
2. Cheng, Y.; Zhang, Y.; McCammon, J. A. J Am Chem Soc 2005, 127, 1553.
3. Pichierri, F.; Matsuo, Y. J Mol Struc (Theochem) 2003, 622, 257.
4. Denkeiman, G.; LaBute, M. X.; Tung, C.-S.; Fenimore P. W.; McMahon, B. H. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 15347.
5. Valiev, M.; Kawai, R.; Adams, J. A.; Weare, J. H. J Am Chem Soc 2003, 125, 9926.
6. Akola, J.; Jones, R. O. J. Phys Chem B 2006, 110, 8121;
7. (b) Akola, J.; Jones, R. O. J Phys Chem B 2003, 107, 11774.
8. Tribolet, R.; Sigel, H. Eur J Biochem 1988, 170, 617.
9. Wang, P.; Oscarson, J. L.; Izatt, R. M.; Watt, G. D.; Larsen, C. D. J Sol Chem 1995, 24, 989.
10. Wang, P.; Izatt, R. M.; Oscarson, J. L.; Gillespie, S. E. J Phys Chem 1996, 100, 9556.
11. Dyguda, E.; Szefczyk, B.; Sokalski, W. A. Int J Mol Sei 2004, 5, 141.
12. Hirano, Y.; Hata, M.; Hoshino, T.; Tsuda, M. J Phys Chem B 2002, 106, 5788.
13. Car, R.; Parrinello, M. Phys Rev Lett 1985, 55, 2471.
14. Yang, S.-Y.; Ziegler, T. Organometallics 2006, 25, 887.
15. (a) Hubbard, S. R.; Wei, L.; Ellis, L.; Hendrickson, W. A. Nature 1994, 372, 746;
16. (b) Hubbard, S. R. EMBO J 1997, 16, 5573.
17. Accelrys Software Inc. Cerius2 Version 4.11, Accelrys: San Diego, 2006.
18. Blöchl, P. E. Phys Rev B 1994, 50, 17953.
19. Blöchl, P. E. J Phys Chem 1995, 99, 7422.
20. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys Rev B 1992, 45, 13244.
21. Becke, A. Phys Rev A 1988, 38, 3098.
22. Perdew, J. P. Phys Rev B 1986, 34, 7406.
23. Perdew, J. P. Phys Rev B 1986, 33, 8822.
24. Blöchl, P. E. J Chem Phys 1995, 103, 7422.
25. (a) Nose, S. Mol Phys 1986, 57, 187;
26. (b) Hoover, W. G. Phys Rev A: Mol Opt Phys 1985, 31, 1695;
27. (c) Blöchl, P. E.; Parrinello, M. Phys Rev B: Solid State 1992, 45, 9413;
28. (d) Blöchl, P. E. Phys Rev B: Solid State 2002, 65, 104303.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian: Pittsburgh, 1998.
30. (a) Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648;
31. (b) Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem Phys Lett 1989, 157, 200;
32. (c) Lee, C.; Yang, W.; Parr, G. Phys Rev Sec B 1988, 37, 785.
33. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J Chem Phys 1985, 82, 299.
34. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor Chim Acta 1973, 28, 213.
35. Dapprich, S.; Komaromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J Mol Struc (Theochem) 1999, 461, 1.
36. Yang, S.-Y.; Hristov, I.; Fleurrc;t-Lessard, P.; Ziegler, T. J Phys Chem A 2005, 109, 197.