Surface tension parameterization in molecular dynamics simulations of a phospholipid-bilayer membrane: Calibration and effects

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 31, 2004, Pages 11802-11811

  Sankararamakrishnan, Ramasubbu ^a,c   Weinstein, Harel ^b  

^a MOUNT SINAI SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b WEILL CORNELL MEDICAL COLLEGE   (United States)

^c INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY KANPUR   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COULOMBIC FORCES; LIPID BILAYERS; NONBONDED INTERACTIONS; PRESSURE ALGORITHMS;

ALGORITHMS; BOUNDARY CONDITIONS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHOLIPIDS; PROTEINS; SURFACE CHEMISTRY;

SURFACE TENSION;

EID: 4143127587     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048969n     Document Type: Article

References (51)

1. Essmann, U.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 76.
2. Feller. S. E.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1281.
3. Feller, S. E. Curr. Opin. Colloid Interface. Sci. 2000, 5, 217.
4. Feller. S. E.; Mackerell, A. D. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510.
5. Ha Duong, T.; Mehler, E.; Weinstein, H. J. Compul. Phys. 1999, 151. 358.
6. Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426.
7. Mashl. R. J.; Scott, H. L.; Subramaniam. S.; Jakobsson, E. Biophys. J. 2001, 81, 3005.
8. Moore, P. B.; Lopez, C. F.; Klein, M. L. Biophys. J. 2001, 81, 2484.
9. Shinoda, W.; Okazaki. S. J. Chem. Phys. 1998, 709, 1517.
10. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States. D. J.; Swaminathan. S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
11. Schlenkrich, M.; Brickmann, J.; Mackerell, A. D., Jr.; Karplus, M. An empirical potential energy function for phospholipids: criteria for parameter optimization and applications. In Biological membranes: A molecular persepctive from computation and experiment; Merz, K. M., Roux, B., Eds.; Birkhauser: Boston, 1996; p 31.
12. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
13. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002.
14. Marrink, S. J.; Berger, O.; Tieleman, D. P.; Jahnig, F. Biophys. J. 1998, 74, 931.
15. Chiu, S.-W.; Clark, M. M.; Jakobsson, E.; Subramaniam, S.; Scott, H. L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6323.
16. Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
17. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Curr. Opin. Struct. Biol 2000, 10.
18. Nagle, J. F.: Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159.
19. Chin, S.-W.; Clark, M.; Balaji, V.; Subramaniam, S.; Scott, H. L.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1995, 69, 1230.
20. Jahnig, F. Biophys. J. 1996, 71, 1348.
21. Feller, S. E.; Pastor, R. W. Biophys. J. 1996. 71, 1350.
22. Marrink, S. J.; Mark. A. E. J Phys. Chem. B 2001, 705, 6122.
23. Parsegian, V. A. Trans. Faraday Soc. 1966, 62, 848.
24. Nagle, J. F. Annu. Rev. Phys. Chem. 1980, 31, 157.
25. Evans, E. A.: Waugh, R. J. Colloid. Int. Sci. 1977, 60, 286.
26. MacDonald, R. C.: Simon, S. A. Proc. Nail. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 4089.
27. Albrecht, O.; Gruler, H.; Sackman, E. J. Phvsique 1978, 39. 301.
28. Feller, S. E.; Veneable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1997, 13, 6555.
29. Mackerell, A. D., Jr.; Bashford. D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field. M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.: Lau, T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, B.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
30. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey. R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983. 79, 926.
31. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985. 31, 1695.
32. Ryckaen, J. P.: Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
33. Woolf, T. B.; Roux, B. Proteins.' Struct., Fund., Genet. 1996, 24, 92.
34. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103. 4613.
35. Sankararamakrishnan, R.; Weinstein, H. Biophys. J. 2000, 79.2331.
36. Sankararamakrishnan, R.; Weinstein, H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 209.
37. Tessmer, M. R.; Kallick, D. A. Biochemistry 1997, 36, 1971.
38. KaleidaGraph; Synergy software: Reading, PA.
39. Buldt, G.; Gally, H. U.; Seelig, J.; Zaccai, G. J. Mol. Biol. 1979, 134, 673.
40. Shen, L.; Bassolino, D.; Stouch, T. Biophys. J. 1997, 73, 3.
41. Chiu, S.-W.; Subramaniam, S.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1999, 76, 1929.
42. Douliez, J.-P.; Leonard, A.; Dufourc, E. J. Biophys. J. 1995, 68, 1727.
43. Schwyzer. R. Biopolymers 1991. 31, 785.
44. Schwyzer, R. Biopolymers (Peptide Science) 1995, 37, 5.
45. Feller, S. E.; Pastor. R. W.; Rojnuckarin, A.; Bogusz, S.; Brocks, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011.
46. Patra, M.; Karttuen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen. Biophys. J. 2003. 84, 3636.
47. Anezo, C.; de Vries, A. H.: Holtje, H. D.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2003, 707, 9424.
48. Faraldo-Gomez, J. D.; Smith, G. R.; Sansom, M. S. P. Eur. Biophys. J. Biophys. Lett. 2002, 31, 217.
49. Berneche, S.; Roux. B. Nature 2001. 414, 73.
50. de Groot, B. I.; Grubmuller, H. Science 2001, 294, 2353.
51. Petrache, H. I.; Grossfield, A.; MackKenzie, K. R.; Engelman, D. M.; Woolf, T. B. J. Mol. Biol. 2000, 302, 727.