Influence of glycosidic linkage neighbors on disaccharide conformation in vacuum

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 49, 2007, Pages 13775-13785

  Campen, R Kramer ^a,d   Verde, Ana Vila ^b,c   Kubicki, James D ^a  

^a PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b The Pennsylvania State University   (United States)

^c UNIVERSITY OF MINHO   (Portugal)

^d FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMICAL ENGINEERING; COMPUTER SIMULATION; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; VACUUM APPLICATIONS;

CARBON ATOMS; GLYCOSIDIC LINKAGE;

MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 38049125992     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0730996     Document Type: Article

References (62)

1. Danishefsky, I.; Whistler, R. L.; Bettelheim, F. A. In The Carbohydrates: Chemistry and Biochemistry; Pigman, W., Horton, D., Eds.; Academic Press: New York, 1970; Vol. IIA, pp 375-412.
2. Beveridge, T. J. Can. J. Microbiol. 1988, 34, 363-372.
3. Wingender, J.; Neu, T. R.; Flemming, H.-C. In Microbial Extracellular Polymeric Substances; Wingender, J., Neu, T. R., Hemming, H., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, 1999.
4. Razatos, A.; Ong, Y.-L.; Sharma, M. M.; Giorgiou, G. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1998, 95, 11059-11064.
5. Wicken, A. J.; Knox, K. W. Biochim. Biophys. Acta 1980, 604, 1-26.
6. Christensen, B. E.; Characklis, W. G. In Biofilms; Characklis, W. G., Marshall, K. C., Eds.; John Wiley and Sons: New York, 1990.
7. Danese, P. N.; Pratt, L. A.; Kolter, R. J. Bacteriol. 2000, 182, 3593-3596.
8. van Kuik, J. A.; Vincent, S. J. F.; Leeflang, B. R.; Kroon-Batenburg, L. M. J.; Kamerling, J. P. Can. J. Chem. 2006, 84, 730-742.
9. Matsuo, K. Macromolecules 1984, 17, 449-452.
10. Dais, P.; Marchessault, R. H. Macromolecules 1991, 24, 4611-4614.
11. Kroon-Batenburg, L. M. J.; Kruiskamp, P. H.; Vliegenthart, J. F. G.; Kroon, J. J. Phys. Chem. B. 1997, 101, 8454-8459.
12. Camesano, T. A.; Wilkinson, K. J. Biomacromolecules 2001, 2, 1184-1191.
13. Lee, G.; Nowak, W.; Jaroniec, J.; Zhang, Q. M.; Marszalek, P. E. Biophys. J. 2004, 87, 1456-1465.
14. French, A. D.; Johnson, G. P. Can. J. Chem. 2006, 84, 603-612.
15. Schnupf, U.; Willett, J. L.; Bosma, W. B.; Momany, F. A. Carbohydr. Res. 2007, 342, 196-216.
16. Brant, D. A. Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 1972, 1, 369-408.
17. French, A. D. Biopolymers 1988, 27, 1519-1525.
18. Ha, S. N.; Madsen, L. J.; Brady, J. W. Biopolymers 1988, 27, 1927-1952.
19. Tran, V. H.; Brady, J. W. Biopolymers 1990, 29, 961-976.
20. French, A. D.; Kelterer, A. M.; Johnson, G. P.; Dowd, M. K.; Cramer,. C. J. J. Mol. Graphics Model. 2000, 18, 95-107.
21. Ueda, K.; Brady, J. W. Biopolymers 1997, 41, 323-330.
22. Ueda, K.; Imamura, A.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2749-2758.
23. Ueda, K.; Saiki, M.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8629-8638.
24. French, A. D.; Kelterer, A.-M.; Cramer, C. J.; Johnson, G. P.; Dowd, M. K. Carbohydr. Res. 2000, 326, 305-322.
25. Mendonca, S.; Johnson, G. P.; French, A. D.; Laine, R. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4115-4124.
26. Jockusch, R. A.; Kroemer, R. T.; Talbot, F. O.; Snoek, L. C.; Çarçabal, P.; Simons, J. P.; Havenith, M.; Bakker, J. M.; Compagnon, I.; Meijer, G.; von Helden, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5709-5714.
27. Çarçabal, P.; Jockusch, R. A.; Hünig, I.; Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Davis, B. G.; Gamblin, D. P.; Compagnon, I.; Oomens, J.; Simons, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11414-11425.
28. Simons, J. P.; Jockusch, R. A.; Çarçabal, P.; Hung, I.; Kroemer, R. T.; Macleod, N. A.; Snoek, L. C. Int. Rev. Phys. Chem. 2005, 24, 489-531.
29. Scheraga, H. A. Biopolymers 1983, 22, 1-14.
30. Stortz, C. A. Carbohydr. Res. 1999, 322, 77-86.
31. Naidoo, K. J.; Brady, J. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2244-2252.
32. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144-150.
33. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J. Comput. Chem. 1997, 18, 920-933.
34. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151.
35. Molinero, V.; Cagin, T.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3699-3712.
36. Molinero, V.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1414-1427.
37. Queyroy, S.; Neyertz, S.; Brown, D.; Muller-Plathe, F. Macromolecules 2004, 37, 7338-7350.
38. Schmidt, R. K.; Teo, B.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11339-11343.
39. Kuttel M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236-1243.
40. Kuttel, M. M.; Naidoo, K. J. Carbohydr. Res. 2005, 340, 875-879.
41. Kuttel, M. M.; Naidoo, K. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7468-7474.
42. Zhou, R. H.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936.
43. Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 46, 225-234.
44. Zhou, R. H.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12777-12782.
45. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13280-13285.
46. García, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898-13903.
47. Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2003, 84, 775-786.
48. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749-13754.
49. Periole, X.; Mark, A. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014903.
50. Ekdawi-Sever, N. C.; Conrad, P. B.; de Pablo, J. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 734-742.
51. French, A. D.; Kelterer, A.-M.; Johnson, G. P.; Dowd, M. K.; Cramer, C. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 65-78.
52. Woods Group, Biomolecule Builder, GLYCAM Web; Complex Carbohydrate Research Center, The University of Georgia, 12/11/2006.
53. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
54. Woods, R. J.; Dwek, R. A.; Edge, C. J.; Frasier-Reid, B. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3832-3846.
55. Woods, R. J.; Chapelle, R. J. Mol. Struct: Theochem 2000, 527, 149-156.
56. Basma, M.; Sundara, S.; Calgan, D.; Vernali, T.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1125-1137.
57. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10541-10545.
58. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33-38.
59. Luzar, A.; Chandler, D. Nature 1996, 379, 55-57.
60. Chowdhuri, S.; Chandra, A. Phys. Rev. E 2002, 66, 041203.
61. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200-1202.
62. Pérez, S.; Imberty, A.; Engelsen, S. B.; Gruza, J.; Mazeau, K.; Barbero, J. J.; Poveda, A.; Espinoza, J. F.; Van Eyck, B.; Johnson, G.; French, A.; Kouwijzer, M. L.; Grootenhuis, P.; Bernardi, A.; Raimondi, L.; Senderowits, H.; Durier, V.; Vergoten, G.; Rasmussen, K. Carbohydr. Res. 1998, 314, 141-155.