Reaction mechanism of the vitamin K-dependent glutamate carboxylase: A computational study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 44, 2007, Pages 12883-12887

  Silva, Pedro J ^a   Ramos, Maria João ^b  

^a UNIVERSIDADE FERNANDO PESSOA   (Portugal)

^b UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATION THEORY; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; NEGATIVE IONS; VITAMINS;

ENZYME MODEL SYSTEMS; REACTION MECHANISM;

ENZYMES;

EID: 36248983720     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0738208     Document Type: Article

References (30)

1. Suttie, J. W. Ann. Rev. Biochem. 1985, 54, 459.
2. Soriano-Garcia, M.; Padmanabhan, K.; de Vos, A. M.; Tulinsky, A. Biochemistry 1992, 31, 2554-2566.
3. Freedman, S. J.; Blostein, M. D.; Baleja, J. D.; Jacobs, M.; Furie, B. C.; Furie, B. J. Biol. Chem. 1996, 271, 16227-16236.
4. Huang, M.; Rigby, A. C.; Morelli, X.; Grant, M. A.; Huang, G.; Furie, B.; Seaton, B.; Furie, B. C. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 751-756.
5. Dowd, P.; Hershline, R.; Ham, S. W.; Naganathan, S. Science 1995, 269, 1684-1691.
6. Pudota, B. N.; Miyagi, M.; Hallgren, K. W.; West, K. A.; Crabb, J. W.; Misono, K. S.; Berkner, K. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13033-13038.
7. Rishavy, M. A.; Hallgren, K. W.; Yakubenko, A. V.; Shtofman, R. L.; Runge, K. W.; Berkner, K. L. Biochemistry 2006, 45, 13239-13248.
8. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
9. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. J. Phys. Rev. B 1998, 37, 785.
10. Hertwig, R. W.; Koch, W. J. Comp. Chem. 1995, 16, 576.
11. Baker, J.; Kessi, A.; Delley, B. J. Chem. Phys. 1996, 105, 192-212.
12. Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Chemistry 2004, 10, 257-266.
13. Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6311-6322.
14. Riley, K. E.; Op't Holt, B. T.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 407-433.
15. Harvey, J. N.; Aschi, M.; Schwarz, H.; Koch, W. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 95-99.
16. Fedorov, D. G.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5611-5623.
17. Nakamura, H. J. Chem. Phys. 1987, 87, 4031-4041.
18. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027-2094.
19. Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5151-5158.
20. Cossi, M.; Mennucci, B.; Pitarch, J.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 833-846.
21. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. J.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363;
22. Granovsky, A. A. PC GAMESS, version 7.0, http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index.html.
23. Amovilli, C.; Mennucci, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1051-1057.
24. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1995, 23, 1833.
25. Lowdin, P.-O. Adv. Chem. Phys. 1970, 5, 185-199.
26. Ovchinnikov, A. A.; Labanowski, J. K. Phys. Rev. A 1996, 53, 3946-3951.
27. Carvalho. A. T.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Comput. Chem. 2006, 27, 966-975.
28. Silva, P. J.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Theor. Chem. Acc. 2003, 110, 345-351.
29. Silva, P. J.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18195-18200.
30. Morris, D. P.; Soute, B. A.; Vermeer, C.; Stafford, D. W. J. Biol. Chem. 1993, 268, 8735-8742.