Calculated reaction cycle of cytochrome c oxidase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 43, 2007, Pages 12543-12550

  Kaukonen, Markus ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CRYSTAL ATOMIC STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

CYTOCHROME C; EXPERIMENTAL ENERGETICS; INTERMEDIATES; REACTION CYCLE;

ENZYMES;

EID: 36048943948     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp070578w     Document Type: Article

References (57)

1. Brezezinski, P.; G., L. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1605, 1-13.
2. Malmström, B. Chem. Rev. 1990, 90, 1247-1260.
3. Iwata, S.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Michel, H. Nature 1995, 376, 660-669.
4. Tsukihara, T.; Aoyama, H.; Yamashita, E.; Tomizaki, T.; Yamaguchi, H.; Shinzawa-Itoh, K.; Nakashima, R.; Yaono, R. Science 1996, 272, 1136-1144.
5. Svensson-Ek, M.; Abramson, J.; Larsson, G.; Törnroth, S.; Brezezinski, P.; Iwata, S. J. Mol. Biol. 2002, 321, 329-339.
6. Tsukihara, T.; Shimokata, K.; Katayama, Y.; Shimada, H.; Muramoto, K.; Aoyama, H.; Mochizuki, M.; Shinzawa-Itoh, K.; Yamashita, E.; Yao, M.; Ishimura, Y.; Yoshikawa, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15304-15309.
7. Moody, A. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1276, 6-20.
8. Bloch, D.; Belevich, I.; Jasaitis, A.; Ribacka, C.; Puustinen, A.; Verkhovsky, M.; Wikström, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 529-533.
9. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M.; Babcock, G. T.; Wikström, M. J. Inorg. Biochem. 2000, 80, 261-269.
10. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M.; Babcock, G. T.; Wikström, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12848-12858.
11. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. Inorg. Chem. 2003, 42, 5231-5243.
12. Moore, D. B.; Martínez. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2367-2374.
13. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A.; Blomberg, M. L. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 400-417.
14. Yoshioka, Y.; Kawai, H.; Yamaguchi, K. Chem. Phys. Lett. 2003, 374, 45-52.
15. Cukier, R. I. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1656, 189-202.
16. Popovic̀, D. M.; Stuchebrukhov, A. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1858-1871.
17. Popovic̀, D. M.; Quenneville, J.; Stuchebrukhov, A. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3616-3626.
18. Fadda, E.; Chakrabarti, N.; Pomés. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22629-22640.
19. Olsson, M. H. M.; Sharma, P. K.; Warshel, A. FEBS Lett. 2005, 579, 2026-2034.
20. Treutler, O.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 346-354.
21. Payne, M. C.; Teter, M. P.; Allan, D. C.; Arias, T. A. Rev. Mod. Phys. 1992, 64, 1045-1097.
22. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, R. C.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7374-7383.
23. von Arnim, M.; Ahlrichs, R. J. Comp. Chem. 1998, 19, 1746-1757.
24. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835.
25. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 5, 799-805.
26. Kuhn, B.; Kollman, P. A.; Stahl, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1865-1872.
27. Schutz, C. N.; Warshel, A. Proteins: Struct., Fund., Getet. 2001, 44, 400-417.
28. Gorbikova, E. A.; Vuorilehto, K.; Wikström, M.; Verkhovsky, M. I. Biochemistry 2006, 45, 5641-5649.
29. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1373-1384.
30. Schroedl, N. A.; Hartzell, C. R. Biochemistry 1977, 16, 4966-4971.
31. Reiss, H.; Heller, A. J. Phys. Chem. 1985, 89, 4207-4213.
32. Chang, R. Physical Chemistry for Chemical and Biological Sciences; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
33. Palascak, M. W.; Shields, G. C. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3692-3694.
34. Liptak, M. D.; Shields, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7314-7319.
35. NIST Chemistry WebBook. http://webbook.nist.gov/chemistry/ (date accessed May, 2007).
36. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 85th ed.; Lide, D. R., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2004.
37. Fischer, S.; Smith, J. C.; Verma, C. S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8050-8055.
38. Denisov, V.; Venu, K.; Peters, J.; Hörlein, H. D.; Halle, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9380-9389.
39. Olano, L. R.; Rick, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7991-8000.
40. Wirstam, M.; Lippard, S. J.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3980-3987.
41. Iwaki, M.; Puustinen, A.; Wikström, M.; Rich, P. R. Biochemistry 2003, 42, 8809-8817.
42. Iwaki, M.; Puustinen, A.; Wikström, M.; Rich, P. R. Biochemistry 2004, 43, 14370-14378.
43. Belevich; I.; Tuukkanen, A.; Wikström, M.; Verkhovsky, M. Biochemistry 2006, 45, 4000-4006.
44. Wikström, M.; Jasaitis, A.; Backgren, C.; Puustinen, A.; Verkhovsky, M. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1459, 514-520.
45. Babcock, G.; Callahan, P.; Ondrias, M.; Salmeen, I. Biochemistry 1981, 20, 959-966.
46. Carter, K.; Palmer, G. J. Biol. Chem. 1982, 257, 13507-13514.
47. Vanneste, W. Biochemistry 1966, 5, 838-848.
48. Rovira, C.; Kunc, C.; Hutter, J.; Ballone, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8914-8925.
49. Ralle, M.; Verkhovskaja, M. L.; Morgan, J. E.; Verkhovsky, M. I.; Wikström, M.; Blackburn, N. J. Biochemistry 1999, 38, 7185-7194.
50. Verkhovsky, M. I.; Morgan, J. E.; Wikström, M. Biochemistry 1994, 33, 3079-3086.
51. Morgan, J.; Verkhovsky, M.; Palmer, G.; Wikström, M. Biochemistry 2001, 40, 6882-6892.
52. Riistama, S.; Puustinen, A.; Verkhovsky, M.; Morgan, J. E.; Wikström, M. Biochemistry 2000, 39, 6365-6372.
53. Riistama, R. Structural and functional studies of bacterial hemecopper oxidases, http://ethesis.helsinki.fi (date acessed May, 2007).
54. Fann, Y. C.; Ahmed, I.; Blackburn, N. J.; Boswell, J. S.; Verkhovskaja, M. L.; Hoffman, B. M.; Wikström, M. Biochemistry 1995, 34, 10245-10255.
55. Moody, A.; Cooper, C.; Gennis, R.; Rumbley, J.; Rich, P. Biochemistry 1995, 34, 6838-6846.
56. Brändén, M.; Namslauer, A.; Hansson, Ö.; Aasa, R.; Brzezinski, P. Biochemistry 2003, 42, 13178-13184.
57. Blair, D.; Witt, S.; Chan, S. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7389-7399.