Demonstrated convergence of the equilibrium ensemble for a fast united-residue protein model

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 5, 2007, Pages 1860-1866

  Ytreberg, F Marty ^a   Aroutiounian, Svetlana Kh ^b   Zuckerman, Daniel M ^c  

^a UNIVERSITY OF IDAHO   (United States)

^b DILLARD UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 35948974358     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700076t     Document Type: Article

References (54)

1. Lyman, E.; Zuckerman, D. M. Biophys. J. 2006, 91, 164-172.
2. Swendsen, R. H.; Wang, J.-S. Phys. Rev. Lett. 1986, 57, 2607-2609.
3. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604-1608.
4. Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140-150.
5. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151.
6. Paschek, D.; Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 238105-1-4.
7. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200-1202.
8. Levitt, M.; Warshel, A. Nature 1975, 253, 694-698.
9. Ueda, Y.; Taketomi, H.; Gō, N. Int. J. Pept. Protein Res. 1975, 7, 445-459.
10. Tanaka, S.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 3802-3806.
11. Kuntz, I. D.; Crippen, G. M.; Kollman, P. A.; Kimmelman, D. J. Mol. Biol. 1976, 106, 983-994.
12. Miyazawa, S.; Jernigan, R. L. Macromolecules 1985, 18, 534-552.
13. Skolnick, J.; Kolinski, A.; Yaris, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 5057-5061.
14. Friedrichs, M. S.; Wolynes, P. G. Science 1989, 246, 371-373.
15. Lau, K. F.; Dill, K. A. Macromolecules 1989, 22, 3986-3997.
16. Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 3526-3529.
17. Monge, A.; Lathrop, E. J. P.; Gunn, J. R.; Shenkin, P. S.; Friesner, R. A. J. Mol. Biol. 1995, 247, 995-1012.
18. Jernigan, R. L.; Bahar, I. Curr. Op. Struct. Biol. 1996, 6, 195-209.
19. Zhou, Y.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 14429-14432.
20. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873.
21. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874-887.
22. Clementi, C.; Jennings, P. A.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5871-5876.
23. Smith, A. V.; Hall, C. K. Proteins 2001, 44, 344-360.
24. Shimada, J.; Shakhnovich, E. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11175-11180.
25. Izvekov, S.; Parrinello, M.; Burnham, C. J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10896-10913.
26. Zuckerman, D. M. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 5127-5137.
27. Lyman, E.; Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 028105-1-4.
28. Lyman, E.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 656-666.
29. Lwin, T. Z.; Luo, R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 194904-1-10.
30. Christen, M.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154106-1-7.
31. Liu, P.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045106-1-6.
32. Clementi, C.; Nymeyer, H.; Onuchic, J. N. J. Mol. Biol. 2000, 298, 937-953.
33. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1993, 32, 412-420.
34. Straub, J. E.; Rashkin, A. B.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2049-2063.
35. Smith, L. J.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. Proteins 2002, 48, 487-496.
36. Elmer, S. P.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12760-12771.
37. Lyman, E.; Zuckerman, D. M. J. Phys. Chem. B, in press.
38. Ueda, Y.; Taketomi, H.; Gō, N. Biopolymers 1978, 17, 1531-1548.
39. Gō, N.; Taketomi, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 559-563.
40. Careaga, C. L.; Falke, J. J. J. Mol. Biol. 1992, 226, 1219-1235.
41. Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192-197.
42. Eisenmesser, E. Z.; Millet, O.; Labeikovsky, W.; Korzhnev, D. M.; Wolf-Watz, M.; Bosco, D. A.; Skalicky, J. J.; Kay, L. E.; Kern, D. Nature 2005, 438, 117-121.
43. Lovell, S. C.; Davis, I. W.; Arendall, W. B., III, de Bakker, P. I. W.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins 2003, 50, 437-450.
44. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092.
45. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 117, 11225-11236.
46. Ponder, J. W.; Richard, F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016-1024.
47. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
48. Northrup, S. H.; Pear, M. R.; McCammon, J. A.; Karplus, M.; Takano, T. Nature 1980, 287, 659-660.
49. Spronk, C. A. E. M.; Nabuurs, S. B.; Bonvin, A. M. J. J.; Krieger, E.; Vuister, G. W.; Vriend, G. J. Biomol. NMR 2003, 25, 225-234.
50. Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. http://arxiv.org/abs/physics/0609194 (accessed Sept 22, 2006).
51. Eyal, E.; Najmanovich, R.; McConkey, B. J.; Edelman, M.; Sobolev, V. J. Comput. Chem. 2004, 25, 712-724.
52. de Bakker, P. I. W.; DePristo, M. A.; Burke, D. F.; Blundell, T. L. Proteins Struct. Funct. Genet. 2002, 51, 21-40.
53. Knegtel, R. M. A.; Kuntz, I. D.; Oshiro, C. M. J. Mol. Biol. 1997, 266, 424-440.
54. Shoichet, B. K. Nature 2004, 432, 862-865.