Dynamical models for two-dimensional infrared spectroscopy of peptides

Advances in Chemical Physics

Volumn 132, Issue , 2006, Pages 1-56

  Hochstrasser, Robin M ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 35748966797     PISSN: 00652385     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: None     Document Type: Review

References (113)

1. P. Hamm, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 102(31), 6123 (1998).
2. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 2036 (1999).
3. M. C. Asplund, M. T. Zanni, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(15), 8219 (2000).
4. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 112(4), 1907 (2000).
5. S. Woutersen and P. Hamm, J. Phys. Chem. B 104(47), 11316 (2000).
6. M. T. Zanni, M. C. Asplund, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 114, 4579 (2001).
7. M. T. Zanni, S. Gnanakaran, J. Stenger, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 105(28), 6520 (2001).
8. M. T. Zanni and R. M. Hochstrasser, Curr. Opin. Struct. Biol. 11(5), 516 (2001).
9. M. Zanni, S. Gnanakaran, J. Stenger, and R. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 105, 6520 (2001).
10. O. Golonzka, M. Khalil, N. Demirdoven, and A. Tokmakoff, Phys. Rev. Lett. 86(10), 2154 (2001).
11. P. Hamm and R. M. Hochstrasser, in Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy, M. D. Fayer, (ed., Marcel Dekker, New York, 2001), p.273.
12. S. Woutersen and P. Hamm, J. Chem. Phys. 114(6), 2727 (2001).
13. S. Woutersen and P. Hamm, J. Chem. Phys. 115(16), 7737 (2001).
14. N.-H. Ge, M. T. Zanni, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 106(6), 962 (2002).
15. I. V. Rubtsov, J. Wang, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 118(17), 7733 (2003).
16. I. V. Rubtsov and R. M. Hochstrasser, Trends Opt. Photon. 72 (Thirteenth International Conference on Ultrafast Phenomena, 2002), 386 (2002).
17. I. V. Rubtsov, J. Wang, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100(10), 5601 (2003).
18. I. V. Rubtsov, J. Wang, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 107(18), 3384 (2003).
19. M. Khalil, N. Demirdoven, and A. Tokmakoff, J. Phys. Chem. A 107(27), 5258 (2003).
20. R. R. Ernst, G. Bodenhausen, and A. Wokaun, Principles of Nuclear Magnetic Resonance in One and Two Dimensions, Oxford University Press, Oxford, UK, 1987.
21. M. D. Levenson and S. S. Kano, Introduction to Nonlinear Laser Spectroscopy, Academic Press, Boston, MA, 1988.
22. A. Tokmakoff, M. J. Lang, D. S. Larsen, G. R. Fleming, V. Chernyak, and S. Mukamel, Phys. Rev. Lett. 79(14), 2702 (1997).
23. N. A. Kurnit, I. D. Abella, and S. R. Hartmann, Phys. Rev. Lett. 13(19), 567 (1964).
24. Y. J. Yan and S. Mukamel, Phys. Rev. A 41(11), 6485 (1990).
25. J. P. Gordon, C. H. Wang, C. K. N. Patel, R. E. Slusher, and W. J. Tomlinson, Phy. Rev. 179(2), 294 (1969).
26. R. G. Brewer and R. L. Shoemaker, Phys. Rev. Lett. 27, 631 (1971).
27. T. J. Aartsma and D. A. Wiersma, Phys. Rev. Lett. 36(23), 1360 (1976).
28. J. Y. Bigot, M. T. Portella, R. W. Schoenlein, C. J. Bardeen, A. Migus, and C. V. Shank, Phys. Rev. Lett. 66(9), 1138 (1991).
29. S. Mukamel, Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy, 1995.
30. J. D. Hybl, A. W. Albrecht, S. M. Gallagher Faeder, and D. M. Jonas, Chem. Phys. Lett. 297(3, 4), 307 (1998).
31. T. Joo, Y. Jia, and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 102, 4063 (1995).
32. Y. Tanimura and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 99(12), 9496 (1993).
33. P. A. Anfinrud, C. Han, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 8387 (1989).
34. M. Li, J. Owrutsky, M. Sarisky, J. P. Culver, A. Yodh, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 98(7), 5499 (1993).
35. J. C. Owrutsky, M. Li, J. P. Culver, M. J. Sarisky, A. G. Yodh, and R. H. Hochstrasser, Springer Proc. Phys. 74 (Time-Resolved Vibrational Spectroscopy VI), 63 (1994).
36. S. Maiti, G. C. Walker, B. R. Cowen, R. Pippenger, C. C. Moser, P. L. Dutton, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10360 (1994).
37. K. Wynne and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. 193(3), 211 (1995).
38. K. Wynne, G. Haran, G. D. Reid, C. C. Moser, P. L. Dutton, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. 100(12), 5140 (1996).
39. D. Zimdars, A. Tokmakoff, S. Chen, S. R. Greenfield, M. D. Fayer, T. L. Smith, and H. A. Schwettman, Phys. Rev. Lett. 70, 2718 (1993).
40. P. Hamm, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, Phys. Rev. Lett. 81(24), 5326 (1998).
41. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 103, 10049 (1999).
42. M. Lim, P. Hamm, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 15315 (1998).
43. N.-H. Ge and R. M. Hochstrasser, Phys. Chem. Comm. 5, 17 (2002).
44. W. M. Zhang, V. Chernyak, and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 110(11), 5011 (1999).
45. M. Khalil, N. Demirdoven, and A. Tokmakoff, Phys. Rev. Lett. 90(4), 047401 (2003).
46. J. B. Asbury, T. Steinel, C. Stromberg, K. J. Gaffney, I. R. Piletic, A. Goun, and M. D. Fayer, Chem. Phys. Lett. 374(3,4), 362 (2003).
47. N.-H. Ge and R. M. Hochstrasser, Trends Opt. Photon. 72 (Thirteenth International Conference on Ultrafast Phenomena, 2002), 255 (2002).
48. C. J. Fecko, J. D. Eaves, J. J. Loparo, A. Tokmakoff, and P. L. Geissler, Science 301(5640), 1698 (2003).
49. K. Okumura, A. Tokmakoff, and Y. Tanimura, Chem. Phys. Lett. 314(5,6), 488 (1999).
50. W. P. de Boeij, M. S. Pshenichnikov, and D. A. Wiersma, Chem. Phys. Lett. 253(1,2), 53 (1996).
51. N. Demirdoven, M. Khalil, and A. Tokmakoff, Phys. Rev. Lett. 89(23), 237401/1 (2002).
52. A. Tokmakoff and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 103, 2810 (1995).
53. J. Stenger, D. Madsen, P. Hamm, E. T. J. Nibbering, and T. Elsaesser, J. Phys. Chem. A 106(10), 2341 (2002).
54. G. Gallot, S. Bratos, S. Pommeret, N. Lascoux, J. C. Leicknam, M. Kozinski, W. Amir, and G. M. Gale, J. Chem. Phys. 117(24), 11301 (2002).
55. N. Bloembergen, Rev. Mod. Phys. 54(3), 685 (1982).
56. R. M. Hochstrasser and H. P. Trommsdorff, Acc. Chem. Res. 16(10), 376 (1983).
57. B. Dick, R. M. Hochstrasser, and H. P. Trommsdorff, Resonant Molecular Optics, Academic Press, Orlando, FL, 1987.
58. K. Wolfrum and A. Lauberau, Springer Ser. Chem. Phys. 60 (Ultrafast Phenomena IX), 293 (1994).
59. K. Tominaga, Adv. Multi-Photon Processes Spectrosc. 11, 127 (1998).
60. W. P. De Boeij, M. S. Pshenichnikov, and D. A. Wiersma, Annu. Rev. Phys. Chem. 49, 99 (1998).
61. S. Woutersen and P. Hamm, J. Phys.: Condensed Matter 14(39), R1035 (2002).
62. J. C. Wright, Int. Rev. Phys. Chem. 21(2), 185 (2002).
63. D. Keusters, H. S. Tan, and W. S. Warren, J. Phys. Chem. A 103(49), 10369 (1999).
64. R. Trebino, K. W. DeLong, D. N. Fittinghoff, J. N. Sweetser, M. A. Krumbugel, B. A. Richman, and D. J. Kane, Rev. Sci. Instr. 68(9), 3277 (1997).
65. R. Trebino, Frequency Resolved Optical Gating, Kluwer Academic Publishers, Boston, 2000.
66. N. F. Scherer, R. J. Carlson, A. Matro, M. Du, A. J. Ruggiero, V. Romero-Rochin, J. A. Cina, G. R. Fleming, and S. A. Rice, J. Chem. Phys. 95(3), 1487 (1991).
67. L. Cohen, Time-Frequency Analysis, Prentice-Hall, Madison, WI, 1995.
68. N. Demirdoven, M. Khalil, O. Golonzka, and A. Tokmakoff, Opt. Lett. 27(6), 433 (2002).
69. C. G. B. Garrett and D. E. McCumber, Phys. Rev. A 1, 305 (1970).
70. D. Keusters and W. S. Warren, Chem. Phys. Lett. 383(1,2), 21 (2004).
71. D. Keusters and W. S. Warren, J. Chem. Phys. 119(8), 4478 (2003).
72. J. P. Likforman, M. Joffre, and V. ThierryMieg, Opt. Lett. 22(14), 1104 (1997).
73. S. D. Silvestri, A. M. Weiner, J. G. Fujimoto, and E. P. Ippen, Chem. Phys. Lett. 112, 195 (1984).
74. R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. 266, 273 (2001).
75. M. T. Zanni, N.-H. Ge, Y. S. Kim, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 11265 (2001).
76. O. Golonzka and A. Tokmakoff, J. Chem. Phys. 115(1), 297 (2001).
77. D. M. Jonas, Annu. Rev. Phys. Chem. 54, 425 (2003).
78. J. Chen, J. Park, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. A 107(49), 10660 (2003).
79. B. Dick and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 78(6, Pt. 2), 3398 (1983).
80. M. C. Asplund, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 323, 269 (2000).
81. M. C. Asplund, M. Lim, and R. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 340, 611 (2001).
82. T. Joo, Y. Jia, J. Y. Yu, M. J. Lang, and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 104, 6089 (1996).
83. A. Piryatinski and J. L. Skinner, J. Phys. Chem. B 106(33), 8055 (2002).
84. J. R. Schmidt, N. Sundlass, and J. L. Skinner, Chem. Phys. Lett. 378(5,6), 559 (2003).
85. J. Stenger, D. Madsen, J. Dreyer, P. Hamm, E. T. J. Nibbering, and T. Elsaesser, Chem. Phys. Lett. 354(3,4), 256 (2002).
86. H. Eichler, G. Enterlein, J. Munschau, and H. Stahl, Z. Angew. Phys. 31(1), 1 (1971).
87. K. A. Nelson and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 72(9), 5202 (1980).
88. M. D. Fayer, Annu. Rev. Phys. Chem. 33, 63 (1982).
89. K. A. Nelson, R. Casalegno, R. J. D. Miller, and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 77(3), 1144 (1982).
90. D. W. Phillion, D. J. Kuizenga, and A. E. Siegman, Appl. Phys. Lett. 27(2), 85 (1975).
91. H. J. Eichler, P. Guenter, and D. W. Pohl, Springer Series in Optical Sciences, Vol. 50: Laser-Induced Dynamic Gratings. (1986).
92. J. R. Andrews and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 76(2), 213 (1980).
93. J. R. Andrews and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 76(2), 207 (1980).
94. D. A. Wiersma and K. Duppen, Science (Washington, DC, United States) 237(4819), 1147 (1987).
95. P. De Bree and D. A. Wiersma, J. Chem. Phys. 70(2), 790 (1979).
96. A. M. Moran, S.-M. Park, J. Dreyer, and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 118(8), 3651 (2003).
97. A. Piryatinski, S. A. Asher, and S. Mukamel, J. Phys. Chem. A 106(14), 3524 (2002).
98. C. Scheurer, A. Piryatinski, and S. Mukamel, Springer Ser. Chem. Phys. 66 (Ultrafast Phenomena XII), 507 (2001).
99. C. Scheurer, A. Piryatinski, and S. Mukamel, J. Am. Chem. Soc. 123(13), 3114 (2001).
100. D. Van Belle, I. Couplet, M. Prevost, and S. J. Wodak, J. Mol. Biol. 198(4), 721 (1987).
101. N. K. Rogers and M. J. E. Sternberg, J. Mol. Biol. 174(3), 527 (1984).
102. A. Warshel and S. T. Russell, Q. Rev. Biophys. 17, 283 (1984).
103. D. J. Lockhart and P. S. Kim, Science (Washington, DC, United States) 260(5105), 198 (1993).
104. G. Loffler, H. Schreiber, and O. Steinhauser, J. Mol. Biol. 270(3), 520 (1997).
105. P. L. Taylor, B. C. Xu, F. A. Oliveira, and T. P. Doerr, Macromolecules 25(6), 1694 (1992).
106. K. Sharp, A. Jean-Charles, and B. Honig, J. Phys. Chem. 96(9), 3822 (1992).
107. J. Dybal, T. C. Cheam, and S. Krimm, J. Mol. Struct. 159, 183 (1987).
108. H. Torii and M. Tasumi, J. Mol. Struct. 300, 171 (1993).
109. P. Hamm and S. Woutersen, Bull. Chem. Soc. (Japan) 75, 985 (2002).
110. J. Wang and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. 297, 195 (2004).
111. W. Qian and S. Krimm, J. Phys. Chem. 100, 14602 (1996).
112. C. Fang, J. Wang, A. K. Charnley, W. Barber-Armstrong, A. B. Smith, III, S. M. Decatur, and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 382(5,6), 586 (2003).
113. C. Fang, J. Wang, Y. S. Kim, A. K. Charnley, W. Barber-Armstrong, A. B. Smith III, S. M. Decatur, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 108, 10415 (2004).